PDB-4r71: Structure of the Qbeta holoenzyme complex in the P1211 crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r71

タイトル

Structure of the Qbeta holoenzyme complex in the P1211 crystal form

要素

30S ribosomal protein S1
Elongation factor Ts, Elongation factor Tu
RNA-directed RNA polymerase beta chain

キーワード

VIRAL PROTEIN/RIBOSOMAL PROTEIN / OB FOLD / TRANSLATION / VIRAL PROTEIN-RIBOSOMAL PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

guanyl-nucleotide exchange factor complex / positive regulation of cytoplasmic translation / protein-synthesizing GTPase / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / translation elongation factor activity / negative regulation of cytoplasmic translation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit ...
類似検索 - 分子機能

RNA-directed RNA polymerase beta-chain / RNA replicase, beta-chain / Translation elongation factor EFTs/EF1B / Translation elongation factor EFTs/EF1B, dimerisation / Translation elongation factor Ts, conserved site / Elongation factor Ts, dimerisation domain superfamily / Elongation factor TS / Elongation factor Ts signature 1. / Elongation factor Ts signature 2. / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Enterobacteria phage Qbeta (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.21 Å

データ登録者

Gytz, H. / Seweryn, P. / Kutlubaeva, Z. / Chetverin, A.B. / Brodersen, D.E. / Knudsen, C.R.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for RNA-genome recognition during bacteriophage Q beta replication.
著者: Gytz, H. / Mohr, D. / Seweryn, P. / Yoshimura, Y. / Kutlubaeva, Z. / Dolman, F. / Chelchessa, B. / Chetverin, A.B. / Mulder, F.A. / Brodersen, D.E. / Knudsen, C.R.

履歴

登録	2014年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4r71_validation.pdf.gz	489.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4r71_full_validation.pdf.gz	567.2 KB	表示
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CIF形式データ	4r71_validation.cif.gz	130.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/4r71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/4r71	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4q7j-2 4q7j-1 5uj8-6 0440 21050 3276 0064 4lu9-d 3gq2-d 5uj8-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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エキソソーム (Exosomes)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Elongation factor Ts, Elongation factor Tu

B: RNA-directed RNA polymerase beta chain

C: Elongation factor Ts, Elongation factor Tu

D: RNA-directed RNA polymerase beta chain

E: 30S ribosomal protein S1

F: 30S ribosomal protein S1

320 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Elongation factor Ts, Elongation factor Tu

B: RNA-directed RNA polymerase beta chain

E: 30S ribosomal protein S1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 3 ポリマー
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2

C: Elongation factor Ts, Elongation factor Tu

D: RNA-directed RNA polymerase beta chain

F: 30S ribosomal protein S1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.730, 115.450, 178.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain C
1	2	chain B
2	2	chain D
1	3	chain E
2	3	chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	SER	SER	chain A	A	A	4 - 1394	4 - 678
2	1	ALA	ALA	SER	SER	chain C	C	C	2 - 1393	2 - 678
1	2	MET	MET	VAL	VAL	chain B	B	B	1 - 571	7 - 577
2	2	SER	SER	LEU	LEU	chain D	D	D	7 - 572	13 - 578
1	3	GLY	GLY	ARG	ARG	chain E	E	E	1 - 171	1 - 171
2	3	GLY	GLY	ARG	ARG	chain F	F	F	1 - 171	1 - 171

