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Yorodumi- PDB-6vat: Structure of the periplasmic domain of YejM from Salmonella typhi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vat | |||||||||
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Title | Structure of the periplasmic domain of YejM from Salmonella typhimurium | |||||||||
Components | Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA | |||||||||
Keywords | Hydrolase / Transport protein / YejM / membrane protein / phosphatase / cardiolipin | |||||||||
Function / homology | Function and homology information sulfuric ester hydrolase activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | |||||||||
Authors | Gabale, U. / Ressl, S. | |||||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2020 Title: The essential inner membrane protein YejM is a metalloenzyme. Authors: Gabale, U. / Pena Palomino, P.A. / Kim, H. / Chen, W. / Ressl, S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vat.cif.gz | 1012.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vat.ent.gz | 705.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vat.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6vat_validation.pdf.gz | 791.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6vat_full_validation.pdf.gz | 830.2 KB | Display | |
Data in XML | 6vat_validation.xml.gz | 83.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6vat_validation.cif.gz | 112.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/6vat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/6vat | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6vc7C 6vdfC 5i5fS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 41173.801 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar (bacteria) Gene: pbgA, FGF59_12130 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A4V1IDU5, UniProt: P40709*PLUS |
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-Non-polymers , 9 types, 716 molecules
#2: Chemical | ChemComp-PG4 / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-1PE / #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-P6G / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.77 % / Description: Thin plates |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M HEPES pH 6.8 13 % PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1.0001 Å |
Detector | Type: RDI CMOS_8M / Detector: CMOS / Date: Jun 7, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0001 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→59.65 Å / Num. obs: 94515 / % possible obs: 99.89 % / Redundancy: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 36.14 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rpim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 1.987 / Num. unique obs: 4528 / CC1/2: 0.199 / Rpim(I) all: 1.448 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5I5F Resolution: 2.35→59.65 Å / SU ML: 0.3579 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.8866 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 52.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→59.65 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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