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- PDB-6hfz: Crystal structure of a two-domain esterase (CEX) active on acetyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hfz
タイトルCrystal structure of a two-domain esterase (CEX) active on acetylated mannans
要素GDSL-like protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Esterase / carbohydrate / galactoglucomannan / deacetylation / biomass / gut flora
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylxylan esterase / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Acetylxylan esterase
類似検索 - 構成要素
生物種Roseburia intestinalis L1-82 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Michalak, L. / La Rosa, S.L. / Rohr, A.K. / Aachmann, F.L. / Westereng, B.
資金援助3件
組織認可番号国
Research Council of Norway244259
Research Council of Norway240967
Research Council of Norway226244/F50
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: A pair of esterases from a commensal gut bacterium remove acetylations from all positions on complex beta-mannans.
著者: Michalak, L. / La Rosa, S.L. / Leivers, S. / Lindstad, L.J. / Rohr, A.K. / Lillelund Aachmann, F. / Westereng, B.
履歴
登録2018年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDSL-like protein
B: GDSL-like protein
C: GDSL-like protein
D: GDSL-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,43510
ポリマ－170,5434
非ポリマー8926
水14,556808
1
A: GDSL-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9333
ポリマ－42,6361
非ポリマー2972
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GDSL-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9333
ポリマ－42,6361
非ポリマー2972
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: GDSL-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6952
ポリマ－42,6361
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: GDSL-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8742
ポリマ－42,6361
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.116, 136.516, 85.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.938214, 0.177283, 0.297196), (0.212596, -0.382358, 0.899225), (0.273053, 0.906848, 0.321044)-180.19818, -66.76364, 84.10381

-
要素

#1: タンパク質
GDSL-like protein


分子量: 42635.738 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Parts of this monomer is not well defined in the electron density map.
由来: (組換発現) Roseburia intestinalis L1-82 (バクテリア)
遺伝子: ROSINTL182_05471 / プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C7G6F8
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 808 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES pH 7.5 and 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97531 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97531 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→48.19 Å / Num. obs: 155949 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.631 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 7703 / CC1/2: 0.815 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
ARP/wARPモデル構築
RESOLVEモデル構築
AutoSol位相決定
Aimless0.7.1データスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→47.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.939 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23184 7628 4.9 %RANDOM
Rwork0.18976 ---
obs0.19178 148281 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20 Å20.85 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→47.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11575 0 57 808 12440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01411922
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.66616180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9361.66624652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1251469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.36123.344631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.415151915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4261556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0143.3825891
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0133.3815890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1325.0637353
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1325.0647354
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5583.7656031
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5563.7656031
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2165.4978828
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.92440.73513280
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.91240.59313140
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 581 -
Rwork0.264 10942 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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