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- PDB-5nfv: Crystal structure of catalytically inactive FnCas12 mutant bound ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nfv | ||||||
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Title | Crystal structure of catalytically inactive FnCas12 mutant bound to an R-loop structure containing a pre-crRNA mimic and full-length DNA target | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / CRISPR / Cas / Cpf1 / Cas12a / nuclease / genome editing / R-loop / crRNA / RuvC | ||||||
Function / homology | ![]() Bacillus subtilis ribonuclease / : / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / defense response to virus / lyase activity / DNA binding / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Swarts, D.C. / van der Oost, J. / Jinek, M. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis for Guide RNA Processing and Seed-Dependent DNA Targeting by CRISPR-Cas12a. Authors: Swarts, D.C. / van der Oost, J. / Jinek, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 538.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 769 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 810.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 49.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 67.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ng6C C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
#3: DNA chain | Mass: 11666.548 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
---|---|
#4: DNA chain | Mass: 11617.511 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Protein / DNA/RNA hybrid , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 152195.094 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: E1006Q/R1218A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: U112 / Gene: cpf1, FTN_1397 / Plasmid: pML-1B / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0Q7Q2, Hydrolases; Acting on ester bonds |
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#2: DNA/RNA hybrid | Mass: 14660.651 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: 2'-deoxyU at position -19 / Source method: obtained synthetically / Details: 2'-deoxyU at position -19 / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 3 types, 46 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/B3P.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/B3P.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-B3P / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5), 0.2 M KSCN, 20% (w/v) polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 26, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00768 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→46.568 Å / Num. obs: 131823 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 14.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.65 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.878 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / CC1/2: 0.589 / % possible all: 96.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.501→46.568 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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