PDB-5uuj: Streptomyces sahachiroi DNA glycosylase AlkZ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uuj

タイトル

Streptomyces sahachiroi DNA glycosylase AlkZ

要素

AlkZ

キーワード

HYDROLASE / DNA repair / Interstrand crosslink / Azinomycin B / Alkylpurine

機能・相同性

DNA glycosylase AlkZ-like / DNA glycosylase AlkZ-like / Azi36

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sahachiroi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.299 Å

データ登録者

Mullins, E.A. / Eichman, B.F.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB-1517695	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	R01 ES019625	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	S10RR026915	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	T32 ES07028	米国

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structure of a DNA glycosylase that unhooks interstrand cross-links.
著者: Mullins, E.A. / Warren, G.M. / Bradley, N.P. / Eichman, B.F.

履歴

登録	2017年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uuj.cif.gz	219.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uuj.ent.gz	187.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uuj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uuj_validation.pdf.gz	412.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uuj_full_validation.pdf.gz	412.7 KB	表示
XML形式データ	5uuj_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	5uuj_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uuj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uuj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uuf 5uug 5uuh
類似構造データ	6sdn-d 6ycw-d 5ub5-d 2qb7-1 3hm8-3 2yg5-d 2f49-2 6t6a-2 6hfz-2 6iff-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AlkZ

41.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.921, 78.921, 139.401
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	AlkZ / Azi36 分子量: 41622.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sahachiroi (バクテリア) 遺伝子: azi36 / プラスミド: pBG102 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: B4XYC8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.15 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 18% w/v PEG8000, 10 mM Tris-HCl, pH 7.5, 10 magnesium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月25日

放射

モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.299→50 Å / Num. obs: 21107 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 12.3 % / B_iso Wilson estimate: 21.79 Å² / R_merge(I) obs: 0.118 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.123 / Χ²: 1.35 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.3-2.38	12.6	0.481	0.964	0.142	0.502	1.012	100
2.38-2.48	12.6	0.373	0.976	0.11	0.388	1.001	100
2.48-2.59	12.7	0.285	0.983	0.083	0.297	1.06	100
2.59-2.73	12.7	0.214	0.99	0.063	0.223	1.093	100
2.73-2.9	12.7	0.174	0.993	0.051	0.182	1.144	100
2.9-3.12	12.7	0.139	0.995	0.041	0.145	1.276	100
3.12-3.44	12.7	0.108	0.997	0.032	0.112	1.464	100
3.44-3.93	8.6	0.093	0.996	0.031	0.098	2.154	65.3
3.93-4.95	12	0.055	0.999	0.016	0.057	1.705	97.1
4.95-50	12.3	0.056	0.999	0.017	0.058	2.089	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.299→39.461 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.09

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2006	1037	4.98 %	Random
R_work	0.1573	-	-	-
obs	0.1594	20828	95.17 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.79 Å² / B_iso mean: 27.6281 Å² / B_iso min: 8.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.299→39.461 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2882	0	0	245	3127
B_iso mean	-	-	-	27.26	-
残基数	-	-	-	-	371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2949
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.769	4014
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	450
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	518
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.599	1087

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2988-2.42	0.2202	148	0.1704	2866	3014	97
2.42-2.5716	0.2322	159	0.1709	2903	3062	98
2.5716-2.7701	0.212	152	0.1669	2928	3080	99
2.7701-3.0488	0.2518	156	0.1732	2966	3122	100
3.0488-3.4897	0.2154	148	0.1717	2961	3109	100
3.4897-4.3958	0.1883	123	0.1413	2166	2289	73
4.3958-39.4663	0.1496	151	0.1374	3001	3152	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7392	-2.1068	0.5324	3.5598	-0.2438	1.6801	-0.076	-0.1796	0.0922	0.024	0.1599	-0.0634	-0.0572	-0.2003	-0.1018	0.1201	-0.0353	0.0363	0.2026	-0.0354	0.1691	27.1063	38.9791	63.8889
2	0.4488	0.6353	0.6783	1.2487	1.4195	1.6229	0.0158	-0.0348	-0.0256	-0.0115	-0.0253	0.0038	0.0703	0.026	0.0228	0.1851	0.0059	0.0176	0.1873	0.0166	0.2078	33.1746	25.4055	53.6011
3	4.3303	-0.4722	2.6324	1.1452	0.8704	2.9467	0.2526	0.4965	-0.4207	-0.0908	-0.0093	-0.2602	0.5566	0.508	-0.2603	0.3497	0.0656	0.0184	0.2245	-0.0343	0.2679	37.1258	8.3603	43.1813
4	2.0676	-0.3592	0.7432	3.7851	0.8444	1.7304	0.1684	0.628	-0.0376	-0.6956	-0.1153	-0.709	-0.0828	0.6519	-0.0222	0.3642	0.0494	0.0891	0.3644	0.0403	0.2917	35.582	13.891	38.1517
5	1.7083	-1.5228	0.4966	2.5289	0.1457	1.5597	0.0472	-0.0214	-0.1322	-0.0294	0.0181	0.0314	0.181	-0.051	-0.0652	0.1419	-0.041	0.0074	0.15	-0.0256	0.166	26.9416	23.1102	54.0513
6	1.7298	0.6954	0.9886	2.6401	1.4217	2.2599	0.0578	-0.0694	-0.0006	0.1241	-0.201	0.4688	0.2136	-0.2993	0.1288	0.1385	0.0233	0.0209	0.31	-0.0151	0.2539	10.7709	35.5566	58.5951
7	3.9624	0.5393	-1.6653	1.1503	-0.0784	1.7691	-0.0039	0.2199	0.2171	-0.182	0.0672	-0.0632	-0.2049	-0.0638	-0.0652	0.1845	0.0009	0.0216	0.1882	0.005	0.1862	33.9365	48.4391	54.0211
8	4.4871	0.2636	-0.1176	9.0322	-0.9487	1.3919	0.0105	-0.42	0.4477	0.2736	0.0451	-0.1541	-0.2935	0.3134	-0.0439	0.2095	-0.0888	0.0214	0.3321	-0.092	0.188	45.9919	49.4661	63.8862

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 40 )	A	1 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 41 through 112 )	A	41 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 113 through 144 )	A	113 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 145 through 168 )	A	145 - 168
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 169 through 233 )	A	169 - 233
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 234 through 269 )	A	234 - 269
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 270 through 346 )	A	270 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 347 through 371 )	A	347 - 371

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