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Yorodumi- PDB-5uug: Bacillus cereus DNA glycosylase AlkD bound to a yatakemycin-adeni... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uug | ||||||||||||
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Title | Bacillus cereus DNA glycosylase AlkD bound to a yatakemycin-adenine nucleobase adduct and DNA containing an abasic site (9-mer product complex) | ||||||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA/ANTIBIOTIC / DNA glycosylase / Protein-DNA complex / Alkylpurine / Bulky lesion / HYDROLASE-DNA-ANTIBIOTIC complex | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information Leucine-rich Repeat Variant - #90 / DNA alkylation repair enzyme / DNA alkylation repair enzyme / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha Similarity search - Domain/homology | ||||||||||||
Biological species | Bacillus cereus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.712 Å | ||||||||||||
Authors | Mullins, E.A. / Eichman, B.F. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Nat. Chem. Biol. / Year: 2017 Title: Toxicity and repair of DNA adducts produced by the natural product yatakemycin. Authors: Mullins, E.A. / Shi, R. / Eichman, B.F. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5uug.cif.gz | 192.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5uug.ent.gz | 149 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5uug.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uug | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5uufC 5uuhC 3bvsS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 28578.043 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus cereus (bacteria) / Gene: bcere0015_46090 / Plasmid: pBG103 / Production host: Escherichia coli K-12 (bacteria) / Strain (production host): HMS174(DE3) / References: UniProt: C2T7T7, UniProt: Q816E8*PLUS |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules BC
#2: DNA chain | Mass: 2656.739 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#3: DNA chain | Mass: 2697.771 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 3 types, 393 molecules
#4: Chemical | ChemComp-CA / |
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#5: Chemical | ChemComp-YTA / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 25% PEG8000, 50 mM HEPES, pH 7.0, 50 mM calcium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.71→50 Å / Num. obs: 32871 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 17.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.218 / Net I/σ(I): 10.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3BVS Resolution: 1.712→44.434 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.6
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 154.16 Å2 / Biso mean: 27.6548 Å2 / Biso min: 10.47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.712→44.434 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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