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- PDB-5clb: Alkylpurine DNA glycosylase AlkD bound to DNA containing a 3-meth... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5clb | ||||||
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Title | Alkylpurine DNA glycosylase AlkD bound to DNA containing a 3-methyladenine analog (9-mer A) | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/DNA / DNA glycosylase / HEAT-like repeat / protein-DNA complex / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mullins, E.A. / Eichman, B.F. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The DNA glycosylase AlkD uses a non-base-flipping mechanism to excise bulky lesions. Authors: Mullins, E.A. / Shi, R. / Parsons, Z.D. / Yuen, P.K. / David, S.S. / Igarashi, Y. / Eichman, B.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 103.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 418.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5cl3C ![]() 5cl4C ![]() 5cl5C ![]() 5cl6C ![]() 5cl7C ![]() 5cl8C ![]() 5cl9C ![]() 5claC ![]() 5clcC ![]() 5cldC ![]() 5cleC ![]() 3bvsS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 28578.043 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: R8GWR7, UniProt: Q816E8*PLUS, Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds |
---|---|
#2: DNA chain | Mass: 2730.866 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: DNA chain | Mass: 2752.806 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 22% w/v PEG8000, 50 mM HEPES, pH 7.0, 50 mM calcium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 18, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.766→50 Å / Num. obs: 30648 / % possible obs: 96.7 % / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 18.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1.024 / Net I/av σ(I): 14.977 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 139873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3BVS Resolution: 1.766→46.18 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.55 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 103.35 Å2 / Biso mean: 27.2419 Å2 / Biso min: 8.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.766→46.18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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