PDB-5ume: Crystal Structure of 5,10-Methylenetetrahydrofolate Reductase Met...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ume

タイトル

Crystal Structure of 5,10-Methylenetetrahydrofolate Reductase MetF from Haemophilus influenzae

要素

5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha-beta structure / TIM barrel / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) / methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) activity / methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H] activity / : / tetrahydrofolate interconversion / FAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Kim, Y. / Mulligan, R. / Maltseva, N. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2025
タイトル: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria.
著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...

履歴

登録	2017年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2025年6月25日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ume.cif.gz	702.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ume.ent.gz	589.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ume.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5ume ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/5ume	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tr3C 5tv2C 5ty0C 5u1oC 5u2gC 5u47C 5ue1C 5umgC 5us8C 5uswC 5usxC 5utxC 5uu6C 5uwyC 5ux9C 5v0iC 5v36C 5vdnC 5vfbC 5vh6C 5vt3C 5wi5C 5wp0C 6aonC 6aooC 6awaC 6aziC 6b4oC 6b5fC 6b8dC 6balC 6bk7C 6blbC 6bq9C 6bz0C 6c8qC 6cmzC 6cn1C 6czpC 6e5yC 6muqC 6n0iC 6n7fC 6nbkC 6nfpC 6nkjC 6po4C 6pu9C 6puaC 6pxaC 6w2zC 9bznC 9bzqC 9bzrC 3fstS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zrq-2 1zrq-1 1zp3-3 6pey-5 1zp3-1 1zp3-2 6pey-4 2d5c-d 1xdl-4 6wx8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

B: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

C: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

D: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

E: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

F: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

ヘテロ分子

206 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

D: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

F: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

E: 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.065, 134.960, 182.985
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	5,10-methylenetetrahydrofolate reductase 分子量: 33338.113 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌) 株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: metF, HI_1444 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold 参照: UniProt: P45208, methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H]

#1: タンパク質

5,10-methylenetetrahydrofolate reductase

分子量: 33338.113 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: metF, HI_1444 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold
参照: UniProt: P45208, methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H]

-
非ポリマー , 6種, 71分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID 分子量: 60.052 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID 分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1M 0.1 M imidazole, pH 8.0, 20 %(w/v) PEG1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97914 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→43.728 Å / Num. obs: 61981 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.1 % / R_sym value: 0.121 / Net I/σ(I): 17.04
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2984 / CC_1/2: 0.667 / R_sym value: 0.968 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3fst

3fst

解像度: 2.7→43.728 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 26.42

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2284	3025	4.95 %	random
R_work	0.1692	-	-	-
obs	0.1721	61077	98.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→43.728 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13515	0	384	48	13947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	14224
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.004	19305
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.591	8407
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	2142
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2433

