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Yorodumi- PDB-5uuf: Bacillus cereus DNA glycosylase AlkD bound to a yatakemycin-adeni... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uuf | ||||||||||||
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Title | Bacillus cereus DNA glycosylase AlkD bound to a yatakemycin-adenine nucleobase adduct and DNA containing an abasic site (12-mer product complex) | ||||||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA/ANTIBIOTIC / DNA glycosylase / Protein-DNA complex / Alkylpurine / Bulky lesion / HYDROLASE-DNA-ANTIBIOTIC complex | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Bacillus cereus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.612 Å | ||||||||||||
Authors | Mullins, E.A. / Eichman, B.F. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Nat. Chem. Biol. / Year: 2017 Title: Toxicity and repair of DNA adducts produced by the natural product yatakemycin. Authors: Mullins, E.A. / Shi, R. / Eichman, B.F. | ||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5uuf.cif.gz | 198 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5uuf.ent.gz | 154.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5uuf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5uuf_validation.pdf.gz | 737.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5uuf_full_validation.pdf.gz | 738.6 KB | Display | |
Data in XML | 5uuf_validation.xml.gz | 15.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5uuf_validation.cif.gz | 22.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uuf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uuf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5uugC 5uuhC 3bvsS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28578.043 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus cereus (bacteria) / Gene: bcere0015_46090 / Plasmid: pBG103 / Production host: Escherichia coli K-12 (bacteria) / Strain (production host): HMS174(DE3) / References: UniProt: C2T7T7, UniProt: Q816E8*PLUS |
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#2: DNA chain | Mass: 3460.235 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: DNA chain | Mass: 3750.425 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#4: Chemical | ChemComp-YTA / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.7 Details: 19% w/v PEG4000, 42 mM sodium acetate, pH 4.6, 85 mM ammonium acetate, 5% v/v glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.61→50 Å / Num. obs: 41441 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 18.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.253 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 153245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3BVS Resolution: 1.612→36.421 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.74
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 99.93 Å2 / Biso mean: 29.1679 Å2 / Biso min: 10.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.612→36.421 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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