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Yorodumi- PDB-6i1k: Crystal structure of catalytically inactive FnCas12a in complex w... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6i1k | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of catalytically inactive FnCas12a in complex with a crRNA guide and a dsDNA target | ||||||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / CRISPR-Cas12a / FnCas12a / CRISPR-Cpf1 / FnCpf1 | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information Bacillus subtilis ribonuclease / Bacillus subtilis ribonuclease activity / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / defense response to virus / lyase activity / DNA binding / RNA binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Francisella tularensis subsp. novicida (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.65 Å | ||||||||||||
Authors | Jinek, M. / Swarts, D.C. | ||||||||||||
Funding support | Germany, Switzerland, 3items
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Citation | Journal: Mol. Cell / Year: 2019 Title: Mechanistic Insights into the cis- and trans-Acting DNase Activities of Cas12a. Authors: Swarts, D.C. / Jinek, M. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6i1k.cif.gz | 675.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6i1k.ent.gz | 553.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6i1k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/6i1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i1/6i1k | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6i1lC 5nfvS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
#3: DNA chain | Mass: 11666.548 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA target strand / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#4: DNA chain | Mass: 11617.511 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: DNA non-target strand (33-MER) / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Protein / RNA chain , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 152282.188 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Francisella tularensis subsp. novicida (strain U112) (bacteria) Strain: U112 / Gene: cas12a, cpf1, FTN_1397 / Plasmid: pML-1B / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A0Q7Q2, deoxyribonuclease I, EC: 3.1.27.2 |
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#2: RNA chain | Mass: 12754.537 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: CRISPR RNA (crRNA) guide / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 3 types, 96 molecules
#5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M Bis-Tris Propane (BTP), pH 6.5) 0.2 M KSCN 17.5 % polyethylene glycol 3,400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.008 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 26, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.008 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→47.612 Å / Num. obs: 58701 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.9 % / Net I/σ(I): 17.86 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.745 Å / Redundancy: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / % possible all: 98.67 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5NFV Resolution: 2.65→47.612 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 36.76
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→47.612 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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