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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tnd | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory factor Cif containing the adducted 1,2-Epoxycyclohexane hydrolysis intermediate | ||||||||||||||||||
要素 | CFTR inhibitory factor | ||||||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / epoxide hydrolase / hydroxyalkyl-enzyme intermediate | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Hvorecny, K.L. / Madden, D.R. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2017 タイトル: Active-Site Flexibility and Substrate Specificity in a Bacterial Virulence Factor: Crystallographic Snapshots of an Epoxide Hydrolase. 著者: Hvorecny, K.L. / Bahl, C.D. / Kitamura, S. / Lee, K.S.S. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tnd.cif.gz | 500.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5tnd.ent.gz | 410.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tnd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5tneC 5tnfC 5tngC 5tnhC 5tniC 5tnjC 5tnkC 5tnlC 5tnmC 5tnnC 5tnpC 5tnqC 5tnrC 5tnsC 3kd2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / プラスミド: pMQ70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-40O / ( #3: 化合物 | ChemComp-3ZQ / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: sodium acetate, pH5 calcium chloride PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→46.105 Å / Num. obs: 176815 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.54 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 16.19 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.6 Å / 冗長度: 5.55 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 4.08 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3KD2 解像度: 1.55→46.105 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 15.68 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→46.105 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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