PDB-5tvx: Crystal structure of mitochondrial Hsp90 (TRAP1) with ATP in abse...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tvx

タイトル

Crystal structure of mitochondrial Hsp90 (TRAP1) with ATP in absence of Mg, fully hydrolyzed

要素

TNF receptor-associated protein 1

キーワード

CHAPERONE / Hsp90 / ATP / TRAP1

機能・相同性

機能・相同性情報

Citric acid cycle (TCA cycle) / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / mitochondrial inner membrane / calcium ion binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Elnatan, D. / Betegon, M. / Agard, D.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Symmetry broken and rebroken during the ATP hydrolysis cycle of the mitochondrial Hsp90 TRAP1.
著者: Elnatan, D. / Betegon, M. / Liu, Y. / Ramelot, T. / Kennedy, M.A. / Agard, D.A.

履歴

登録	2016年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tvx.cif.gz	481.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tvx.ent.gz	396.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tvx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5tvx_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tvx_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5tvx_validation.xml.gz	47.5 KB	表示
CIF形式データ	5tvx_validation.cif.gz	67.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tthC 5tvuC 5tvwC 4ipeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6xg6-d 6d14-d 4ipe-d 5tvw-d 4iyn-d 5tvu-d 5fn3-d 6ppp-d 3kl3-d 5nbd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (5)

登録構造単位

B: TNF receptor-associated protein 1

A: TNF receptor-associated protein 1

ヘテロ分子

150 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.491, 96.820, 125.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 134.18, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	TNF receptor-associated protein 1 / Trap1 protein 分子量: 74635.625 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 73-719 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: trap1 / Variant: delta1-72 / プラスミド: pET151DTOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: A8WFV1
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M NaK Tartrate, 20% (v/v) PEG3350, 36 mM hexamine cobalt, 5 mM ATP, 5 mM EDTA

-
データ収集

回折	平均測定温度: 91.4 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→40.54 Å / Num. obs: 77629 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 1.9 % / Net I/σ(I): 7.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
iMOSFLM	7.2.1	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IPE

4ipe

解像度: 2.2→39.97 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.47

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2365	3992	5.15 %
R_work	0.1885	-	-
obs	0.1909	77583	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9570	0	54	374	9998

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9800
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.965	13214
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.375	5989
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1472
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1689

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2259	0.3848	135	0.3523	2487	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2259-2.253	0.404	159	0.3676	2521	X-RAY DIFFRACTION	99
2.253-2.2816	0.3793	166	0.3432	2457	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2816-2.3116	0.3753	171	0.3176	2501	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3116-2.3432	0.3575	159	0.2913	2495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3432-2.3767	0.3159	133	0.2816	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3767-2.4122	0.2717	132	0.2654	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4122-2.4499	0.2981	110	0.262	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4499-2.49	0.3266	155	0.2676	2518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.533	0.3049	169	0.2472	2507	X-RAY DIFFRACTION	100
2.533-2.579	0.3405	163	0.2425	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.579-2.6286	0.3317	107	0.2392	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6286-2.6822	0.3068	154	0.2239	2510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6822-2.7406	0.2824	106	0.2233	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7406-2.8043	0.3253	124	0.2177	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8043-2.8744	0.2956	119	0.2184	2526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8744-2.9521	0.2981	102	0.2182	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9521-3.0389	0.2627	160	0.2173	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0389-3.137	0.2171	124	0.2069	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.137-3.249	0.3047	126	0.204	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.249-3.3791	0.2623	145	0.1897	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3791-3.5328	0.2286	122	0.1793	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5328-3.7189	0.2162	116	0.1694	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7189-3.9517	0.1934	114	0.1598	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9517-4.2565	0.1623	126	0.1432	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2565-4.6843	0.1712	179	0.131	2497	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6843-5.3607	0.2166	120	0.1464	2583	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3607-6.7486	0.2082	139	0.1833	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7486-39.9766	0.1877	157	0.1587	2570	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6779	-0.6868	0.6267	2.9205	0.3088	2.6852	0.024	-0.3966	0.0382	0.0756	0.0215	-0.2575	0.0385	0.0286	-0.0406	0.2768	-0.0419	-0.021	0.3267	-0.0164	0.3355	99.8171	19.1243	148.1051
2	2.5795	-0.7332	1.7914	2.0033	-0.6941	4.8772	-0.0024	0.307	-0.0999	-0.3677	-0.133	0.3667	0.1113	-0.1557	0.1556	0.4494	0.0052	-0.0383	0.3045	-0.0814	0.4206	83.854	32.9008	121.9046
3	0.8924	-0.4851	-0.9227	1.6646	-0.6174	1.8713	-0.2532	-0.04	1.1251	-0.9481	-0.2452	1.0228	-0.866	-1.3487	0.513	1.1504	0.3282	-0.5458	1.0391	-0.1926	1.298	62.9939	42.3761	101.8733
4	2.7796	-1.6167	-0.4647	3.4665	0.2967	2.4505	-0.1279	0.4356	0.3365	-0.2619	-0.3546	0.869	-0.485	-0.8495	0.4328	0.7502	0.0207	-0.311	0.9181	0.0543	0.8072	58.0489	21.7264	79.0881
5	4.2485	0.2876	0.9819	1.9404	0.1013	2.6341	0.107	-0.6693	0.1812	0.3975	-0.2628	0.3732	0.0409	-0.1309	0.1282	0.3855	-0.1099	0.1827	0.5274	-0.1458	0.6153	63.5977	22.0446	156.2874
6	1.3302	-0.5622	-1.024	2.6103	0.5727	3.4847	0.1879	0.1079	0.3164	-0.0546	-0.0352	-0.0456	-0.1033	0.0861	-0.1145	0.2635	0.0208	0.0385	0.3183	0.0427	0.4003	66.377	6.5943	124.6148
7	3.4911	0.2381	-1.0053	2.4352	-0.0556	3.6266	-0.4785	0.0197	-0.3243	-0.1851	0.3128	0.234	0.5784	0.1573	0.1723	0.5418	-0.0385	0.0177	0.3947	0.0543	0.2844	75.5813	-3.2486	96.0738
8	3.0349	-0.4865	-0.326	1.7999	-0.8314	3.3763	-0.1974	0.6338	0.291	-0.4857	0.0752	0.1503	-0.0511	0.0243	0.1386	0.7062	-0.1605	-0.1126	0.5929	0.1316	0.3079	79.3637	10.4895	75.689

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 109 through 302 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 323 through 482 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 497 through 564 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 593 through 717 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 109 through 301 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 318 through 482 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 498 through 573 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 585 through 717 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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