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Elongation factor Ts, Elongation factor Tu / EF-Ts / EF-Tu 分子量: 75392.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: tsf, b0170, JW0165, tufB, b3980, JW3943 / プラスミド: PBAD33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6P1, UniProt: P0CE48
#2: タンパク質	RNA-directed RNA polymerase beta chain / RNA replicase beta chain 分子量: 65997.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage Qbeta (ファージ) プラスミド: PBAD33 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14647, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質	30S ribosomal protein S1 分子量: 18797.234 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-terminal domains OB1 and OB2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsA, ssyF, b0911, JW0894 / プラスミド: pET11c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0AG67
構成要素の詳細	CLEAVAGE BETWEEN THE EF-TS AND EF-TU SUBUNITS OCCUR DURING CRYSTALLIZATION. HENCE THERE ARE LARGE ...CLEAVAGE BETWEEN THE EF-TS AND EF-TU SUBUNITS OCCUR DURING CRYSTALLIZATION. HENCE THERE ARE LARGE GAPS BETWEEN RESIDUES GLN A282 AND SER A1002 AND LYS C281 AND LYS C1002
配列の詳細	THE CHIMERIC CONSTRUCT EXPRESSED IN ESCHERICHIA COLI IS EF-TS-EF-TU_GASGAAGGGGENLYFQSGGGGS_BETA- ...THE CHIMERIC CONSTRUCT EXPRESSED IN ESCHERICHIA COLI IS EF-TS-EF-TU_GASGAAGGGGENLYFQSGGGGS_BETA-SUBUNIT. CLEAVAGE BETWEEN EF-TS-EF-TU_GASGAAGGGGENLYFQ AND SGGGGS_BETA-SUBUNIT OCCUR DURING PURIFICATION GASGAAGGGGENLYFQSGGGGS IS THE TEV CLEAVAGE LINKER

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.4 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 4000, 5% PEG 400, 0.4M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 0.01M betaine hydrochloride, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月6日
放射	モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.21→67.32 Å / Num. all: 66067 / Num. obs: 65129 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 3.21→3.29 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PXIII	program	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1702)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

解像度: 3.21→59.827 Å / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2676	3260	5.01 %
R_work	0.2131	-	-
obs	0.2158	65095	98.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.851 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.21→59.827 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21107	0	0	0	21107

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	21471
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.546	29008
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.379	13020
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	3300
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3767

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	B	4328	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	D	4328	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027
2	1	E	1080	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	F	1080	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.09

