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- PDB-5uix: Crystal Structure of the DH576 CD4bs Fab (unliganded) from the RV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uix
タイトルCrystal Structure of the DH576 CD4bs Fab (unliganded) from the RV305 HIV Vaccine Trial
要素
  • DH576 Fab heavy chain
  • DH576 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / FAB FRAGMENT / HIV-1 / ANTIBODY
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Fera, D. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1F32AI116355-01 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1033098 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2017
タイトル: Boosting of HIV envelope CD4 binding site antibodies with long variable heavy third complementarity determining region in the randomized double blind RV305 HIV-1 vaccine trial.
著者: David Easterhoff / M Anthony Moody / Daniela Fera / Hao Cheng / Margaret Ackerman / Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Justin Pollara / Nathan Vandergrift / Rob Parks / Jerome Kim / Nelson L ...著者: David Easterhoff / M Anthony Moody / Daniela Fera / Hao Cheng / Margaret Ackerman / Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Justin Pollara / Nathan Vandergrift / Rob Parks / Jerome Kim / Nelson L Michael / Robert J O'Connell / Jean-Louis Excler / Merlin L Robb / Sandhya Vasan / Supachai Rerks-Ngarm / Jaranit Kaewkungwal / Punnee Pitisuttithum / Sorachai Nitayaphan / Faruk Sinangil / James Tartaglia / Sanjay Phogat / Thomas B Kepler / S Munir Alam / Hua-Xin Liao / Guido Ferrari / Michael S Seaman / David C Montefiori / Georgia D Tomaras / Stephen C Harrison / Barton F Haynes /
要旨: The canary pox vector and gp120 vaccine (ALVAC-HIV and AIDSVAX B/E gp120) in the RV144 HIV-1 vaccine trial conferred an estimated 31% vaccine efficacy. Although the vaccine Env AE.A244 gp120 is ...The canary pox vector and gp120 vaccine (ALVAC-HIV and AIDSVAX B/E gp120) in the RV144 HIV-1 vaccine trial conferred an estimated 31% vaccine efficacy. Although the vaccine Env AE.A244 gp120 is antigenic for the unmutated common ancestor of V1V2 broadly neutralizing antibody (bnAbs), no plasma bnAb activity was induced. The RV305 (NCT01435135) HIV-1 clinical trial was a placebo-controlled randomized double-blinded study that assessed the safety and efficacy of vaccine boosting on B cell repertoires. HIV-1-uninfected RV144 vaccine recipients were reimmunized 6-8 years later with AIDSVAX B/E gp120 alone, ALVAC-HIV alone, or a combination of ALVAC-HIV and AIDSVAX B/E gp120 in the RV305 trial. Env-specific post-RV144 and RV305 boost memory B cell VH mutation frequencies increased from 2.9% post-RV144 to 6.7% post-RV305. The vaccine was well tolerated with no adverse events reports. While post-boost plasma did not have bnAb activity, the vaccine boosts expanded a pool of envelope CD4 binding site (bs)-reactive memory B cells with long third heavy chain complementarity determining regions (HCDR3) whose germline precursors and affinity matured B cell clonal lineage members neutralized the HIV-1 CRF01 AE tier 2 (difficult to neutralize) primary isolate, CNE8. Electron microscopy of two of these antibodies bound with near-native gp140 trimers showed that they recognized an open conformation of the Env trimer. Although late boosting of RV144 vaccinees expanded a novel pool of neutralizing B cell clonal lineages, we hypothesize that boosts with stably closed trimers would be necessary to elicit antibodies with greater breadth of tier 2 HIV-1 strains.
TRIAL REGISTRATION: ClinicalTrials.gov NCT01435135.
履歴
登録2017年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _software.name
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DH576 Fab heavy chain
L: DH576 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3192
ポリマ－48,3192
非ポリマー00
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.638, 149.725, 74.108
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: 抗体 DH576 Fab heavy chain


分子量: 24942.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK 293T / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DH576 Fab light chain


分子量: 23376.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 % / Mosaicity: 1.316 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 4000, 100mM Hepes, pH 7.0, 1M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月6日
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL SI(220) SIDE BOUNCE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→50 Å / Num. obs: 16590 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 32.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Rpim(I) all: 0.115 / Rrim(I) all: 0.248 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 3.1 / Num. measured all: 65840
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.51-2.552.70.78190.5710.470.8490.5194.9
2.55-2.630.6648010.6240.4070.7850.53195.8
2.6-2.653.60.78280.6470.390.8070.5596.4
2.65-2.73.80.6348140.740.3440.7260.5498.5
2.7-2.7640.5868230.750.3140.6690.56897.5
2.76-2.834.10.5518450.7530.2910.6270.60699.2
2.83-2.94.20.4858240.8020.2510.550.6697.3
2.9-2.984.10.4468220.7870.2390.5090.65997
2.98-3.0640.3838230.8670.2060.4380.70598.7
3.06-3.163.70.3378310.8810.1880.3880.81696.7
3.16-3.284.30.38190.9130.1530.3390.87796.6
3.28-3.414.40.2538240.9380.1270.2851.00496.4
3.41-3.564.30.2338280.9420.1180.2631.15896.6
3.56-3.754.30.2178370.9570.1090.2451.44997.1
3.75-3.984.10.1878320.9620.0970.2121.50297.3
3.98-4.293.90.1518330.9690.0810.1731.64296.9
4.29-4.724.50.1438270.980.070.161.90595.4
4.72-5.414.30.1368460.9760.0680.1541.59295.7
5.41-6.8140.138400.9740.0680.1471.17594.9
6.81-504.10.1048740.990.0540.1181.47293

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.62 Å43.82 Å
Translation5.62 Å43.82 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JM2, 4LSS

4jm2

4lss


解像度: 2.501→43.819 Å / FOM work R set: 0.8308 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2503 815 4.91 %
Rwork0.2111 15773 -
obs0.2131 16588 96.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.34 Å2 / Biso mean: 53.7 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.501→43.819 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3357 0 0 86 3443
Biso mean---49.89 -
残基数----439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8884662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004598
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8951235
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5011-2.65770.31791170.28362522263993
2.6577-2.86290.31311410.25832642278398
2.8629-3.15090.30231420.23982616275898
3.1509-3.60670.26361100.21212658276897
3.6067-4.54330.20091510.1812647279897
4.5433-43.82570.2311540.18532688284295
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -325.8989 Å / Origin y: 168.389 Å / Origin z: 235.8621 Å
111213212223313233
T0.3012 Å2-0.004 Å2-0.0128 Å2-0.2985 Å2-0.0033 Å2--0.3027 Å2
L0.2006 °2-0.0412 °2-0.1087 °2-0.1194 °2-0.078 °2--0.2875 °2
S-0.0012 Å °-0.0089 Å °0.0228 Å °0.0001 Å °-0.0053 Å °-0.028 Å °-0.0194 Å °-0.021 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 230
2X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 213
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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