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6997-2.7419	0.3618	125	0.2946	2496	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7419-2.7868	0.3186	132	0.2606	2519	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7868-2.8349	0.2674	133	0.245	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8349-2.8864	0.3465	137	0.2527	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8864-2.9419	0.3456	125	0.2435	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9419-3.002	0.3259	139	0.2474	2641	X-RAY DIFFRACTION	99
3.002-3.0672	0.334	129	0.2561	2602	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0672-3.1386	0.3214	151	0.2357	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1386-3.217	0.3574	134	0.2195	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
3.217-3.304	0.2753	143	0.1894	2619	X-RAY DIFFRACTION	99
3.304-3.4012	0.2809	141	0.2008	2532	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4012-3.5109	0.2755	142	0.1793	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5109-3.6363	0.2823	151	0.1812	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6363-3.7818	0.2316	128	0.1726	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7818-3.9538	0.2324	149	0.1564	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9538-4.1622	0.2238	152	0.1466	2639	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1622-4.4227	0.1901	110	0.1405	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4227-4.7638	0.212	129	0.1351	2684	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7638-5.2425	0.2038	150	0.1359	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2425-5.9994	0.1965	144	0.1532	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9994-7.5523	0.2019	150	0.166	2706	X-RAY DIFFRACTION	98
7.5523-43.7335	0.1533	131	0.148	2819	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2844	2.9371	5.69	5.9399	3.348	8.1429	0.2318	0.3965	-0.461	-0.156	-0.293	0.606	0.6383	-0.1826	0.1432	0.7555	0.1491	-0.0735	0.8694	0.014	0.798	26.0331	7.9116	101.6958
2	7.273	0.1644	-0.1058	5.0262	-1.1826	7.074	-0.1112	-2.2979	0.9744	1.1202	0.1537	0.216	-0.7442	-0.5267	0.0632	0.667	0.1119	-0.0048	1.183	-0.2997	0.6364	30.0096	17.4681	121.6014
3	4.1762	-0.7979	0.2139	3.0369	-1.8742	4.9813	0.2481	-0.7201	0.5131	0.3759	-0.2548	-0.2066	-0.4924	0.4754	0.0399	0.4546	-0.1007	-0.0046	0.6724	-0.1334	0.5639	46.652	18.977	112.3016
4	8.1929	-5.4285	-1.3052	5.7071	1.0308	3.4935	-0.2896	0.61	0.1346	0.0366	-0.1748	-0.1546	-0.0985	-0.0562	0.3774	0.574	-0.0406	-0.1307	0.5202	-0.0671	0.5864	35.8994	18.7558	99.1377
5	6.4662	-0.6617	2.5096	5.1126	-1.3127	3.464	0.0108	0.0009	0.1383	0.0248	0.0312	-0.2167	-0.0561	0.2133	-0.0177	0.4494	0.0038	0.0152	0.5454	-0.0859	0.3888	23.6865	17.0255	101.3655
6	2.3893	-0.7795	-0.2422	2.1658	-1.6613	2.0261	0.1777	0.0342	-1.0428	-0.0166	-0.4811	0.3422	0.4181	0.0448	0.0417	0.9257	-0.1506	-0.3296	0.6094	0.0488	1.0701	9.1478	-32.8632	74.0475
7	1.9178	-0.8342	-0.0718	2.1478	-0.494	2.2002	0.4747	0.3303	-1.0451	-0.292	-0.2217	0.4407	0.5941	-0.6428	-0.3128	0.7966	-0.1743	-0.2767	0.7534	-0.1256	1.0121	-4.323	-24.5613	62.6181
8	2.6476	-1.3896	-3.0157	4.462	-0.2375	4.4986	0.3466	0.1778	-0.0652	-0.227	0.1041	-0.5028	-0.304	-0.0504	-0.2319	0.6828	0.0259	-0.1387	0.6489	-0.0373	0.5739	6.4034	-9.0669	65.3152
9	7.887	-3.4753	-1.9794	2.8376	-0.7592	2.6469	0.204	1.47	-1.5661	-0.3604	-0.5999	0.653	0.2477	-0.1711	0.1977	0.7581	-0.0193	-0.1806	0.9181	-0.2367	0.5918	13.1127	-19.2658	63.1464
10	6.9677	-3.4574	-2.4727	5.4372	-1.8352	5.954	0.0603	1.2427	0.1461	0.1232	-0.036	-0.3898	0.3416	0.2696	-0.0589	0.6911	-0.1206	-0.1491	0.699	-0.1413	0.5786	23.5952	-17.2477	68.167
11	5.0818	-1.3206	0.2703	5.3662	-1.0853	6.9728	0.4188	-0.4306	-0.8328	-0.554	0.2779	0.339	-0.0188	-0.0088	-0.6941	0.697	-0.1449	-0.2587	0.6557	-0.0294	0.6172	12.7031	-21.7987	76.9161
12	5.2502	0.9524	0.3708	3.1382	1.0265	3.6	-0.0727	0.549	0.0495	-0.1733	0.251	-0.0952	-0.1551	0.0656	-0.1876	0.5609	0.0406	-0.0103	0.7611	0.0199	0.4559	8.7454	8.8042	34.2729
