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万見
- PDB-5nfv: Crystal structure of catalytically inactive FnCas12 mutant bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nfv
タイトルCrystal structure of catalytically inactive FnCas12 mutant bound to an R-loop structure containing a pre-crRNA mimic and full-length DNA target
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cpf1
  • DNA non-target strand
  • DNA target strand
  • pre-crRNA
キーワードHYDROLASE / CRISPR / Cas / Cpf1 / Cas12a / nuclease / genome editing / R-loop / crRNA / RuvC
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacillus subtilis ribonuclease / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / defense response to virus / lyase activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR-associated endonuclease Cpf1 PI domain / : / CRISPR-associated endonuclease Cpf1 REC2 domain / CRISPR-associated endonuclease Cas12a / Cas12a, REC1 domain / Cas12a, RuvC nuclease domain / Cas12a, nuclease domain / Alpha helical recognition lobe domain / Nuclease domain / RuvC nuclease domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas12a
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Swarts, D.C. / van der Oost, J. / Jinek, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_149393 スイス
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Guide RNA Processing and Seed-Dependent DNA Targeting by CRISPR-Cas12a.
著者: Swarts, D.C. / van der Oost, J. / Jinek, M.
履歴
登録2017年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cpf1
B: pre-crRNA
C: DNA target strand
D: DNA non-target strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,4958
ポリマ－190,1404
非ポリマー3554
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18910 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area70960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.421, 143.703, 84.628
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 DNA target strand


分子量: 11666.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA non-target strand


分子量: 11617.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / DNA/RNAハイブリッド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cpf1 / FnCpf1


分子量: 152195.094 Da / 分子数: 1 / 変異: E1006Q/R1218A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. novicida (strain U112) (バクテリア)
株: U112 / 遺伝子: cpf1, FTN_1397 / プラスミド: pML-1B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2
参照: UniProt: A0Q7Q2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA/RNAハイブリッド pre-crRNA


分子量: 14660.651 Da / 分子数: 1 / 変異: 2'-deoxyU at position -19 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 2'-deoxyU at position -19 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 46分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5), 0.2 M KSCN, 20% (w/v) polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00768 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00768 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.568 Å / Num. obs: 131823 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.878 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / CC1/2: 0.589 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.501→46.568 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 6600 5.01 %
Rwork0.2053 --
obs0.207 131823 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→46.568 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10387 2096 22 42 12547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01312969
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59217865
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4337545
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391961
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031925
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5013-2.52980.3721760.33543841X-RAY DIFFRACTION90
2.5298-2.55950.36242030.31744211X-RAY DIFFRACTION98
2.5595-2.59070.34482240.30954114X-RAY DIFFRACTION98
2.5907-2.62350.33742400.30244121X-RAY DIFFRACTION98
2.6235-2.65810.36342150.30564184X-RAY DIFFRACTION98
2.6581-2.69450.32172580.29544102X-RAY DIFFRACTION98
2.6945-2.7330.33292230.29244208X-RAY DIFFRACTION99
2.733-2.77370.31642080.29194185X-RAY DIFFRACTION99
2.7737-2.81710.32352100.29084175X-RAY DIFFRACTION99
2.8171-2.86330.32871960.30254170X-RAY DIFFRACTION99
2.8633-2.91260.29942660.30224187X-RAY DIFFRACTION99
2.9126-2.96560.32732120.28194139X-RAY DIFFRACTION99
2.9656-3.02260.27132170.26394221X-RAY DIFFRACTION99
3.0226-3.08430.29752010.25474185X-RAY DIFFRACTION99
3.0843-3.15130.28031960.24984251X-RAY DIFFRACTION99
3.1513-3.22460.26852220.23644143X-RAY DIFFRACTION99
3.2246-3.30530.26382180.22944205X-RAY DIFFRACTION99
3.3053-3.39460.26832380.22564221X-RAY DIFFRACTION99
3.3946-3.49440.23282180.22144156X-RAY DIFFRACTION99
3.4944-3.60720.25472230.21894222X-RAY DIFFRACTION99
3.6072-3.73610.24762530.21024137X-RAY DIFFRACTION99
3.7361-3.88560.22922040.19594254X-RAY DIFFRACTION99
3.8856-4.06230.20092140.17624226X-RAY DIFFRACTION99
4.0623-4.27640.21552210.16624174X-RAY DIFFRACTION99
4.2764-4.54410.2022330.15474192X-RAY DIFFRACTION99
4.5441-4.89460.17252270.14944202X-RAY DIFFRACTION99
4.8946-5.38650.19482140.15844236X-RAY DIFFRACTION99
5.3865-6.16440.19462340.17644158X-RAY DIFFRACTION99
6.1644-7.76070.22572100.18514206X-RAY DIFFRACTION99
7.7607-46.57650.19312260.16594197X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8141-0.10620.13040.94980.47970.99410.0158-0.02420.2348-0.0861-0.15780.254-0.2193-0.207500.3597-0.00960.04650.2841-0.01690.513986.673410.6974270.0049
20.57590.55720.09621.52431.31341.10510.0932-0.05690.1439-0.09040.0891-0.1821-0.14320.10280.00030.4554-0.0290.00120.33770.09120.4842114.999824.212279.0672
31.05360.1243-0.06730.61510.02470.7281-0.05370.16180.02540.0449-0.0007-0.1022-0.13610.0905-0.0050.3501-0.04880.03430.32510.01020.282103.5944-14.1343255.0137
41.4894-0.05981.5977-0.21610.51361.59880.0716-0.28160.101-0.0018-0.0375-0.09320.1165-0.20090.02190.4421-0.0384-0.08650.47940.08470.4549126.7986-24.7438298.2574
50.03080.1142-0.01550.1436-0.12050.0895-0.0790.38740.0470.0297-0.0374-0.1586-0.23840.4113-0.00010.4372-0.1240.06750.65340.06020.4845124.0691-6.5091251.1873
60.1367-0.2609-0.21840.43540.35250.18060.0879-0.1004-0.1127-0.0771-0.0478-0.2794-0.17990.031200.4855-0.0809-0.05240.38190.03550.4972106.264810.2179276.6636
70.01850.02740.00020.0371-0.01740.00740.13240.1507-0.4847-0.14260.02090.2639-0.0775-0.16730.00031.1065-0.1732-0.54381.52560.42541.5425138.00210.7317304.3917
8-0.03160.3283-0.15240.37010.2630.4399-0.0311-0.0024-0.1273-0.16920.0966-0.2339-0.24490.023100.45-0.0063-0.06020.3635-0.01270.5199104.09086.6198274.0636
90.02720.08140.01930.09830.01610.0097-0.30760.6450.0376-0.18790.29560.7186-0.7305-0.13270.0020.81060.1249-0.18460.80020.15020.711672.88294.007235.8498
101.06560.6853-0.46021.36090.37090.52290.02560.25810.17710.0739-0.34040.2305-0.10750.1912-0.04420.51260.0206-0.0690.54380.03190.455879.3105-5.3072248.5417
111.7486-0.1024-0.90430.1940.02450.5156-0.10230.4928-1.2457-0.3695-0.05390.22980.2643-0.2794-0.9891.1736-0.0834-0.32181.39640.08261.2125137.3444.6794301.0037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 286 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 287 through 649 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 650 through 1067 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1068 through 1300 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -20 through -1 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 0 through 21 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid -27 through -23 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid -22 through 2 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 3 through 10 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid -8 through 19 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 20 through 29 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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