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Yorodumi- PDB-5jvl: C4-type pyruvate phospate dikinase: nucleotide binding domain wit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jvl | ||||||
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Title | C4-type pyruvate phospate dikinase: nucleotide binding domain with bound ATP analogue | ||||||
Components | Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / phosphotransferase / nucleotide binding / conformational transition / swiveling mechanism | ||||||
Function / homology | Function and homology information pyruvate, phosphate dikinase / pyruvate, phosphate dikinase activity / pyruvate metabolic process / photosynthesis / chloroplast / kinase activity / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Flaveria trinervia (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Minges, A. / Hoeppner, A. / Groth, G. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017 Title: Structural intermediates and directionality of the swiveling motion of Pyruvate Phosphate Dikinase. Authors: Minges, A. / Ciupka, D. / Winkler, C. / Hoppner, A. / Gohlke, H. / Groth, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5jvl.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5jvl.ent.gz | 970 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5jvl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5jvl_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5jvl_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 5jvl_validation.xml.gz | 102.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5jvl_validation.cif.gz | 139.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jvl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jvl | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5jvjSC 5jvnC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.18430/m35jvl / Data set type: diffraction image data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 95348.953 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Flaveria trinervia (plant) / Gene: PPDK, PDK / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P22221, pyruvate, phosphate dikinase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-PEP / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 59.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 294.15 K / Method: microbatch / pH: 7 Details: 0.1 M MOPS (pH 7.0), 0.1 M magnesium formiate, 17 % (w/v) PEG 3350, 10 mM phosphoenol pyruvate, 0.75 mM 2'-Br-dAppNHp |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM30A / Wavelength: 0.919344 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 11, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.919344 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.9→20 Å / Num. obs: 90103 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 37.38 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 12.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5JVJ Resolution: 2.9→19.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.352 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 139.3 Å2 / Biso mean: 46.8852 Å2 / Biso min: 10.79 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→19.79 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.897→2.973 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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