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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4f8c | ||||||
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タイトル | Structure of the Cif:Nedd8 complex - Yersinia pseudotuberculosis Cycle Inhibiting Factor in complex with human Nedd8 | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE/PROTEIN BINDING / Effector-Host target complex / Glutamine deamidase / Deamidation / BACTERIAL EFFECTOR / CELL CYCLE-PROTEIN BINDING complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of proteolysis / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / anatomical structure morphogenesis / Iron uptake and transport / protein modification process / protein localization / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / UCH proteinases ...regulation of proteolysis / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / anatomical structure morphogenesis / Iron uptake and transport / protein modification process / protein localization / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / UCH proteinases / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Crow, A. / Banfield, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: The molecular basis of Nedd8 deamidation by the bacterial effector protein Cif 著者: Crow, A. / Hughes, R.K. / Taieb, F. / Oswald, E. / Banfield, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4f8c.cif.gz | 151.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4f8c.ent.gz | 120.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4f8c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4f8c_validation.pdf.gz | 468.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4f8c_full_validation.pdf.gz | 477.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4f8c_validation.xml.gz | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4f8c_validation.cif.gz | 41.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/4f8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/4f8c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30809.465 Da / 分子数: 2 / 断片: Effector domain, UNP residues 33-288 / 変異: C117A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌) 株: YPIII / 遺伝子: YPK_1971 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SoluBL21 / 参照: UniProt: B1JJZ9, UniProt: A0A0H3B1Q8*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 10044.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rossetta / 参照: UniProt: Q15843 #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.85 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.2M sodium malonate, 44mM bis-tris propane (pH 7.0), 66mM bis-tris propane (pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.0072 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月14日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0072 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→66.9 Å / Num. all: 57931 / Num. obs: 57931 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.1 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.463 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4FBJ 解像度: 1.95→58.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→58.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
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