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2101-3.258	0.3772	140	0.336	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
3.258-3.3089	0.36	151	0.3129	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3089-3.3631	0.3698	148	0.2932	2641	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3631-3.4211	0.3293	131	0.2837	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4211-3.4833	0.3002	145	0.2636	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4833-3.5503	0.2868	145	0.2569	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5503-3.6228	0.3603	153	0.2736	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6228-3.7015	0.5607	140	0.4778	2101	X-RAY DIFFRACTION	78
3.7015-3.7876	0.3125	140	0.2771	2665	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7876-3.8823	0.3032	148	0.2488	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8823-3.9873	0.3298	122	0.2448	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9873-4.1046	0.2612	125	0.2115	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1046-4.237	0.2548	139	0.1947	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
4.237-4.3884	0.2752	153	0.1774	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3884-4.5641	0.2068	161	0.1613	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5641-4.7717	0.198	147	0.1575	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7717-5.0231	0.2095	154	0.1538	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0231-5.3377	0.2141	144	0.1689	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3377-5.7495	0.2489	150	0.184	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7495-6.3275	0.2868	104	0.1986	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3275-7.2418	0.2482	115	0.1856	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2418-9.1187	0.2084	161	0.1647	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
9.1187-59.8372	0.1917	144	0.1716	2809	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0434	-0.4636	-1.2626	2.1972	-1.394	4.4262	0.1165	0.49	0.5571	-0.1016	-0.1329	-0.1232	-0.5556	-0.0986	-0.0602	0.584	0.0821	-0.1498	0.4455	0.0845	0.4757	-15.2697	58.5518	-35.9118
2	2.2599	2.4467	1.7023	5.1831	2.2452	2.7569	0.2585	-0.1228	-0.3675	-0.3915	-0.1174	0.3931	0.4744	-0.2084	-0.1258	0.6175	0.1203	-0.2151	0.7239	0.0744	0.6532	-32.8418	28.7478	-18.2133
3	7.045	-1.6493	-2.3899	1.1389	0.4819	2.4258	-0.1575	0.3122	-0.1196	-0.1563	-0.0877	-0.3246	-0.0757	0.3083	0.2647	0.4838	-0.0845	-0.0535	0.5487	0.0718	0.4093	8.4278	46.0865	-40.8751
4	3.9606	-1.2885	0.2778	3.1346	-0.6884	1.7543	-0.1643	-0.2116	0.1792	-0.0421	0.2332	-0.34	-0.1993	0.0919	-0.0582	0.3552	-0.0268	-0.003	0.3098	-0.0603	0.3429	12.6581	32.6608	-10.6107
5	8.0813	0.4662	-0.9878	4.1133	0.5022	6.2656	1.2492	-1.6948	0.4825	2.9077	-0.6484	-1.0498	0.4655	0.5072	-0.4254	0.8472	-0.0044	-0.0998	1.095	-0.0665	0.441	-15.3279	12.8727	11.7379
6	1.7234	-0.2662	-0.3309	0.7891	0.0132	0.1849	-0.1461	0.3594	-0.1224	-0.4039	0.124	0.2019	0.1203	-0.1038	0.026	0.6177	-0.0849	-0.0848	0.4823	0.0265	0.4368	-4.2469	-5.9538	-21.7549
7	7.173	-1.5421	-0.905	2.0083	-0.3163	0.2705	0.2007	-0.1258	0.1072	-0.1837	-0.0582	0.0531	-0.0711	-0.078	-0.1378	0.4799	0.0049	-0.021	0.3503	-0.0944	0.317	-4.3959	18.6634	-5.2295
8	5.4529	-1.4021	-2.7942	2.5112	2.5561	4.4638	0.0915	0.0335	0.6909	-0.2633	-0.0262	0.1443	-0.6069	0.079	-0.0933	0.4692	-0.0014	-0.1291	0.3533	0.1124	0.529	-29.5924	54.981	-63.7255
9	4.0028	-1.1676	-0.6943	0.8275	0.9047	0.9145	-0.1088	0.1673	-0.7135	0.323	0.2525	0.0038	0.2166	0.2515	-0.1492	0.6856	0.1287	-0.1132	0.6987	-0.0362	0.7071	-22.7191	25.6044	-68.7615
10	4.9843	1.5199	-1.4016	3.3913	1.259	5.741	-0.1914	-0.3556	0.5026	0.1446	-0.3315	0.7064	-0.2011	-0.7297	0.4859	0.4388	0.1647	-0.0639	0.6304	-0.0959	0.6963	-55.4176	46.548	-55.0902
11	4.929	1.6635	0.1953	2.5468	0.1581	1.1596	-0.1289	0.3273	0.1426	-0.3264	0.1499	0.3453	-0.038	-0.2507	-0.0135	0.4372	0.0049	-0.058	0.4198	0.0899	0.4225	-58.1939	23.5033	-81.5344
12	1.6814	0.7891	-1.5943	1.2405	-0.2383	2.7818	-0.155	-0.0985	-0.1474	0.0831	-0.0107	-0.2509	0.2304	0.1318	0.1791	0.6492	0.2531	-0.0618	0.5048	-0.0465	0.5721	-32.0621	-15.0859	-66.1031
13	2.8115	0.1114	0.8931	0.6391	-0.4623	1.3907	-0.2715	0.0102	0.2254	0.0717	0.0443	0.0462	0.2377	-0.037	0.2107	0.7257	0.0461	0.0916	0.4953	-0.0364	0.572	-53.4069	-10.8134	-61.9467
