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Yorodumi- PDB-3kl5: Structure Analysis of a Xylanase From Glycosyl Hydrolase Family T... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3kl5 | |||||||||
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Title | Structure Analysis of a Xylanase From Glycosyl Hydrolase Family Thirty: Carbohydrate Ligand Complexes Reveal this Family of Enzymes Unique Mechanism of Substrate Specificity and Recognition | |||||||||
Components | Glucuronoxylanase xynC | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha-beta barrel / (beta/alpha)8 barrel / (beta/alpha)8 + beta motif / dual motif hydrolase / aldotriuronic acid bound structure / aldotriuronate bound structure / XynC | |||||||||
Function / homology | Function and homology information glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase / glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase activity / glucosylceramidase activity / sphingolipid metabolic process / xylan catabolic process / extracellular region Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.59 Å | |||||||||
Authors | St John, F.J. / Hurlbert, J.C. / Pozharski, E. | |||||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2011 Title: Ligand bound structures of a glycosyl hydrolase family 30 glucuronoxylan xylanohydrolase. Authors: St John, F.J. / Hurlbert, J.C. / Rice, J.D. / Preston, J.F. / Pozharski, E. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3kl5.cif.gz | 387.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3kl5.ent.gz | 320 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3kl5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/3kl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/3kl5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3kl0SC 3kl3C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 45431.465 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Strain: subtilis, 168 / Gene: BSU18150, xynC, ynfF / Plasmid: pET26 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q45070, glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase #2: Polysaccharide | 4-O-methyl-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 294.6 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 200 mM sodium tartrate, 200 mM sodium malonate, pH 7.0, 19% PEG3350 Crystal was soaked in mother liquor with cryoprotectent and aldotetrauronic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.6K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 105 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.97946 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-325 / Detector: CCD / Date: Feb 1, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.59→50 Å / Num. obs: 54718 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 10.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3KL0 Resolution: 2.59→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 15.291 / SU ML: 0.324 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.632 / ESU R Free: 0.378 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.19 Å2 / Biso mean: 73.226 Å2 / Biso min: 23.25 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.59→50 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.59→2.653 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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