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- PDB-5v4m: Structure of HLA-DR15 with bound alpha3(135-145) peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v4m
タイトルStructure of HLA-DR15 with bound alpha3(135-145) peptide
要素
  • HLA-DRA1
  • alpha3(135-145)-HLA-DRB1*15:01
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-DR / immune complex / antigen presenation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II ...regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of kinase activity / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of monocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / CD4 receptor binding / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / polysaccharide binding / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / Generation of second messenger molecules / macrophage differentiation / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / epidermis development / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cognition / endocytic vesicle membrane / positive regulation of protein phosphorylation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / Downstream TCR signaling / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / adaptive immune response / positive regulation of viral entry into host cell / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / immune response / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Petersen, J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Dominant protection from HLA-linked autoimmunity by antigen-specific regulatory T cells.
著者: Ooi, J.D. / Petersen, J. / Tan, Y.H. / Huynh, M. / Willett, Z.J. / Ramarathinam, S.H. / Eggenhuizen, P.J. / Loh, K.L. / Watson, K.A. / Gan, P.Y. / Alikhan, M.A. / Dudek, N.L. / Handel, A. / ...著者: Ooi, J.D. / Petersen, J. / Tan, Y.H. / Huynh, M. / Willett, Z.J. / Ramarathinam, S.H. / Eggenhuizen, P.J. / Loh, K.L. / Watson, K.A. / Gan, P.Y. / Alikhan, M.A. / Dudek, N.L. / Handel, A. / Hudson, B.G. / Fugger, L. / Power, D.A. / Holt, S.G. / Coates, P.T. / Gregersen, J.W. / Purcell, A.W. / Holdsworth, S.R. / La Gruta, N.L. / Reid, H.H. / Rossjohn, J. / Kitching, A.R.
履歴
登録2017年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22017年5月24日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: HLA-DRA1
F: alpha3(135-145)-HLA-DRB1*15:01
A: HLA-DRA1
C: alpha3(135-145)-HLA-DRB1*15:01
G: HLA-DRA1
I: alpha3(135-145)-HLA-DRB1*15:01
J: HLA-DRA1
L: alpha3(135-145)-HLA-DRB1*15:01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,01716
ポリマ－186,2568
非ポリマー2,7618
水11,800655
1
D: HLA-DRA1
F: alpha3(135-145)-HLA-DRB1*15:01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2994
ポリマ－46,5642
非ポリマー7352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
2
A: HLA-DRA1
C: alpha3(135-145)-HLA-DRB1*15:01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2104
ポリマ－46,5642
非ポリマー6462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
3
G: HLA-DRA1
I: alpha3(135-145)-HLA-DRB1*15:01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5024
ポリマ－46,5642
非ポリマー9382
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
4
J: HLA-DRA1
L: alpha3(135-145)-HLA-DRB1*15:01
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0064
ポリマ－46,5642
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6000 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.590, 79.010, 95.821
Angle α, β, γ (deg.)87.64, 73.29, 89.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 DAGJFCIL

#1: タンパク質
HLA-DRA1 / MHC class II antigen DRA


分子量: 21919.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質
alpha3(135-145)-HLA-DRB1*15:01 / DW2.2/DR2.2 / MHC class II antigen DRB1*15 / DW2.2/DR2.2 / MHC class II antigen DRB1*15 / chimeric ...DW2.2/DR2.2 / MHC class II antigen DRB1*15 / DW2.2/DR2.2 / MHC class II antigen DRB1*15 / chimeric construct / DW2.2/DR2.2 / MHC class II antigen DRB1*15 / chimeric construct


分子量: 24644.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1, HLA-DRB2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P01911

-
糖 , 3種, 8分子

#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 513.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-2/a3-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 655分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M KNO3 and 0.1M Bis-Tris-propane (pH 7.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50.35 Å / Num. obs: 106633 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/av σ(I): 9.5 / Net I/σ(I): 41.65
反射 シェル冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.709 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 15528 / CC1/2: 0.692 / Rpim(I) all: 0.34 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.1→48.32 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 3068 2.88 %
Rwork0.2167 --
obs0.2175 106601 96.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12464 0 180 655 13299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313108
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66617886
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4117694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451926
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.13280.3171420.29064731X-RAY DIFFRACTION95
2.1328-2.16780.33581300.28114682X-RAY DIFFRACTION95
2.1678-2.20520.28961630.27264602X-RAY DIFFRACTION95
2.2052-2.24530.2941350.27294687X-RAY DIFFRACTION96
2.2453-2.28840.29141320.27644655X-RAY DIFFRACTION96
2.2884-2.33520.29121450.2654722X-RAY DIFFRACTION96
2.3352-2.38590.2791420.26214673X-RAY DIFFRACTION96
2.3859-2.44140.28791440.25724677X-RAY DIFFRACTION96
2.4414-2.50250.28791240.24884735X-RAY DIFFRACTION96
2.5025-2.57010.29281450.24664660X-RAY DIFFRACTION96
2.5701-2.64580.26881370.23524748X-RAY DIFFRACTION96
2.6458-2.73120.25221390.24334695X-RAY DIFFRACTION97
2.7312-2.82880.26651330.23094765X-RAY DIFFRACTION97
2.8288-2.9420.24261460.23554703X-RAY DIFFRACTION97
2.942-3.07590.22761260.2324745X-RAY DIFFRACTION97
3.0759-3.2380.27931450.21754700X-RAY DIFFRACTION97
3.238-3.44080.24041360.20834710X-RAY DIFFRACTION97
3.4408-3.70640.20421420.19434748X-RAY DIFFRACTION97
3.7064-4.07920.22981430.1854702X-RAY DIFFRACTION97
4.0792-4.66910.21131430.16414758X-RAY DIFFRACTION97
4.6691-5.88090.17471440.17124734X-RAY DIFFRACTION97
5.8809-48.33080.22341320.20514701X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.6102 Å / Origin y: -11.8697 Å / Origin z: -38.9284 Å
111213212223313233
T0.1693 Å2-0.0125 Å20.0021 Å2-0.2453 Å2-0.0005 Å2--0.2149 Å2
L0.0383 °20.0024 °20.0176 °2-0.1739 °20.0108 °2--0.1535 °2
S0.0111 Å °-0.0066 Å °-0.0066 Å °-0.007 Å °-0.0418 Å °0.0095 Å °0.0161 Å °-0.0013 Å °0.0303 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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