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- PDB-3gtn: Crystal Structure of XynC from Bacillus subtilis 168 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gtn
タイトルCrystal Structure of XynC from Bacillus subtilis 168
要素Glucuronoxylanase xynC
キーワードHYDROLASE / xylanase / glycosyl hydrolase family 5 / GH5 / GH 5 / XynC / Bacillus subtilis / glucuronoxylan / glycosyl hydrolase / Carbohydrate metabolism / Glycosidase / Polysaccharide degradation / Secreted / Xylan degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase / glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase activity / glucosylceramidase activity / sphingolipid metabolic process / xylan catabolic process / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich ...Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucuronoxylanase XynC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者St John, F.J. / Hurlbert, J.C. / Pozharski, E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Crystallization and crystallographic analysis of Bacillus subtilis xylanase C.
著者: St John, F.J. / Godwin, D.K. / Preston, J.F. / Pozharski, E. / Hurlbert, J.C.
履歴
登録2009年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucuronoxylanase xynC
B: Glucuronoxylanase xynC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8632
ポリマ－90,8632
非ポリマー00
水00
1
A: Glucuronoxylanase xynC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4311
ポリマ－45,4311
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glucuronoxylanase xynC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4311
ポリマ－45,4311
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.338, 82.108, 96.648
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERTRPTRP1AA3 - 853 - 85
21SERSERTRPTRP1BB3 - 853 - 85
12ASNASNARGARG3AA86 - 10586 - 105
22ASNASNARGARG3BB86 - 10586 - 105
13LEULEUASNASN1AA106 - 390106 - 390
23LEULEUASNASN1BB106 - 390106 - 390

-
要素

#1: タンパク質 Glucuronoxylanase xynC / Glucuronoxylan xylanohydrolase / Endoxylanase xynC


分子量: 45431.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-ter 8x His Tag / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: subtilis 168 / 遺伝子: BSU18150, xynC, ynfF / プラスミド: pET41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q45070, glucuronoarabinoxylan endo-1,4-beta-xylanase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.2M sodium tartrate dibasic dihydrate, 20% PEG 3350, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.4 % / Av σ(I) over netI: 4.73 / 数: 85643 / Rmerge(I) obs: 0.237 / Χ2: 1.1 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 25003 / % possible obs: 96.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.815099.610.0981.0323.7
4.625.8197.110.141.0983.6
4.034.6292.310.1451.1053.4
3.664.0394.710.1991.1353.4
3.43.6694.710.261.1463.4
3.23.496.110.3741.183.4
3.043.29710.5591.1673.4
2.913.0497.110.7041.0783.3
2.82.9197.110.8921.0673.3
2.72.897.811.0263.3
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 25003 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Χ2: 1.102 / Net I/σ(I): 4.733
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
2.7-2.83.325141.02697.8
2.8-2.913.324901.06797.10.892
2.91-3.043.325071.07897.10.704
3.04-3.23.424911.167970.559
3.2-3.43.424901.1896.10.374
3.4-3.663.424411.14694.70.26
3.66-4.033.424711.13594.70.199
4.03-4.623.424011.10592.30.145
4.62-5.813.625311.09897.10.14
5.81-503.726671.03299.60.098

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.68→33.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 15.189 / SU ML: 0.313 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.41 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 1281 5.1 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.239 24990 95.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.65 Å2 / Biso mean: 26.933 Å2 / Biso min: 6.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20.01 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→33.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6306 0 0 0 6306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0216487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6561.9028835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2925787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.34324.366339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.20415997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.5071534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2921
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215130
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5291.53929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98826336
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.43932558
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3314.52499
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
3015TIGHT POSITIONAL0.080.05
75LOOSE POSITIONAL0.065
3015TIGHT THERMAL0.140.5
75LOOSE THERMAL0.1710
LS精密化 シェル解像度: 2.684→2.753 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 85 -
Rwork0.323 1597 -
all-1682 -
obs--87.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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