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万見
- PDB-5a6m: Determining the specificities of the catalytic site from the very... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a6m
タイトルDetermining the specificities of the catalytic site from the very high resolution structure of the thermostable glucuronoxylan endo-Beta-1, 4-xylanase, CtXyn30A, from Clostridium thermocellum with a xylotetraose bound
要素CARBOHYDRATE BINDING FAMILY 6
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosylceramidase activity / sphingolipid metabolic process / polysaccharide catabolic process / carbohydrate binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Carbohydrate binding module (family 6) / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Dockerin domain ...Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Carbohydrate binding module (family 6) / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4beta-beta-xylobiose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Carbohydrate binding family 6
類似検索 - 構成要素
生物種RUMINICLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å
データ登録者Freire, F. / Verma, A.K. / Bule, P. / Goyal, A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2016
タイトル: Conservation in the Mechanism of Glucuronoxylan Hydrolysis Revealed by the Structure of Glucuronoxylan Xylano-Hydrolase (Ctxyn30A) from Clostridium Thermocellum
著者: Freire, F. / Verma, A.K. / Bule, P. / Alves, V.D. / Fontes, C.M.G.A. / Goyal, A. / Najmudin, S.
履歴
登録2015年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22016年11月23日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOHYDRATE BINDING FAMILY 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6749
ポリマ－46,3961
非ポリマー1,2788
水9,962553
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.680, 87.120, 59.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CARBOHYDRATE BINDING FAMILY 6 / XYN30A


分子量: 46396.027 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL CATALYTIC MODULE, RESIDUES 34-419 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RUMINICLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A3DJS9, endo-1,4-beta-xylanase

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-alpha-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a212h-1a_1-5][a212h-1b_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylobiose
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a212h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 559分子

#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細RESIDUES 1392-1396 THAT REPRESENT THE BETA-D-XYLOPYRANOSE XYLAN SUBSTRATE HAS UNDERGONE GLYCOSIDIC ...RESIDUES 1392-1396 THAT REPRESENT THE BETA-D-XYLOPYRANOSE XYLAN SUBSTRATE HAS UNDERGONE GLYCOSIDIC BOND CLEAVAGE AT BETWEEN RESIDUE 1394 C1 AND 1395 O4B, GIVING A FINAL ALPHA ANOMERIC CONFORMATION FOR THE O1 OF RESIDUE A1394.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M POTASSIUM PHOSPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.95373
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月17日
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCHROMATOR CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.17→46 Å / Num. obs: 135027 / % possible obs: 87.3 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.17→1.19 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4UQE

4uqe


解像度: 1.17→54.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.883 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. PDB_REDO WAS USED IN THE PENULTIMATE STEP OF REFINEMENT TO VALIDATE THE STRUCTURAL MODEL AND PRIVATEER WAS USED TO VALIDATE THE CARBOHYDRATE SUBSTRATES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.135 6789 5 %RANDOM
Rwork0.115 ---
obs0.116 128205 87.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å2-0.3 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.17→54.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3114 0 79 553 3746
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.023435
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8571.9524705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.24237391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7095441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.01124.096166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.98115576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3521523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2270.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02832
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7420.9321612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7420.9321611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9891.4082027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4421.1661823
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.30736637
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.9535115
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.13256971
LS精密化 シェル解像度: 1.17→1.2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 256 -
Rwork0.217 4784 -
obs--44.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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