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Yorodumi- PDB-6vc7: Structure of the F349A mutant of the periplasmic domain of YejM f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vc7 | |||||||||
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Title | Structure of the F349A mutant of the periplasmic domain of YejM from Salmonella typhimurium | |||||||||
Components | Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA | |||||||||
Keywords | Hydrolase / Transport protein / YejM / membrane protein / phosphatase / cardiolipin | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Salmonella typhimurium (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | |||||||||
Authors | Gabale, U. / Ressl, S. | |||||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2020 Title: The essential inner membrane protein YejM is a metalloenzyme. Authors: Gabale, U. / Pena Palomino, P.A. / Kim, H. / Chen, W. / Ressl, S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vc7.cif.gz | 860.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vc7.ent.gz | 712.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vc7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/6vc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/6vc7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6vatSC 6vdfC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 41097.707 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: F349A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (bacteria) / Gene: pbgA, FKA83_01810 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A5A8TP41, UniProt: P40709*PLUS |
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-Non-polymers , 10 types, 1062 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PEG / | #5: Chemical | ChemComp-ETA / #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Chemical | ChemComp-PG4 / #8: Chemical | ChemComp-MG / #9: Chemical | #10: Chemical | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.93 Å3/Da / Density % sol: 57.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.8 / Details: 0.1 M HEPES pH 6.8, 5% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1.001 Å |
Detector | Type: RDI CMOS_8M / Detector: CMOS / Date: Mar 14, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.001 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→43.67 Å / Num. obs: 150136 / % possible obs: 85.9 % / Redundancy: 6.4 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.123 Å / Num. unique obs: 8464 / CC1/2: 0.184 / % possible all: 48.97 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6VAT Resolution: 2.05→43.56 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.19
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 201.91 Å2 / Biso mean: 47.2317 Å2 / Biso min: 15.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→43.56 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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