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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kl3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ligand bound XynC | ||||||
要素 | Glucuronoxylanase xynC | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha-beta barrel / (beta/alpha)8 barrel / (beta/alpha)8 + beta motif / Glucuronate coordination by XynC / Glycosidase / Polysaccharide degradation / glycosyl hydrolase (グリコシダーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グルクロノアラビノキシラン エンド-1,4-β-キシラナーゼ / glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase activity / glucosylceramidase activity / sphingolipid metabolic process / xylan catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å | ||||||
データ登録者 | St John, F.J. / Hurlbert, J.C. / Pozharski, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011 タイトル: Ligand bound structures of a glycosyl hydrolase family 30 glucuronoxylan xylanohydrolase. 著者: St John, F.J. / Hurlbert, J.C. / Rice, J.D. / Preston, J.F. / Pozharski, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3kl3.cif.gz | 391.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3kl3.ent.gz | 320.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3kl3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/3kl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/3kl3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 45431.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: subtilis str. 168 / 遺伝子: BSU18150, xynC, ynfF / プラスミド: pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q45070, グルクロノアラビノキシラン エンド-1,4-β-キシラナーゼ |
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-糖 , 2種, 3分子
#2: 糖 | #4: 糖 | ChemComp-BDP / | |
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-非ポリマー , 3種, 461分子
#3: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 % |
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結晶化 | 温度: 294.6 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 200 mM sodium tartrate, 200 mM sodium malonate, pH 7.0, 19% PEG3350 Soaked in mother liquor/cryoprotectant/glucuronic acid solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.6K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-325 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 75511 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Χ2: 1.079 / Net I/σ(I): 7.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3KL0 解像度: 2.33→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 7.106 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.7 Å2 / Biso mean: 42.939 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.33→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.33→2.391 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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