PDB-6sdn: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sdn

タイトル

Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with fragment j82

要素

Farnesyl diphosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Farnesyl diphosphate synthase (FDPS) / Farnesyl pyrophosphate synthase (FPPS) / Trypanosoma cruzi / complex with fragment

機能・相同性

機能・相同性情報

farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with fragment j82
著者: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sdn.cif.gz	265.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sdn.ent.gz	176.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sdn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6sdn_validation.pdf.gz	771.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sdn_full_validation.pdf.gz	771.7 KB	表示
XML形式データ	6sdn_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	6sdn_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/6sdn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/6sdn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yhlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6sdo-1 6se2-1 5qq7-1 5qpj-1 4ryp-2 5qpw-1 6r0b-1 5qpe-1 6r05-1 5qtf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

41.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering, mass spectrometry
83.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.025, 58.025, 397.697
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-799- HOH

#1: タンパク質	Farnesyl diphosphate synthase 分子量: 41205.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WS26
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-4NC / 4-NITROCATECHOL 分子量: 155.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 4mM ZnSO4+ 8 mM MES pH:6.50, 12.36% PEG MME 550, 11.57% Glycerol. Crystal obtained by microseeding: 160mM (NH4)2SO4, 80mM NaOAc pH:5.00, 20% PEG 4000, 20% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→48.72 Å / Num. obs: 64357 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / B_iso Wilson estimate: 15.02 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 17.55
反射シェル	解像度: 1.51→1.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.13 / Num. unique obs: 10121 / CC_1/2: 0.899 / R_sym value: 0.494 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1yhl

1yhl

解像度: 1.51→42.48 Å / SU ML: 0.117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 15.6034

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.19	3218	5 %
R_work	0.1619	-	-
obs	0.1633	64355	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→42.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2813	0	18	313	3144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	2969
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8854	4052
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0544	455
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	531
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.0757	1767

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.51-1.53	0.2299	136	0.1976	2588	X-RAY DIFFRACTION	98.23
1.53-1.56	0.1994	134	0.1805	2551	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.56-1.58	0.2024	137	0.1773	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.58-1.61	0.2244	137	0.1619	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.64	0.1598	136	0.1566	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.67	0.1844	138	0.1475	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.7	0.1923	139	0.1507	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.74	0.1817	134	0.152	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.78	0.1857	137	0.152	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.78-1.83	0.1745	138	0.1528	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.87	0.1843	139	0.1587	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.87-1.93	0.167	138	0.1548	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.99	0.1779	139	0.1567	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.06	0.1986	137	0.1562	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.15	0.1728	140	0.1495	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.24	0.1748	140	0.1441	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.36	0.1653	139	0.1452	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.51	0.1642	142	0.1464	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.7	0.1848	141	0.1516	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.7-2.98	0.1825	143	0.1682	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.41	0.1774	145	0.1713	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-4.29	0.1852	147	0.1624	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
4.29-42.48	0.2501	162	0.1862	3059	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0587645012723	0.0452278728075	0.00568596804501	0.139884239038	0.118736116512	0.195073168544	-0.0218482405557	-0.0047903409463	0.0957392876239	-0.0149058151956	-0.0120599503216	0.00274367455926	-0.056639882978	-0.0164076701514	-0.0148697828152	0.0796478133273	0.02419908836	0.00971827859754	0.0895474943904	0.010692944912	0.116416453327	-12.9510534572	-15.1996364321	-34.6533959109
2	0.268997478151	0.0208571743223	0.0965776709349	0.143685964339	-0.0143530692497	0.238410130754	-0.00188090597499	-0.13474397696	-0.0211303852177	0.0171444129867	-0.0122189490606	0.0170541273498	0.01746125141	0.00407340113169	0.00136213189754	0.09462340168	0.0219048692802	0.00803231921976	0.154153929236	0.0123334515597	0.111577207275	-11.366979332	-26.6077966668	-18.461264671
3	0.467063677003	0.235762410548	-0.30399469828	0.227172929505	-0.0282236941042	0.855945466365	-0.0149413724317	-0.128954029794	0.24665166057	0.00917701825741	0.0426185980426	0.0263530537902	-0.142783491621	0.0134756433921	-4.44594279183E-5	0.149319691683	0.0124981430322	-0.00762302856902	0.200448629473	-0.0298992756469	0.160140983785	-13.23386161	-14.4275092906	-7.15954976914
4	0.657782389553	-0.0146471877486	0.201142063175	0.210589477688	0.0980968218942	0.390354832956	-0.0298404981089	0.0405494798854	0.0770231896968	-0.0157781810247	0.00137128402434	-0.0323734369472	-0.0369399507184	0.0596704623787	-0.0125075689383	0.0766230401027	0.0137537261469	0.00885705731938	0.104116088852	0.0240525542487	0.110836479165	0.781904988764	-14.9169385618	-32.5140447921

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 103 through 142 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 143 through 231 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 232 through 360 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1 through 102 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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