PDB-5tch: Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - l...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tch

タイトル

Crystal structure of tryptophan synthase from M. tuberculosis - ligand-free form, TrpA-G66V mutant

要素

Tryptophan synthase alpha chain
Tryptophan synthase beta chain

キーワード

LYASE / PLP / heterotetramer / amino acid biosynthesis / substrate channeling / allostery / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Michalska, K. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Wellington, S. / Nag, P.P. / Fisher, S.L. / Schreiber, S.L. / Hung, D.T. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国,

カナダ, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201200026C	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272200700058C	米国
Structure-guided Drug Discovery Coalition		カナダ

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: A small-molecule allosteric inhibitor of Mycobacterium tuberculosis tryptophan synthase.
著者: Wellington, S. / Nag, P.P. / Michalska, K. / Johnston, S.E. / Jedrzejczak, R.P. / Kaushik, V.K. / Clatworthy, A.E. / Siddiqi, N. / McCarren, P. / Bajrami, B. / Maltseva, N.I. / Combs, S. / ...

履歴

登録	2016年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2022年4月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb5tch.ent.gz	823 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tch.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5tch_validation.pdf.gz	379.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tch_full_validation.pdf.gz	391 KB	表示
XML形式データ	5tch_validation.xml.gz	890 B	表示
CIF形式データ	5tch_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/5tch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/5tch	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tcfC 5tcgC 5tciC 5tcjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ocw-5 5ocw-3 5tcg-1 6ub9-2 5ocw-6 6e9p-1 6dwe-1 6xoy-1 5ocw-2 6dwe-2 6usa-1 5ocw-1 2cll-1 5ocw-4 6uap-1 6xt0-1 6uap-2 5tcf-2 1kfk-1 4ht3-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-CPX_06552_06553 TargetTrack: CPX_06552_06553

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Tryptophan synthase alpha chain

B: Tryptophan synthase beta chain

G: Tryptophan synthase alpha chain

H: Tryptophan synthase beta chain

E: Tryptophan synthase alpha chain

F: Tryptophan synthase beta chain

C: Tryptophan synthase alpha chain

D: Tryptophan synthase beta chain

ヘテロ分子

290 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tryptophan synthase alpha chain

B: Tryptophan synthase beta chain

C: Tryptophan synthase alpha chain

D: Tryptophan synthase beta chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
145 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Tryptophan synthase alpha chain

H: Tryptophan synthase beta chain

E: Tryptophan synthase alpha chain

F: Tryptophan synthase beta chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
145 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.321, 158.813, 166.218
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tryptophan synthase alpha chain 分子量: 28621.527 Da / 分子数: 4 / 変異: G66V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: trpA, Rv1613, MTCY01B2.05 / プラスミド: pMCSG81, pMCSG81-pRSF 詳細 (発現宿主): pMCSG81 coexpresses TrpA and TrpB, pMCSG81-pRSF provides additional copy of TrpA 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: P9WFY1, tryptophan synthase
#2: タンパク質	Tryptophan synthase beta chain 分子量: 43562.711 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 13-422 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Lys101 is attached to PLP 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: trpB, Rv1612, MTCY01B2.04 / プラスミド: pMCSG81 / 詳細 (発現宿主): pMCSG81 coexpresses TrpA and TrpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: P9WFX9, tryptophan synthase
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.94 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 8% tacsimate pH 8.0, 20% PEG3350, cryo 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月1日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 148100 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.895 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / CC_1/2: 0.707 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

解像度: 2.35→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 12.041 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20571	2883	1.9 %	RANDOM
R_work	0.17505	-	-	-
obs	0.17565	145047	99.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.65 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.35→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19214	0	116	795	20125

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	19752
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	18809
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.422	1.959	26806
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.968	3	43012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.027	5	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.099	22.869	833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.259	15	2936
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.621	15	185
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	3007
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	22995
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4534
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.846	2.418	10420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.847	2.418	10421
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.46	3.621	13018
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.46	3.621	13019
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.078	2.588	9332
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.066	2.573	9290
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.804	3.811	13789
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.999	19.633	21925
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.998	19.623	21920
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.348→2.409 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	198	-
R_work	0.264	10343	-
obs	-	-	97.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5045	-0.9286	0.7945	1.774	0.4834	1.682	0.0853	0.2529	0.0156	-0.1403	0.0215	-0.2961	0.055	0.2133	-0.1068	0.0488	-0.0438	0.0836	0.2319	-0.0257	0.2383	85.3074	-12.7142	17.1398
2	0.786	0.0686	-0.4185	1.1836	0.3419	1.2463	0.0253	-0.0001	-0.005	-0.0546	0.0292	-0.1645	-0.0425	0.1616	-0.0545	0.0212	-0.0129	0.0095	0.059	0.0168	0.0418	50.3337	-5.9067	29.2324
3	2.1055	0.1448	-0.1595	1.6512	-0.4919	1.953	0.0702	-0.1087	-0.1675	0.0331	-0.0654	0.4557	0.0638	-0.1761	-0.0048	0.0357	-0.0066	0.0498	0.1192	-0.0669	0.2492	-18.2138	13.2648	14.9193
4	0.7384	0.0711	-0.6159	1.3103	-0.0767	1.2373	0.0306	-0.0168	0.0378	0.018	-0.008	0.1329	-0.073	-0.1232	-0.0226	0.0133	-0.0057	0.0095	0.0485	-0.0149	0.0207	15.8711	2.7283	3.1369
5	3.0565	1.2827	0.7467	2.1666	0.4865	2.4231	-0.5293	0.9784	-0.1617	-1.001	0.4768	-0.3857	-0.1638	0.3008	0.0525	0.7246	-0.2376	0.3346	0.6975	-0.2391	0.2993	41.9288	-36.0566	-46.4245
6	0.8231	0.1534	-0.639	1.4774	-0.4718	1.6038	-0.048	0.1429	-0.157	-0.2317	-0.0129	-0.156	0.2269	0.0215	0.0609	0.0752	0.0002	0.028	0.0501	-0.0427	0.0558	31.3266	-24.3555	-12.0984
7	1.5386	-0.8367	0.2105	3.2534	-0.635	1.9952	-0.0873	-0.2914	0.2171	0.8013	0.0151	0.053	-0.4465	-0.216	0.0722	0.3429	-0.0069	0.1001	0.1621	-0.0036	0.1769	9.2315	-26.6984	79.2437
8	0.9905	0.1722	-0.5341	1.0261	0.4568	1.4534	-0.0113	-0.1327	-0.079	0.1362	-0.0162	0.1013	0.1004	-0.0165	0.0275	0.0339	-0.0162	0.0057	0.0474	0.0309	0.033	23.9477	-22.2848	44.6824

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 267
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 409
3	X-RAY DIFFRACTION	3	G	9 - 266
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	4 - 409
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	9 - 265
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	9 - 407
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	8 - 266
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	10 - 407

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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