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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ng6 | ||||||
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Title | Crystal structure of FnCas12a bound to a crRNA | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / CRISPR / Cas / Cpf1 / Cas12a / nuclease / genome editing / R-loop / crRNA / RuvC | ||||||
Function / homology | ![]() Bacillus subtilis ribonuclease / : / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / defense response to virus / lyase activity / DNA binding / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Swarts, D.C. / van der Oost, J. / Jinek, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis for Guide RNA Processing and Seed-Dependent DNA Targeting by CRISPR-Cas12a. Authors: Swarts, D.C. / van der Oost, J. / Jinek, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 2.1 MB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 1.8 MB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5nfvC ![]() 5id6S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 152282.188 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: SNA sequence at the N-terminus is derived from expression vector. Source: (gene. exp.) ![]() Strain: U112 / Gene: cpf1, FTN_1397 / Plasmid: pML-1B / Details (production host): His6-TEV N-terminal fusion / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0Q7Q2, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: RNA chain | Mass: 13712.073 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 50 mM HEPES-NaOH, pH 6.5, 20% (w/v) Polyethylene glycol 3,400, 1.5% (w/v) Tryptone |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 26, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00768 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.34→169.7 Å / Num. obs: 225590 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.73 / Redundancy: 7 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.195 / Net I/σ(I): 10.9 |
Reflection shell | Resolution: 3.34→3.54 Å / Redundancy: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 33814 / CC1/2: 0.595 / Rsym value: 1.1179 / % possible all: 98.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5ID6 Resolution: 3.342→49.239 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.13 / Phase error: 26.17 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.342→49.239 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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