13	4.6867	1.1785	0.2422	2.1515	0.2405	2.1662	-0.0531	-0.0098	0.1774	0.206	-0.0444	0.0583	-0.209	-0.283	0.1452	0.555	0.0691	-0.0576	0.5763	0.0484	0.4321	5.4224	11.9356	47.0968
14	3.7373	1.2466	1.5351	4.4635	-2.9133	6.1783	-0.0313	-0.8249	0.9679	0.2081	0.0694	-0.0744	-0.2004	0.5252	0.0718	0.8337	0.0375	-0.1625	0.9788	-0.3618	0.6449	4.9294	20.2652	93.2747
15	6.1942	0.5621	2.4089	2.5987	2.9591	4.9646	-0.0695	-0.8975	0.7333	-0.0621	0.0502	1.2076	-0.2142	-1.4075	0.0059	0.575	0.1541	-0.064	1.0109	-0.1695	0.7109	-13.7368	17.7127	91.1219
16	5.4921	-0.9818	0.3154	3.2208	0.4731	2.5542	-0.1269	0.023	0.0075	-0.3095	0.0322	0.6144	0.2174	-0.8068	0.0276	0.5499	-0.1595	-0.0771	0.944	0.0455	0.5417	-13.6445	7.4304	80.3543
17	4.2005	0.2907	3.4936	1.8693	0.3165	6.2209	-0.0924	-0.1772	-0.0929	-0.0865	0.3033	-0.113	0.3126	-0.3818	-0.1848	0.5073	-0.0064	0.0105	0.5607	-0.0305	0.5289	6.7467	9.8235	90.4613
18	3.9161	-4.2688	0.5701	4.6625	-0.7727	5.1429	-0.7231	0.6948	-0.632	0.6971	0.0009	0.4476	-0.4135	0.1268	0.5314	1.4326	-0.2274	-0.1397	1.822	-0.0692	2.0963	16.0614	13.2003	64.814
19	4.6956	-0.3841	-0.506	6.0766	1.2262	6.7039	-0.3712	0.7489	1.1566	-0.5533	0.1506	-0.6085	-0.9014	1.11	0.1531	0.7279	-0.3287	-0.2311	0.7895	0.2756	0.8631	46.9154	26.3848	54.5869
20	6.3068	1.4077	-0.2133	5.6572	-1.9118	5.4708	-0.4208	-0.3096	0.5191	-0.0679	-0.065	-0.3996	-0.465	0.7143	0.4409	0.4895	0.008	-0.1049	0.6589	-0.0289	0.5025	51.982	16.3549	69.6218
21	4.5706	2.1526	3.6882	3.1118	2.7807	7.707	-0.136	-0.1602	-0.1175	0.1271	0.2854	-0.375	-0.043	0.2951	-0.1371	0.5595	0.0428	-0.1219	0.6056	0.1725	0.6988	34.8145	13.2133	56.6651
22	5.1635	1.6903	0.1226	5.8552	0.4632	7.7479	0.2574	0.4183	-0.1351	-0.2026	-0.2186	0.2735	0.4069	0.2421	-0.1294	0.539	0.1317	0.058	0.6017	-0.0624	0.5797	46.4751	-23.7302	81.0863
23	3.408	-1.0774	0.3112	3.9805	-0.1652	1.3928	0.0889	-0.207	-0.0211	0.1952	-0.1792	-0.3156	0.1502	0.4375	0.0615	0.495	0.0346	-0.0182	0.6776	0.0651	0.4174	51.2143	-9.7776	91.5456
24	7.2733	2.8541	-0.4802	4.3098	1.0995	1.1021	0.3022	-0.6243	-0.4381	-0.0202	-0.1174	0.1919	0.2131	0.0809	-0.2197	0.6068	0.1062	-0.1589	0.6723	0.0275	0.4507	31.9739	-17.3085	83.5164

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 79 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 80 through 185 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 186 through 224 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 225 through 292 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 20 through 49 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 50 through 173 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 174 through 199 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 200 through 225 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 226 through 265 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 266 through 292 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 4 through 107 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 108 through 292 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 2 through 49 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 50 through 93 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 94 through 173 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 174 through 292 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid -1 through 15 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 16 through 78 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 79 through 199 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 200 through 292 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 7 through 79 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 80 through 214 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 215 through 292 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-
非ポリマー , 6種, 71分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-非ポリマー , 6種, 71分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-
非ポリマー , 6種, 71分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)