+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3kl3 | ||||||
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Title | Crystal structure of Ligand bound XynC | ||||||
Components | Glucuronoxylanase xynC | ||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha-beta barrel / (beta/alpha)8 barrel / (beta/alpha)8 + beta motif / Glucuronate coordination by XynC / Glycosidase / Polysaccharide degradation / glycosyl hydrolase | ||||||
Function / homology | Function and homology information glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase / glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase activity / glucosylceramidase activity / sphingolipid metabolic process / xylan catabolic process / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.33 Å | ||||||
Authors | St John, F.J. / Hurlbert, J.C. / Pozharski, E. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2011 Title: Ligand bound structures of a glycosyl hydrolase family 30 glucuronoxylan xylanohydrolase. Authors: St John, F.J. / Hurlbert, J.C. / Rice, J.D. / Preston, J.F. / Pozharski, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3kl3.cif.gz | 391.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3kl3.ent.gz | 320.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3kl3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/3kl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/3kl3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3kl0SC 3kl5C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 45431.465 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Strain: subtilis str. 168 / Gene: BSU18150, xynC, ynfF / Plasmid: pET26 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q45070, glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase |
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-Sugars , 2 types, 3 molecules
#2: Sugar | #4: Sugar | ChemComp-BDP / | |
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-Non-polymers , 3 types, 461 molecules
#3: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 294.6 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 200 mM sodium tartrate, 200 mM sodium malonate, pH 7.0, 19% PEG3350 Soaked in mother liquor/cryoprotectant/glucuronic acid solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.6K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 105 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.97946 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-325 / Detector: CCD / Date: Feb 1, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.33→50 Å / Num. obs: 75511 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Χ2: 1.079 / Net I/σ(I): 7.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3KL0 Resolution: 2.33→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 7.106 / SU ML: 0.171 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.249 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.7 Å2 / Biso mean: 42.939 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.33→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.33→2.391 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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