+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kk5 | ||||||
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Title | AsCpf1(E993A)-crRNA-DNA ternary complex | ||||||
Components |
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Keywords | Hydrolase/DNA/RNA / Cpf1 / CRISPR-Cas / crRNA / Hydrolase-DNA-RNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Bacillus subtilis ribonuclease / Bacillus subtilis ribonuclease activity / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / defense response to virus / lyase activity / DNA binding / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acidaminococcus sp. Acidaminococcus sp. BV3L6 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.289 Å | ||||||
Authors | Gao, P. / Yang, H. / Rajashankar, K.R. / Huang, Z. / Patel, D.J. | ||||||
Citation | Journal: Cell Res. / Year: 2016 Title: Type V CRISPR-Cas Cpf1 endonuclease employs a unique mechanism for crRNA-mediated target DNA recognition. Authors: Gao, P. / Yang, H. / Rajashankar, K.R. / Huang, Z. / Patel, D.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5kk5.cif.gz | 599.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5kk5.ent.gz | 488 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5kk5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/5kk5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/5kk5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 151448.000 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: E993A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acidaminococcus sp. (strain BV3L6) (bacteria) Strain: BV3L6 / Gene: cpf1, HMPREF1246_0236 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)-RIL References: UniProt: U2UMQ6, Hydrolases; Acting on ester bonds |
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#2: RNA chain | Mass: 14320.470 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Acidaminococcus sp. BV3L6 (bacteria) |
#3: DNA chain | Mass: 10168.568 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Acidaminococcus sp. BV3L6 (bacteria) |
#4: DNA chain | Mass: 2392.590 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Acidaminococcus sp. BV3L6 (bacteria) |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.42 Å3/Da / Density % sol: 64.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M Tris, pH 7.0, 30% PEG600, 0.5 M (NH4)2SO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 12, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.289→105.473 Å / Num. obs: 37141 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 3.29→3.43 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / % possible all: 96.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.289→105.473 Å / SU ML: 0.5 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.21 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.289→105.473 Å
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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