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Yorodumi- PDB-5xus: Crystal structure of Lachnospiraceae bacterium ND2006 Cpf1 in com... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xus | ||||||
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Title | Crystal structure of Lachnospiraceae bacterium ND2006 Cpf1 in complex with crRNA and target DNA (TTTA PAM) | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/RNA/DNA / nuclease / HYDROLASE-RNA-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Lachnospiraceae bacterium ND2006 (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Yamano, T. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
Citation | Journal: Mol. Cell / Year: 2017 Title: Structural Basis for the Canonical and Non-canonical PAM Recognition by CRISPR-Cpf1. Authors: Yamano, T. / Zetsche, B. / Ishitani, R. / Zhang, F. / Nishimasu, H. / Nureki, O. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xus.cif.gz | 605.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5xus.ent.gz | 486.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xus.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5xus_validation.pdf.gz | 483.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5xus_full_validation.pdf.gz | 499.6 KB | Display | |
Data in XML | 5xus_validation.xml.gz | 44.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5xus_validation.cif.gz | 63.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/5xus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/5xus | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5xutC 5xuuC 5xuzC 5id6S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
#3: DNA chain | Mass: 8872.738 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#4: DNA chain | Mass: 2681.772 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Protein / RNA chain , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 144170.625 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lachnospiraceae bacterium ND2006 (bacteria) Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A182DWE3*PLUS |
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#2: RNA chain | Mass: 12879.634 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 4 types, 142 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG3350, MIB buffer, pH 5.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Aug 29, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→49.64 Å / Num. obs: 69225 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.6 % / Net I/σ(I): 12.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.56 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5ID6 Resolution: 2.5→49.64 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.62
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→49.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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