PDB-5uqf: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uqf

タイトル

Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Campylobacter jejuni in the complex with IMP and the inhibitor P225

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / IMPDH / TIM barrel / delta CBS / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / purine nucleotide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)

Campylobacter jejuni subsp. jejuni CG8486 (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.73 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Catalytic Domain of the Inosine Monophosphate Dehydrogenase from Campylobacter jejuni in the complex with IMP and the inhibitor P225
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gollapalli, D. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2017年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月8日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uqf.cif.gz	418.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uqf.ent.gz	340.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5uqf_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uqf_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5uqf_validation.xml.gz	40.4 KB	表示
CIF形式データ	5uqf_validation.cif.gz	54.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4r7jS 4mz1 4mz8 5upu 5upv 5upx 5upy 5uqg 5uqh 5urq 5urs 7mtx S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4x3z-2 2cu0-2 5urq-2 4qj1-d 4mz1-2 4mz1-1 5urq-1 4ix2-2 4mz8-1 5uqh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP90781

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

135 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
179 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
180 kDa, 4 ポリマー
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3

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
179 kDa, 4 ポリマー
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4

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

x 8

ソフトウェアが定義した集合体
359 kDa, 8 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	5_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	7_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	8_555	-y,-x,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.526, 118.526, 451.298
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-503- SO4
2	1	A-604- HOH

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH 分子量: 43524.820 Da / 分子数: 3 変異: the CBS domain (residues 92-195) is replaced with "Gly" 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター), (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni CG8486 (カンピロバクター) 遺伝子: guaB, CJ14980A_1064, guaB, Cj8486_1016 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic 参照: UniProt: A0A1B3XFT6, UniProt: A5KFK9, IMP dehydrogenase

#1: タンパク質

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH

分子量: 43524.820 Da / 分子数: 3
変異: the CBS domain (residues 92-195) is replaced with "Gly"
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター), (組換発現)

Campylobacter jejuni subsp. jejuni CG8486 (カンピロバクター)
遺伝子: guaB, CJ14980A_1064, guaB, Cj8486_1016 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic
参照: UniProt: A0A1B3XFT6, UniProt: A5KFK9, IMP dehydrogenase

-
非ポリマー , 8種, 99分子

#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-8KY / {2-chloro-5-[({2-[3-(prop-1-en-2-yl)phenyl]propan-2-yl}carbamoyl)amino]phenoxy}acetic acid 分子量: 402.871 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₃ClN₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.47 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 1.2 M sodium dihydrogen phosphate, 0.8 M potassium hydrogen phosphate, 0.1 M CAPS pH 10.5, 0.2 M lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.73→50 Å / Num. obs: 43356 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.3 % / R_sym value: 0.137 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.73→2.78 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Num. unique obs: 2145 / CC_1/2: 0.696 / R_sym value: 0.757 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4R7J

4r7j

解像度: 2.73→46.55 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.74

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2275	2092	4.84 %	random
R_work	0.1746	-	-	-
obs	0.1772	43204	98.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.73→46.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7908	0	244	70	8222

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8252
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.079	11132
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.981	3045
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1287
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1400

