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- PDB-5uuh: Bacillus cereus DNA glycosylase AlkD bound to a yatakemycin-adeni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uuh
タイトルBacillus cereus DNA glycosylase AlkD bound to a yatakemycin-adenine nucleobase adduct and DNA containing a fluorinated abasic site (9-mer product complex)
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*AP*(ORF)P*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*C)-3')
  • DNA-7-methylguanine glycosylase
キーワードHYDROLASE/DNA/ANTIBIOTIC / DNA glycosylase / Protein-DNA complex / Alkylpurine / Bulky lesion / HYDROLASE-DNA-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Leucine-rich Repeat Variant - #90 / DNA alkylation repair enzyme / DNA alkylation repair enzyme / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
yatakemycin-adenine nucleobase adduct / DNA / DNA-7-methylguanine glycosylase / DNA alkylation repair protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.569 Å
データ登録者Mullins, E.A. / Eichman, B.F.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1517695 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)R01 ES019625 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)T32 ES007028 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Toxicity and repair of DNA adducts produced by the natural product yatakemycin.
著者: Mullins, E.A. / Shi, R. / Eichman, B.F.
履歴
登録2017年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-7-methylguanine glycosylase
B: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*AP*(ORF)P*AP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8055
ポリマ－33,9513
非ポリマー8552
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.396, 55.748, 48.124
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA-7-methylguanine glycosylase / AlkD


分子量: 28578.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: bcere0015_46090 / プラスミド: pBG103 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: C2T7T7, UniProt: Q816E8*PLUS

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*CP*AP*(ORF)P*AP*GP*C)-3')


分子量: 2674.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*TP*TP*TP*GP*CP*C)-3')


分子量: 2697.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 355分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-YTA / yatakemycin-adenine nucleobase adduct


分子量: 814.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H34N10O8S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 21% w/v PEG8000, 50 mM HEPES, pH 7.0, 50 mM calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月28日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.569→50 Å / Num. obs: 43333 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 16.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.163 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.57-1.634.80.5050.8970.2510.5660.97499.9
1.63-1.694.90.3610.9520.1790.4041.011100
1.69-1.774.90.2890.960.1420.3231.102100
1.77-1.864.90.2130.9770.1050.2381.242100
1.86-1.9850.1540.9870.0760.1721.318100
1.98-2.1350.1040.9920.0510.1171.352100
2.13-2.3550.0820.9910.0410.0921.127100
2.35-2.6850.0690.9920.0350.0781.14100
2.68-3.3850.0450.9970.0220.051.101100
3.38-504.90.0340.9980.0170.0381.2599.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3BVS

3bvs


解像度: 1.569→36.422 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1733 2172 5.01 %
Rwork0.1408 --
obs0.1424 43320 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 102.24 Å2 / Biso mean: 25.746 Å2 / Biso min: 10.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.569→36.422 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1909 355 94 353 2711
Biso mean--26.89 34.02 -
残基数----243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3053428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.388924
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5689-1.6030.24421310.20752482261397
1.603-1.64030.23721390.184325512690100
1.6403-1.68130.19391350.173725802715100
1.6813-1.72670.22451360.167725332669100
1.7267-1.77750.2241260.168425852711100
1.7775-1.83490.2161380.160725492687100
1.8349-1.90050.21331340.149925642698100
1.9005-1.97660.16481340.149825682702100
1.9766-2.06650.1931380.147925802718100
2.0665-2.17550.16731400.13625832723100
2.1755-2.31170.14461380.128825592697100
2.3117-2.49020.13881320.130525862718100
2.4902-2.74070.19271370.13625822719100
2.7407-3.13710.17791390.136925842723100
3.1371-3.95170.15911390.129726102749100
3.9517-36.43220.15011360.13272652278899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.09631.23930.11820.9270.17610.03910.1359-0.5639-0.03620.4382-0.3025-0.1578-0.0530.41670.09660.25230.0007-0.01910.40760.03550.1546-19.8214-5.904337.8776
23.4241-1.14840.1442.27260.74757.3684-0.0151-0.1084-0.24960.241-0.09470.14170.9097-0.03370.14470.28870.02520.02870.18910.03750.1861-28.2856-18.077826.4708
32.72540.1049-0.91541.69360.1392.6906-0.0022-0.21130.2530.197-0.015-0.1163-0.26580.50680.0120.1832-0.0118-0.02890.30390.00070.1497-21.8195-0.621832.0968
41.82931.4663-1.18591.4758-1.54892.47380.1079-0.24070.19870.2664-0.04190.1139-0.28890.2611-0.02260.1781-0.0114-0.00310.2349-0.02130.1579-20.29482.523321.9037
51.2685-0.42040.08471.6666-0.81341.5652-0.0776-0.14540.0120.13390.0420.0036-0.07580.11020.02760.14080.0177-0.00860.1854-0.00010.1276-24.0611-0.676614.8396
61.0357-0.27380.11421.3227-0.29661.007-0.0038-0.00370.0154-0.0472-0.02230.0010.01560.05780.01960.1169-0.0038-0.0040.1030.00220.1093-26.4847-0.27773.281
71.2831-0.9832-0.11593.3020.43781.2720.04750.1526-0.1374-0.2781-0.17650.4752-0.052-0.23240.10990.16980.0156-0.06190.1646-0.03230.2233-40.1221-3.9395-3.9487
84.89930.34540.04813.77620.77344.6178-0.1427-0.02930.25910.64170.020.4155-0.0859-0.69490.15470.27780.0110.06360.27990.01240.2346-41.2356-9.551315.6937
91.7078-0.04150.57332.22451.47213.9615-0.0057-0.2490.00720.2032-0.30480.1436-0.1367-0.57150.30730.2340.00230.02420.2193-0.02280.2119-41.1958-12.754916.7282
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 15 )A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 38 )A16 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 73 )A39 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 74 through 103 )A74 - 103
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 104 through 126 )A104 - 126
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 127 through 194 )A127 - 194
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 195 through 225 )A195 - 225
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 9 )B1 - 9
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 9 )C1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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