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万見
- PDB-5epi: CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5epi
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT
要素
  • CRNA 5' END
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードTRANSFERASE / INFLUENZA B VIRUS / RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE / HETEROTRIMER / SUBUNITS PA / PB1 / PB2 / VIRAL RNA / CRNA 5' END / INFLUENZA
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Guilligay, D. / Cusack, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research Council322586 フランス
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Influenza Polymerase Can Adopt an Alternative Configuration Involving a Radical Repacking of PB2 Domains.
著者: Thierry, E. / Guilligay, D. / Kosinski, J. / Bock, T. / Gaudon, S. / Round, A. / Pflug, A. / Hengrung, N. / El Omari, K. / Baudin, F. / Hart, D.J. / Beck, M. / Cusack, S.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure Of Influenza A Polymerase Bound To The Viral RNA Promoter
著者: Reich, S. / Guilligay, D. / Pflug, A. / Cusack, S.
履歴
登録2015年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22019年4月3日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / ndb_struct_na_base_pair ...entity_src_gen / ndb_struct_na_base_pair / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
E: Polymerase acidic protein
I: Polymerase acidic protein
M: Polymerase acidic protein
Q: Polymerase acidic protein
U: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
F: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
J: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
N: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
R: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
V: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2
G: Polymerase basic protein 2
K: Polymerase basic protein 2
O: Polymerase basic protein 2
S: Polymerase basic protein 2
W: Polymerase basic protein 2
D: CRNA 5' END
H: CRNA 5' END
L: CRNA 5' END
P: CRNA 5' END
T: CRNA 5' END
X: CRNA 5' END


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,600,85624
ポリマ－1,600,85624
非ポリマー00
水00
1
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2
D: CRNA 5' END


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,8094
ポリマ－266,8094
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40800 Å2
ΔGint-249 kcal/mol
Surface area93610 Å2
手法PISA
2
E: Polymerase acidic protein
F: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
G: Polymerase basic protein 2
H: CRNA 5' END


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,8094
ポリマ－266,8094
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41290 Å2
ΔGint-249 kcal/mol
Surface area93090 Å2
手法PISA
3
I: Polymerase acidic protein
J: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
K: Polymerase basic protein 2
L: CRNA 5' END


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,8094
ポリマ－266,8094
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41250 Å2
ΔGint-250 kcal/mol
Surface area93490 Å2
手法PISA
4
M: Polymerase acidic protein
N: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
O: Polymerase basic protein 2
P: CRNA 5' END


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,8094
ポリマ－266,8094
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41270 Å2
ΔGint-249 kcal/mol
Surface area93110 Å2
手法PISA
5
Q: Polymerase acidic protein
R: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
S: Polymerase basic protein 2
T: CRNA 5' END


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,8094
ポリマ－266,8094
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41370 Å2
ΔGint-250 kcal/mol
Surface area92250 Å2
手法PISA
6
U: Polymerase acidic protein
V: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
W: Polymerase basic protein 2
X: CRNA 5' END


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,8094
ポリマ－266,8094
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41190 Å2
ΔGint-249 kcal/mol
Surface area85240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.730, 209.980, 210.600
Angle α, β, γ (deg.)117.71, 92.81, 113.68
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Polymerase acidic protein / PA subunit


分子量: 85822.781 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal extension, his-tag. C-terminal extension, linker and TEV site
由来: (組換発現) Influenza B virus (B/Memphis/13/2003) (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PA / プラスミド: PKL-PBAC / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8Z9
#2: タンパク質
RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / PB1 subunit


分子量: 86207.016 Da / 分子数: 6 / Fragment: PB1 SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza B virus (B/Memphis/13/2003) (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB1 / プラスミド: PKL-PBAC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8Y6, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質
Polymerase basic protein 2 / PB2 subunit


分子量: 90858.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza B virus (B/Memphis/13/2003) (B型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PB2 / プラスミド: PKL-PBAC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5V8X3
#4: RNA鎖
CRNA 5' END


分子量: 3921.464 Da / 分子数: 6 / Fragment: FIRST 12 NUCLEOTIDES / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza B virus (B/Memphis/13/2003) (B型インフルエンザウイルス)
配列の詳細N-TERMINAL EXTENSION, HIS-TAG AND LINKER. C-TERMINAL EXTENSION, LINKER AND TEV SITE. N-TERMINAL ...N-TERMINAL EXTENSION, HIS-TAG AND LINKER. C-TERMINAL EXTENSION, LINKER AND TEV SITE. N-TERMINAL EXTENSION, LINKER. C-TERMINAL EXTENSION, LINKER AND TEV SITE. N-TERMINAL EXTENSION, LINKER. C-TERMINAL EXTENSION, LINKER, STREP-TAG AND TEV SITE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD
PH範囲: 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07228 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07228 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→50 Å / Num. obs: 195792 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.75 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.49
反射 シェル解像度: 4.1→4.3 Å / 冗長度: 1.77 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WSA

4wsa


解像度: 4.1→49.945 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 7760 4.13 %
Rwork0.2571 --
obs0.2584 188032 93.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.1→49.945 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数104724 1590 0 0 106314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003108491
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.539146493
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.65366096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03816139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00418519
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.0999-4.14650.41982540.36916107X-RAY DIFFRACTION95
4.1465-4.19530.39582620.36186177X-RAY DIFFRACTION95
4.1953-4.24640.34642140.35556140X-RAY DIFFRACTION95
4.2464-4.30010.36282520.34326178X-RAY DIFFRACTION95
4.3001-4.35670.38222210.32846043X-RAY DIFFRACTION94
4.3567-4.41630.33982460.326103X-RAY DIFFRACTION94
4.4163-4.47940.3612790.31796140X-RAY DIFFRACTION95
4.4794-4.54620.3582580.30396019X-RAY DIFFRACTION94
4.5462-4.61720.32592620.30035999X-RAY DIFFRACTION93
4.6172-4.69280.31832480.29246033X-RAY DIFFRACTION93
4.6928-4.77370.31672510.28215965X-RAY DIFFRACTION92
4.7737-4.86040.30492730.28895862X-RAY DIFFRACTION91
4.8604-4.95380.30792080.28285647X-RAY DIFFRACTION87
4.9538-5.05480.30992320.2826102X-RAY DIFFRACTION94
5.0548-5.16460.32412670.27556136X-RAY DIFFRACTION95
5.1646-5.28470.31812810.27396129X-RAY DIFFRACTION95
5.2847-5.41670.3042840.276090X-RAY DIFFRACTION95
5.4167-5.56290.31342460.26716095X-RAY DIFFRACTION94
5.5629-5.72640.30252490.2536103X-RAY DIFFRACTION94
5.7264-5.9110.32072640.26056034X-RAY DIFFRACTION94
5.911-6.12190.32882060.26316012X-RAY DIFFRACTION93
6.1219-6.36650.28392260.2515940X-RAY DIFFRACTION91
6.3665-6.65560.27052640.23765782X-RAY DIFFRACTION90
6.6556-7.00560.2632860.24086053X-RAY DIFFRACTION94
7.0056-7.44320.27093070.23066025X-RAY DIFFRACTION94
7.4432-8.01580.24833210.21375960X-RAY DIFFRACTION94
8.0158-8.81840.22862600.19095928X-RAY DIFFRACTION92
8.8184-10.08540.21862090.18595824X-RAY DIFFRACTION90
10.0854-12.67210.22053250.19055881X-RAY DIFFRACTION93
12.6721-49.94890.3033050.30225765X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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