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7239-2.7873	0.3122	133	0.2506	2651	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7873-2.857	0.2726	136	0.2194	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
2.857-2.9342	0.2633	125	0.2188	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9342-3.0206	0.302	137	0.2237	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0206-3.118	0.3312	166	0.2256	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.118-3.2295	0.2773	135	0.2069	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2295-3.3587	0.2548	141	0.1932	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3587-3.5115	0.25	132	0.1853	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5115-3.6966	0.2549	148	0.1729	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6966-3.9281	0.2319	138	0.1578	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9281-4.2312	0.1729	140	0.1385	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2312-4.6566	0.1826	129	0.1292	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6566-5.3296	0.1758	142	0.1351	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3296-6.7116	0.2266	146	0.1819	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7116-46.5569	0.1979	144	0.1823	2864	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8896	0.6597	1.7865	1.9028	1.0091	1.9424	0.508	-0.1186	0.0048	0.0993	-0.1591	0.1233	-0.1022	-0.1162	-0.3232	0.4097	0.0143	0.0792	0.4535	0.0837	0.2919	-15.4414	12.8371	33.3846
2	3.8455	0.5827	0.3567	4.8567	-1.089	4.1391	0.131	0.1247	0.1828	-0.0209	0.0627	0.0685	-0.3657	-0.118	-0.1711	0.315	0.0499	0.0676	0.2513	-0.0024	0.3429	-15.6745	37.1333	19.467
3	1.0606	-0.4893	0.1007	1.5698	0.5907	0.3196	0.0387	-0.1919	0.2153	0.1362	0.0059	-0.0031	-0.0551	-0.092	-0.0474	0.325	-0.0102	0.0727	0.3717	-0.0395	0.3413	-5.4496	30.1089	30.3276
4	1.9512	0.6171	-0.4696	0.5853	-0.063	2.46	-0.0482	0.2855	-0.1074	-0.0979	0.0719	-0.0091	0.0022	-0.0513	-0.0276	0.3244	0.0253	0.0113	0.2286	0.001	0.347	-9.9157	22.2685	11.7743
5	1.6316	-0.7853	0.7891	3.0983	2.3447	4.9202	0.2314	0.1727	0.067	0.2735	-0.1275	-0.2572	0.3306	-0.145	-0.1761	0.3229	-0.0501	0.0462	0.29	0.105	0.3893	-17.3126	8.0878	24.9555
6	1.0174	0.048	-0.4126	1.4454	-0.1728	1.9208	-0.0014	-0.2275	-0.0338	0.2734	0.0924	-0.0629	0.0151	0.1026	-0.1004	0.3205	-0.0192	-0.0447	0.3112	-0.027	0.2475	-39.3188	44.2076	104.7365
7	2.2529	2.9794	1.1896	5.115	0.0863	2.7125	-0.0193	0.1749	-0.3627	-0.3485	0.072	0.0488	0.3937	0.0154	-0.0387	0.3269	0.0409	-0.0259	0.3597	-0.0115	0.3187	-40.2582	28.115	87.8908
8	2.5622	2.7452	-0.4933	5.013	0.1521	3.1963	-0.0046	-0.2221	-0.095	-0.4268	0.0515	-0.3899	0.0525	0.4984	-0.0857	0.3892	0.1125	-0.0501	0.3837	-0.0413	0.4118	-34.115	22.3788	91.5222
9	6.17	-1.1609	-2.9116	1.5129	1.1476	3.8752	0.2882	0.246	-0.3813	-0.1288	-0.2678	-0.0418	0.2497	-0.3877	0.0024	0.3611	-0.031	-0.0892	0.2985	0.0329	0.2883	-46.3443	19.6067	98.5065
10	1.3232	0.1211	-0.378	1.1259	0.3648	0.2461	0.0398	-0.1472	-0.0487	0.0632	0.0283	-0.0635	0.0443	0.0947	-0.0487	0.2831	0.0263	-0.0318	0.2895	0.0009	0.2357	-48.228	33.2809	104.7691
11	5.4163	-0.5198	-0.6754	2.0177	-2.6852	7.12	0.0928	0.0036	0.0612	-0.3696	-0.1345	-0.1414	0.5975	0.259	0.0554	0.3132	0.0116	0.01	0.2663	-0.0761	0.2698	-48.2388	36.6866	79.6404
12	2.9193	0.3047	-0.5745	1.3726	0.4201	3.5447	-0.2504	0.3875	-0.0936	-0.356	0.1629	-0.0871	-0.0869	0.3498	0.024	0.2902	0.0625	-0.0165	0.162	0.0542	0.2975	-42.2233	41.5286	89.2724
13	2.9624	-1.238	-0.9914	4.0329	-1.1098	2.8623	0.0234	0.2079	0.0224	-0.0418	0.0194	-0.036	-0.0945	-0.1722	-0.0651	0.2756	-0.0707	-0.0372	0.284	-0.0532	0.3086	-40.6032	54.9107	97.5577
14	2.3897	-0.1527	0.6004	1.6415	-0.0881	1.0687	0.0129	0.1932	-0.2086	-0.2422	0.0904	0.0742	0.1486	0.0981	-0.1261	0.3861	-0.0442	-0.0552	0.3257	0.0139	0.2896	-71.1473	36.3534	43.0688
15	7.325	-0.4178	-1.0009	5.3886	-0.2879	4.5655	-0.0426	-0.2788	-0.3151	0.1594	0.0842	0.0649	0.3139	-0.2391	-0.0492	0.3657	-0.0165	-0.0563	0.2194	0.0042	0.3854	-68.6966	17.9806	54.9435
16	1.9824	0.6509	0.0698	0.4274	-0.2347	0.8697	-0.0491	0.1795	-0.19	-0.278	0.1394	-0.1178	0.1077	0.0577	-0.0959	0.3554	-0.0149	-0.0329	0.3224	-0.0698	0.4024	-59.8755	28.654	42.2594
17	6.7067	2.1902	-3.341	2.6094	0.3991	4.1101	-0.0838	-0.1918	-0.29	0.2824	-0.0107	-0.0855	0.2293	0.1851	0.1096	0.3326	0.0252	-0.0412	0.3381	0.0433	0.2897	-59.1018	34.6175	65.0603
18	3.0753	0.1927	-0.299	3.3409	-1.674	4.1402	0.0134	0.2616	0.0577	-0.2566	0.1035	0.3628	0.2296	-0.2884	-0.1704	0.2656	0.0177	-0.0216	0.3063	-0.0389	0.3698	-77.1164	42.4642	44.0383
19	5.0077	2.6423	-2.5716	3.9438	2.5435	7.2746	-0.3194	-0.2182	0.1951	0.4016	0.0218	-0.6014	-0.2042	0.2545	0.2474	0.4323	0.0408	-0.0689	0.4482	0.1343	0.4078	-75.2379	52.261	60.3277

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 226 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 227 through 361 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 362 through 441 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 442 through 482 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 0 through 45 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 46 through 74 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 75 through 226 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 227 through 250 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 251 through 356 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 357 through 391 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 392 through 441 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 442 through 482 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 0 through 53 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 54 through 226 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 227 through 361 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 362 through 422 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 423 through 466 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 467 through 482 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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