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Yorodumi- PDB-6vat: Structure of the periplasmic domain of YejM from Salmonella typhi... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6vat | |||||||||
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| Title | Structure of the periplasmic domain of YejM from Salmonella typhimurium | |||||||||
Components | Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA | |||||||||
Keywords | Hydrolase / Transport protein / YejM / membrane protein / phosphatase / cardiolipin | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationGram-negative-bacterium-type cell wall / cardiolipin binding / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / Hydrolases; Acting on ester bonds / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | |||||||||
Authors | Gabale, U. / Ressl, S. | |||||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2020Title: The essential inner membrane protein YejM is a metalloenzyme. Authors: Gabale, U. / Pena Palomino, P.A. / Kim, H. / Chen, W. / Ressl, S. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6vat.cif.gz | 1012.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6vat.ent.gz | 705.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6vat.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/6vat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/6vat | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6vc7C ![]() 6vdfC ![]() 5i5fS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 6 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
| #1: Protein | Mass: 41173.801 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar (bacteria)Gene: pbgA, FGF59_12130 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 9 types, 716 molecules 
















| #2: Chemical | ChemComp-PG4 / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-1PE / #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-P6G / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.77 % / Description: Thin plates |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M HEPES pH 6.8 13 % PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 4.2.2 / Wavelength: 1.0001 Å |
| Detector | Type: RDI CMOS_8M / Detector: CMOS / Date: Jun 7, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.0001 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.35→59.65 Å / Num. obs: 94515 / % possible obs: 99.89 % / Redundancy: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 36.14 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rpim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 11.1 |
| Reflection shell | Resolution: 2.35→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 1.987 / Num. unique obs: 4528 / CC1/2: 0.199 / Rpim(I) all: 1.448 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5I5F Resolution: 2.35→59.65 Å / SU ML: 0.3579 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.8866 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 52.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→59.65 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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Salmonella enterica subsp. enterica serovar (bacteria)
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