14	1.667	0.5348	-1.72	1.755	-1.3636	3.6999	-0.0636	-0.0807	0.0878	0.2661	0.0411	-0.2524	0.013	0.29	0.0409	0.4992	0.0701	-0.098	0.4801	-0.0823	0.5185	-27.6715	-3.9932	-66.7571
15	7.0889	1.5234	-1.9134	3.1044	-0.5747	0.5237	0.0823	-0.1953	0.0213	0.2872	-0.0204	-0.0335	0.022	0.1373	-0.0571	0.7258	0.0598	-0.0083	0.6522	0.1422	0.3731	-45.2482	9.6143	-82.2692
16	9.1483	-3.7526	6.2324	3.5445	-2.6267	8.5415	-0.378	1.1596	0.3121	0.0392	-0.6049	-0.4569	0.0866	1.0756	0.9506	0.7427	-0.1975	0.1524	0.7277	-0.0454	0.6093	34.3232	-2.546	-18.1344
17	4.4491	-2.5481	0.719	7.0546	-1.2008	6.4802	-0.3953	0.6526	-0.677	0.0339	0.2008	-1.8018	0.0072	1.9799	0.2311	0.5518	-0.0952	0.1279	1.0292	-0.0759	1.0812	44.0747	-9.0012	-6.8788
18	1.1705	0.2474	0.1986	1.374	-0.0072	0.0354	-0.2413	0.4262	-0.2424	-1.1407	0.1406	-0.6355	0.4544	0.7971	-0.0161	1.3454	0.0906	0.3373	1.0916	-0.1469	0.9002	21.0884	-25.3277	-33.8812
19	2.7876	1.1854	-0.4836	6.1684	-1.3326	2.8341	-0.046	0.7365	-0.4172	-0.6484	-0.1151	-0.0688	0.1415	-0.3101	0.1371	1.1258	0.156	0.1602	1.2208	-0.3269	0.6175	10.6762	-22.7667	-49.9995
20	4.4658	5.85	4.8766	8.0327	5.2779	9.0518	-0.1235	-0.2193	0.5856	0.217	-0.195	1.2816	0.503	-0.7448	0.35	0.6476	0.0239	0.1523	0.9896	0.0295	0.8624	-81.3278	-13.0663	-69.5548
21	7.1097	-7.561	1.3745	8.457	-3.0416	9.3	-0.6251	-0.194	-2.726	-0.2059	-0.4188	-0.138	2.1106	-2.149	0.9898	1.1502	-0.307	0.4123	1.3724	-0.1835	1.6814	-98.671	-17.5056	-75.51
22	3.4701	-3.6012	2.1958	3.8109	-2.9503	8.5037	-0.3287	0.3211	0.2553	0.9967	-0.5759	0.1996	0.5659	0.5234	0.762	0.9443	-0.1843	-0.0181	0.7234	0.2135	1.5078	-71.9993	-24.5312	-63.2141
23	7.5945	6.8436	-2.5541	6.2507	-2.6087	5.6738	0.8623	-0.5899	0.0652	-0.2715	-0.259	0.5416	0.5298	-1.8299	-0.4788	1.4022	-0.1509	0.1487	1.1097	0.1435	0.7588	-66.0497	-26.2585	-39.1762
24	5.9122	-0.048	-1.2184	2.0378	-2.4607	3.2408	0.4161	-1.345	0.4468	1.4914	-0.9419	0.4413	0.753	-0.197	0.4709	1.216	-0.0537	0.1656	0.9398	-0.1957	0.5275	-55.891	-21.071	-31.2727
25	8.7242	2.1785	4.3213	7.1087	-3.2119	9.2854	-1.5344	0.3066	-0.1832	1.2927	-0.8749	-1.514	-0.0932	1.3885	2.0516	1.24	-0.3767	0.1428	1.4463	0.1286	0.7227	-49.1257	-21.4466	-23.6664
26	7.2238	-5.268	2.8135	4.0698	-3.1268	7.2961	0.1985	-0.7403	0.0268	-1.252	0.5388	-0.1988	0.1699	-1.5544	-0.7556	1.3114	-0.101	0.2856	1.3043	0.0139	0.7496	-62.0197	-19.1004	-30.801

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 176 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 177 through 251 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 252 through 1198 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1199 through 1394 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 28 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 29 through 451 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 452 through 571 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 2 through 176 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 177 through 1010 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1011 through 1197 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1198 through 1393 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 7 through 139 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 140 through 346 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 347 through 475 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 476 through 572 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 1 through 34 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 35 through 71 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 72 through 106 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 107 through 171 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 1 through 53 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 54 through 66 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 67 through 86 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 87 through 103 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 104 through 131 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 132 through 150 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 151 through 171 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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