[日本語] English
万見
- PDB-6jn0: Structure of H247A mutant peptidoglycan peptidase complex with te... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jn0
タイトルStructure of H247A mutant peptidoglycan peptidase complex with tetra-tri peptide
要素
  • C0O-DAL-API
  • Peptidase M23
キーワードHYDROLASE / Peptidoglycan
機能・相同性Glucose Permease (Domain IIA) / Glucose Permease (Domain IIA) / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / Distorted Sandwich / Mainly Beta / polypeptide(D) / Peptidase M23
機能・相同性情報
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.164 Å
データ登録者Min, K.J. / An, D.R. / Yoon, H.J. / Suh, S.W. / Lee, H.H.
資金援助 韓国, 米国, 8件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2015R1A5A1008958 韓国
National Research Foundation (Korea)2015R1C1A1A01054842 韓国
National Research Foundation (Korea)2018R1A2B2008142 韓国
Ministry of Science, ICT and Future Planning2014M1A8A1049296 韓国
Ministry of Science, ICT and Future Planning2013R1A2A1A05067303 韓国
National Research Foundation (Korea)2018R1D1A1B07040808 韓国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI090348 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM61629 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Peptidoglycan reshaping by a noncanonical peptidase for helical cell shape in Campylobacter jejuni.
著者: Min, K. / An, D.R. / Yoon, H.J. / Rana, N. / Park, J.S. / Kim, J. / Lee, M. / Hesek, D. / Ryu, S. / Kim, B.M. / Mobashery, S. / Suh, S.W. / Lee, H.H.
履歴
登録2019年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.02023年4月5日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 3.12024年3月20日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Peptidase M23
B: C0O-DAL-API
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9613
ポリマ－28,8952
非ポリマー651
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.796, 114.796, 55.621
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質 Peptidase M23


分子量: 28463.752 Da / 分子数: 1 / 変異: H247A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: A8118_01115 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1J6PWI8
#2: Polypeptide(D) C0O-DAL-API


分子量: 431.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.56 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8 M ammonium citrate tribasic at pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 22451 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 2.727 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.95-1.982.10.32828110.8280.2730.4281.76293.2
1.98-2.022.40.30329200.8440.2460.3911.82199.4
2.02-2.062.40.25429330.8860.2030.3261.90299.9
2.06-2.12.40.21929510.9070.1770.2831.999100
2.1-2.152.50.1929650.9240.1520.2442.058100
2.15-2.22.50.17729450.9330.1420.2282.201100
2.2-2.252.50.14929480.9470.1190.1912.328100
2.25-2.312.50.13430110.960.1070.1722.258100
2.31-2.382.50.11929200.9650.0960.1542.294100
2.38-2.462.50.10829200.9730.0870.1392.475100
2.46-2.542.50.09830050.9770.0780.1262.554100
2.54-2.652.50.08729530.9790.0690.1122.838100
2.65-2.772.50.07329300.9830.0580.0932.767100
2.77-2.912.50.06629520.9870.0520.0842.982100
2.91-3.12.50.06329710.9860.050.0813.47899.9
3.1-3.332.50.05529410.990.0440.0713.683100
3.33-3.672.50.04929610.9910.0390.0633.88699.7
3.67-4.22.50.04629300.9910.0370.0594.03199.2
4.2-5.292.40.04228740.9920.0340.0543.83297.3
5.29-502.30.04126810.9910.0340.0533.2590.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.164→31.136 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1992 1065 4.75 %
Rwork0.1611 --
obs0.1628 22429 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 165.12 Å2 / Biso mean: 47.7668 Å2 / Biso min: 18.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.164→31.136 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2014 0 31 157 2202
Biso mean--76.58 54.58 -
残基数----255
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1642-2.26270.22361420.1678258198
2.2627-2.38190.18771560.16372640100
2.3819-2.53110.1954950.16752712100
2.5311-2.72640.18181190.1722659100
2.7264-3.00060.21361590.17482630100
3.0006-3.43430.22381280.16632701100
3.4343-4.3250.15611340.13982691100
4.325-31.1360.22541320.1662750100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.0325 Å / Origin y: 44.6916 Å / Origin z: -0.3762 Å
111213212223313233
T0.1921 Å20.055 Å2-0.0129 Å2-0.2521 Å20.039 Å2--0.2175 Å2
L1.021 °2-0.3876 °2-0.5035 °2-0.6894 °20.526 °2--2.2267 °2
S-0.0543 Å °-0.082 Å °-0.0067 Å °0.0867 Å °0.0951 Å °0.0456 Å °0.2796 Å °-0.0741 Å °0.0024 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA20 - 274
2X-RAY DIFFRACTION1allA300
3X-RAY DIFFRACTION1allC301
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 174

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る