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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d14
タイトルZebrafish TRAP1 bound to AMPPNP and calcium in the asymmetric closed state
要素TNF receptor-associated protein 1
キーワードCHAPERONE / Nucleotide / AMPPNP / ATPase / calcium / homodimer / GHKL / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


Citric acid cycle (TCA cycle) / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / mitochondrial inner membrane / calcium ion binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein 90, C-terminal domain / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Histidine kinase-like ATPases ...Heat shock protein 90, C-terminal domain / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Elnatan, D. / Agard, D.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U01 GM098254 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2018
タイトル: Calcium binding to a remote site can replace magnesium as cofactor for mitochondrial Hsp90 (TRAP1) ATPase activity.
著者: Elnatan, D. / Agard, D.A.
履歴
登録2018年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated protein 1
B: TNF receptor-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,3666
ポリマ－145,2732
非ポリマー1,0934
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12970 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area52780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.252, 95.751, 124.546
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 134.660, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TNF receptor-associated protein 1 / Trap1 protein


分子量: 72636.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: trap1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: A8WFV1
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 17% PEG-3350, 0.2 M sodium/potassium tartrate, 36 mM hexammine cobalt

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データ収集

回折平均測定温度: 91.4 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.4 Å / Num. obs: 49472 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 11.3 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.36
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / Num. unique obs: 4360 / CC1/2: 0.453 / % possible all: 97.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ipe

4ipe


解像度: 2.5→48.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.65 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2548 2488 5 %RANDOM
Rwork0.2299 ---
obs0.2312 47254 97.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 195.05 Å2 / Biso mean: 70.791 Å2 / Biso min: 32.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.39 Å20 Å20.55 Å2
2---1.82 Å20 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→48.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9531 0 64 177 9772
Biso mean--42.12 48.43 -
残基数----1185
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0159794
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1161.74213215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.5621.69820804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.36351177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.69818.586382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.399151538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9181575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2860.21271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5187.2834732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5187.2844733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.16110.8965889
LS精密化 シェル解像度: 2.502→2.567 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.486 183 -
Rwork0.449 3375 -
all-3558 -
obs--95.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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