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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5ng6 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of FnCas12a bound to a crRNA | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | HYDROLASE / CRISPR / Cas / Cpf1 / Cas12a / nuclease / genome editing / R-loop / crRNA / RuvC | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationBacillus subtilis ribonuclease / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / defense response to virus / lyase activity / DNA binding / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Francisella tularensis subsp. novicida (bacteria)synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.342 Å | ||||||
Authors | Swarts, D.C. / van der Oost, J. / Jinek, M. | ||||||
Citation | Journal: Mol. Cell / Year: 2017Title: Structural Basis for Guide RNA Processing and Seed-Dependent DNA Targeting by CRISPR-Cas12a. Authors: Swarts, D.C. / van der Oost, J. / Jinek, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5ng6.cif.gz | 2.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5ng6.ent.gz | 1.8 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5ng6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5ng6_validation.pdf.gz | 541.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5ng6_full_validation.pdf.gz | 645.5 KB | Display | |
| Data in XML | 5ng6_validation.xml.gz | 171.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 5ng6_validation.cif.gz | 233.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/5ng6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/5ng6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5nfvC ![]() 5id6S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | |
| Experimental dataset #1 | Data reference: 10.17632/fwbdxjzvcs.1 / Data set type: diffraction image data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 152282.188 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: SNA sequence at the N-terminus is derived from expression vector. Source: (gene. exp.) Francisella tularensis subsp. novicida (strain U112) (bacteria)Strain: U112 / Gene: cpf1, FTN_1397 / Plasmid: pML-1B / Details (production host): His6-TEV N-terminal fusion / Production host: ![]() References: UniProt: A0Q7Q2, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: RNA chain | Mass: 13712.073 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.1 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 50 mM HEPES-NaOH, pH 6.5, 20% (w/v) Polyethylene glycol 3,400, 1.5% (w/v) Tryptone |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.00768 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 26, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.00768 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.34→169.7 Å / Num. obs: 225590 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.73 / Redundancy: 7 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.195 / Net I/σ(I): 10.9 |
| Reflection shell | Resolution: 3.34→3.54 Å / Redundancy: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 33814 / CC1/2: 0.595 / Rsym value: 1.1179 / % possible all: 98.1 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5ID6 Resolution: 3.342→49.239 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.13 / Phase error: 26.17 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.342→49.239 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Francisella tularensis subsp. novicida (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
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