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- PDB-5tth: Heterodimeric SpyCatcher/SpyTag-fused zebrafish TRAP1 in ATP/ADP-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tth
タイトルHeterodimeric SpyCatcher/SpyTag-fused zebrafish TRAP1 in ATP/ADP-hybrid state
要素
  • C-terminal SpyCatcher fusion of wildtype zebrafish TNF receptor-associated protein 1
  • C-terminal Spytag fusion of R417A zebrafish TNF receptor-associated protein 1
キーワードCHAPERONE / Hsp90 / ATP / Trap1 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


Citric acid cycle (TCA cycle) / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / mitochondrial inner membrane / calcium ion binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein 90, C-terminal domain / Fibronectin binding repeat / Collagen-binding surface protein Cna-like, B-type domain / Fibronectin binding repeat / Cna protein B-type domain / Uncharacterised domain CHP03934, TQXA / Rossmann fold - #11260 / Thioester domain / Thioester domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #80 ...Heat shock protein 90, C-terminal domain / Fibronectin binding repeat / Collagen-binding surface protein Cna-like, B-type domain / Fibronectin binding repeat / Cna protein B-type domain / Uncharacterised domain CHP03934, TQXA / Rossmann fold - #11260 / Thioester domain / Thioester domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #80 / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial / Fibronectin binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Elnatan, D. / Betegon, M. / Liu, Y. / Agard, D.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U01 GM098254. 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Symmetry broken and rebroken during the ATP hydrolysis cycle of the mitochondrial Hsp90 TRAP1.
著者: Elnatan, D. / Betegon, M. / Liu, Y. / Ramelot, T. / Kennedy, M.A. / Agard, D.A.
履歴
登録2016年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-terminal SpyCatcher fusion of wildtype zebrafish TNF receptor-associated protein 1
B: C-terminal Spytag fusion of R417A zebrafish TNF receptor-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,3028
ポリマ－160,2672
非ポリマー1,0356
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14520 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area58580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.086, 95.711, 126.558
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 134.590, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 C-terminal SpyCatcher fusion of wildtype zebrafish TNF receptor-associated protein 1 / Trap1 protein


分子量: 83827.672 Da / 分子数: 1 / 変異: I734E and M769Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ), (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: trap1, fba2 / プラスミド: pet151DTOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: A8WFV1, UniProt: Q8G9G1
#2: タンパク質 C-terminal Spytag fusion of R417A zebrafish TNF receptor-associated protein 1 / Trap1 protein


分子量: 76439.688 Da / 分子数: 1 / 変異: R417A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ), (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: trap1, fba2 / プラスミド: pet151DTOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: A8WFV1, UniProt: Q8G9G1
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.19 M potassium acetate, 20-22% PEG3350, Benzamidine hydrochloride (5-25 mM)

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データ収集

回折平均測定温度: 91.4 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→90.13 Å / Num. obs: 21244 / % possible obs: 83 % / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.146 / Net I/σ(I): 9.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J0B

4j0b


解像度: 3.2→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.65
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1014 4.8 %RANDOM
Rwork0.2284 ---
obs0.2299 21154 82.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 300.94 Å2 / Biso mean: 126.776 Å2 / Biso min: 38.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20.35 Å2
2---1.62 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10351 0 64 0 10415
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01910642
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0210214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.491.97114364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.596323511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0151291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.92923.992506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.678151950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1961579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211853
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.022438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.928.625167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.928.6185166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.99312.9136439
LS精密化 シェル解像度: 3.197→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 79 -
Rwork0.357 1403 -
all-1482 -
obs--80.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.89110.397-1.23870.993-0.23070.93920.20510.62260.4401-0.4784-0.1247-0.0134-0.05140.1266-0.08050.48020.1431-0.17920.23740.01730.2751-35.818.874-18.689
23.67930.2717-0.67566.9282-1.14642.22130.15270.3570.0757-0.5548-0.02260.6027-0.0599-0.2218-0.130.24470.0265-0.24440.118-0.00520.2728-54.164.392-16.654
33.43411.87673.52622.84073.97386.11220.099-0.23720.0280.2856-0.24330.3240.2779-0.3680.14420.2731-0.01760.02430.0288-0.01060.4547-46.38112.3248.977
43.15370.583.1120.72390.71035.2865-0.27260.00660.43610.39030.034-0.2256-0.47260.72670.23850.5377-0.0374-0.18010.27290.03640.4474-24.28624.80125.231
53.35811.51982.80992.7056-1.04927.73090.33580.21490.1375-0.3156-0.2906-0.337-0.01940.6855-0.04520.749-0.08150.04550.7459-0.04120.5104-7.88210.96556.297
68.9331.1396-1.812.59890.84130.8445-0.26020.0309-0.5893-0.0130.1018-0.06580.07720.05550.15840.6141-0.1226-0.10710.4426-0.04130.3002-16.8970.91656.44
77.77011.71921.27617.40471.24192.44760.2526-0.04750.3226-0.2296-0.1518-0.5496-0.0486-0.0039-0.10070.7585-0.06010.05260.72460.02780.30057.8433.80982.413
83.07570.14640.75421.6381-0.31681.09440.01950.69790.3558-0.4602-0.1947-0.1116-0.00570.23640.17520.33970.07260.00440.23870.00570.2407-18.8964.731-17.152
97.59731.3241-0.51824.2664-0.1077.27460.33050.25090.2852-0.518-0.2273-0.012-0.4243-0.632-0.10310.14990.0764-0.06110.08080.04210.2588-20.159-5.4196.735
101.9174-4.87674.321612.4201-10.99749.74680.08920.01230.0041-0.2715-0.1032-0.06840.25610.03960.01390.5153-0.02350.11670.54110.03050.6066-31.2960.201-3.848
111.24890.2837-1.67440.64870.50246.3444-0.0126-0.17-0.01040.23270.02810.11640.0934-0.1904-0.01560.28240.072-0.11810.16250.02220.3147-28.99-11.3143.718
125.6223-0.58212.03472.1170.1146.95-0.73770.70180.6145-0.15720.5951-0.2803-1.08580.55910.14260.552-0.05850.07370.62930.04060.56168.3039.74189.793
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A85 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2A151 - 277
3X-RAY DIFFRACTION3A278 - 411
4X-RAY DIFFRACTION4A412 - 588
5X-RAY DIFFRACTION5A589 - 679
6X-RAY DIFFRACTION6A680 - 717
7X-RAY DIFFRACTION7A722 - 803
8X-RAY DIFFRACTION8B85 - 340
9X-RAY DIFFRACTION9B341 - 414
10X-RAY DIFFRACTION10B415 - 424
11X-RAY DIFFRACTION11B425 - 717
12X-RAY DIFFRACTION12B722 - 737

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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