PDB-5tvw: Crystal structure of mitochondrial Hsp90 (TRAP1) with ATP in abse...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tvw

タイトル

Crystal structure of mitochondrial Hsp90 (TRAP1) with ATP in absence of Mg, hemi-hydrolyzed

要素

TNF receptor-associated protein 1

キーワード

CHAPERONE / Hsp90 / ATP / TRAP1 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

機能・相同性情報

Citric acid cycle (TCA cycle) / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / mitochondrial inner membrane / calcium ion binding / protein kinase binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Elnatan, D. / Betegon, M. / Agard, D.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Symmetry broken and rebroken during the ATP hydrolysis cycle of the mitochondrial Hsp90 TRAP1.
著者: Elnatan, D. / Betegon, M. / Liu, Y. / Ramelot, T. / Kennedy, M.A. / Agard, D.A.

履歴

登録	2016年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tvw.cif.gz	478.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tvw.ent.gz	391.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tvw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tvw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tthC 5tvuC 5tvxC 4ipeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4iyn-d 5tvx-d 5tvu-d 4ipe-d 6d14-d 5fn3-d 6xg6-d 3wn6-d 3kl3-d 5nbd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (5) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TNF receptor-associated protein 1

B: TNF receptor-associated protein 1

ヘテロ分子

150 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.490, 97.181, 125.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 134.64, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-990- HOH
2	1	B-994- HOH

#1: タンパク質	TNF receptor-associated protein 1 / Trap1 protein 分子量: 74635.625 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 73-719 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: trap1 / Variant: delta1-72 / プラスミド: pET151DTOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: A8WFV1, UniProt: F1Q9X9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M NaK Tartrate, 20% (v/v) PEG3350, 36 mM hexamine cobalt, 5 mM ATP, 5 mM EDTA

-
データ収集

回折	平均測定温度: 91.4 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→42.67 Å / Num. obs: 98531 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.14→2.22 Å / Num. unique obs: 8330 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
iMOSFLM	7.2.1	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IPE

4ipe

解像度: 2.5→39.894 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2378	2670	5.07 %
R_work	0.1897	-	-
obs	0.1922	52681	99.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.894 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9548	0	62	183	9793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	9853
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.595	13285
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.414	6029
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1477
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1700

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5455	0.3241	181	0.2526	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5455-2.5944	0.2765	99	0.2368	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5944-2.6474	0.2914	128	0.2294	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6474-2.7049	0.3375	122	0.2252	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7049-2.7678	0.2844	102	0.227	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7678-2.837	0.2966	169	0.2189	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.837-2.9137	0.2678	113	0.2233	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9137-2.9994	0.2874	126	0.2253	2641	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9994-3.0962	0.2862	145	0.2225	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0962-3.2068	0.264	144	0.2185	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2068-3.3352	0.2749	146	0.2221	2609	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3352-3.4869	0.2819	172	0.2168	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4869-3.6706	0.2491	135	0.1974	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6706-3.9004	0.2115	140	0.1829	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9004-4.2012	0.2099	152	0.1643	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2012-4.6235	0.2079	170	0.1508	2611	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6235-5.2912	0.1791	157	0.156	2608	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2912-6.6613	0.2627	116	0.1891	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
6.6613-39.8989	0.1992	153	0.1598	2650	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0909	0.0756	0.0315	3.3168	0.5486	1.9075	0.0557	-0.3028	-0.0787	0.0856	0.012	-0.3125	0.051	0.1095	-0.0534	0.2574	-0.0336	-0.0148	0.3132	0.0001	0.3104	10.258	15.6672	236.7142
2	1.8446	-0.5926	1.4302	1.4385	-0.3218	4.9326	0.0113	0.2068	-0.0436	-0.3658	-0.0758	0.2925	0.0809	-0.0826	0.131	0.4066	-0.0401	-0.0415	0.3307	-0.0589	0.3994	-5.8854	29.6187	210.6584
3	0.6388	-0.0398	-0.0943	0.0706	-0.3424	1.8103	-0.3267	-0.125	1.0192	-0.5576	0.0069	0.7005	-0.5759	-1.1057	0.1152	0.965	0.1282	-0.5224	0.8357	-0.0243	1.1108	-26.8284	39.0579	190.523
4	1.6255	-2.0042	-0.8189	2.6986	0.3139	2.8059	-0.1998	0.3117	-0.0108	0.0204	-0.2449	0.749	-0.0275	-1.0623	-0.1551	0.7828	-0.1483	-0.3893	0.9214	0.1399	0.7681	-31.0747	18.7166	167.6565
5	3.8593	0.4452	-0.1828	1.1346	-0.07	1.9995	0.1283	-0.7397	0.2187	0.352	-0.2521	0.3835	-0.0718	0.0094	0.0129	0.3779	-0.1325	0.1823	0.5868	-0.1353	0.6689	-26.0479	18.3131	245.0119
6	0.9294	-0.1644	-0.3183	1.7008	0.5403	3.1565	0.1047	0.0731	0.2941	-0.0697	-0.0863	0.0871	-0.1236	0.0077	-0.0234	0.3005	0.0183	0.0535	0.3619	0.0948	0.5257	-23.2175	3.0115	213.3898
7	2.4404	-0.0325	-0.883	1.7556	-0.5629	5.3659	-0.3803	0.1527	-0.2542	-0.5075	0.4165	0.3945	0.5259	0.0686	-0.0139	0.4644	-0.1261	-0.0398	0.326	0.0913	0.2353	-13.7991	-6.6958	184.7891
8	0.6749	-0.0792	0.2296	0.683	-0.1881	2.8114	-0.1837	0.4003	0.1755	-0.3923	0.127	0.2522	-0.0344	-0.0919	-0.0824	0.7994	-0.2945	-0.2372	0.5809	0.2178	0.1487	-9.7181	7.2977	164.5933
9	4.6713	1.8264	1.33	4.8958	5.669	7.6824	-0.1261	0.0881	0.5706	-0.1294	-0.8723	-0.691	-0.027	0.405	0.1146	0.2424	-0.0068	-0.0438	0.422	0.1955	0.382	7.4372	20.4981	240.2012
10	6.8276	-2.9769	-1.8579	1.554	-0.568	8.1731	0.308	0.4585	-0.0264	0.0652	-0.0171	-0.4642	-0.2755	-0.1743	-0.1054	0.3738	-0.13	0.1895	0.5878	-0.0907	0.6223	-21.4066	12.6574	246.1074

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 109:302 )	A	109 - 302
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 323:482 )	A	323 - 482
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 497:564 )	A	497 - 564
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 593:717 )	A	593 - 717
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 109:301 )	B	109 - 301
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 318:482 )	B	318 - 482
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 498:573 )	B	498 - 573
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 585:717 )	B	585 - 717
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 801:801 )	A	801
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 803:803 )	B	803

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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