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万見
- PDB-5ms2: Crystal structure of the Legionella pneumophila effector protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ms2
タイトルCrystal structure of the Legionella pneumophila effector protein RavZ in complex with human LC3B
要素
  • Legionella pneumophila effector protein RavZ
  • Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
キーワードHYDROLASE / Autophagy / Host-pathogen interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


host intracellular membrane-bounded organelle / protein delipidation / SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / symbiont-mediated suppression of host autophagy / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation ...host intracellular membrane-bounded organelle / protein delipidation / SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / symbiont-mediated suppression of host autophagy / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / organelle membrane / autophagosome membrane / axoneme / autophagosome assembly / autophagosome maturation / mitophagy / endomembrane system / cysteine-type peptidase activity / autophagosome / Pexophagy / cellular response to starvation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / macroautophagy / mitochondrial membrane / host cell cytoplasmic vesicle membrane / autophagy / KEAP1-NFE2L2 pathway / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / microtubule binding / cytoplasmic vesicle / microtubule / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / proteolysis / extracellular region / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / RavZ C-terminal PI3P-binding domain / RavZ catalytic domain / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine protease RavZ / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Pantoom, S. / Vetter, I.R. / Wu, Y.W.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Elucidation of the anti-autophagy mechanism of the Legionella effector RavZ using semisynthetic LC3 proteins.
著者: Yang, A. / Pantoom, S. / Wu, Y.W.
履歴
登録2016年12月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月26日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Legionella pneumophila effector protein RavZ
B: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1032
ポリマ－63,1032
非ポリマー00
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area600 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area26780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.550, 69.550, 90.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Legionella pneumophila effector protein RavZ


分子量: 48523.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
遺伝子: lpg1683 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZUV9
#2: タンパク質 Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B / Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light chain 3-like protein 2 / MAP1A/MAP1B light chain 3 B / MAP1A/MAP1B LC3 B / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta


分子量: 14579.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3B, MAP1ALC3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZQ8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.17 M ammonium acetate, 0.085M tri sodium citrate, 25.5% PEG 4000 and 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月3日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→48.08 Å / Num. obs: 22607 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 29.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 9.51
反射 シェル解像度: 2.47→2.56 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / % possible all: 99.42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CQC, 2Z0D

5cqc

2z0d


解像度: 2.47→48.08 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2384 1131 5 %
Rwork0.1774 --
obs0.1805 22607 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→48.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4155 0 0 111 4266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014251
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4465742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0961608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007735
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.47-2.58240.29861410.24282672X-RAY DIFFRACTION100
2.5824-2.71860.29031390.22832645X-RAY DIFFRACTION100
2.7186-2.88890.29691410.21362679X-RAY DIFFRACTION100
2.8889-3.11190.25871410.1942664X-RAY DIFFRACTION100
3.1119-3.4250.24121400.18022672X-RAY DIFFRACTION100
3.425-3.92040.21851420.15612702X-RAY DIFFRACTION100
3.9204-4.93850.19971410.13932688X-RAY DIFFRACTION100
4.9385-48.0890.22041460.16852754X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.9846-4.46412.03285.4453-0.7411.25540.33420.097-0.049-0.1296-0.22440.3378-0.131-0.3121-0.10340.22750.05540.09460.22190.01790.225-22.9077-11.8276-10.7976
21.67340.6268-0.99583.0016-1.08762.70650.01560.041-0.2391-0.1327-0.0488-0.24330.09940.0287-0.00990.10380.0443-0.02210.1428-0.00540.2829-6.0867-33.6655-6.2996
32.7109-1.33940.16143.338-0.01710.21650.0660.24060.4963-0.3571-0.1813-0.3059-0.12150.03750.12110.18690.03090.04190.19740.05780.2678-14.7147-1.583-11.1442
46.34170.15724.74164.3623-3.46658.38340.3934-0.7515-0.51250.46670.57680.45841.3091-1.305-0.85110.7773-0.16650.04190.6313-0.0410.3278-41.48790.9958-54.8847
53.12963.56830.24857.0082-1.1121.45250.1255-2.55330.83050.96590.00161.2581-1.5895-2.6877-0.10160.62820.13180.07741.1194-0.02370.4873-44.789411.6881-55.8763
63.49061.74952.54641.50910.02954.3169-0.53570.95270.8238-0.78120.38710.9266-1.4799-1.23230.16261.72261.0043-0.27562.0267-0.12710.8191-49.708116.8835-44.157
75.3628-0.13012.16596.1679-0.6598.5835-0.1097-0.2987-0.1696-0.1213-0.1410.49170.4015-1.82380.21020.71720.06510.05361.01260.10910.3035-38.95711.1673-41.3482
82.97540.7381-2.73944.7865-2.94033.62910.2567-0.32550.0590.4904-0.20130.21220.3661-0.70080.00991.00050.102-0.08650.9988-0.2229-0.0431-39.12132.3509-32.0359
92.0018-2.02313.223.1721-5.31188.9216-0.1217-0.8386-1.31830.2206-0.3048-0.29951.0105-0.24290.35620.98490.1311-0.04870.87170.23060.9676-33.2285-3.5293-33.1511
108.744-7.1564-7.05059.36067.3536.3994-0.64030.55230.92070.5131-0.0455-1.3452-0.3510.42830.62221.48270.6286-0.25191.1797-0.06520.7807-28.627310.096-37.8026
110.52040.11140.20024.4695.72487.3378-0.0149-0.43060.84380.4474-0.0966-0.3636-1.01440.27310.09551.41410.0449-0.35040.7194-0.00760.7317-34.107215.8791-41.5265
125.6638-2.68082.08976.9268-4.58596.7616-0.6213-0.16340.3861-0.51720.0476-0.11520.322-0.92690.48720.87850.1473-0.02750.6058-0.12480.3086-36.26347.4359-47.3682
134.59374.0211-4.4213.5196-3.87024.2573-0.98060.0633-0.9316-1.95370.2694-2.65251.52472.00660.82231.11220.33530.34331.2140.27621.4652-23.8212-3.51-41.732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 74 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 75 through 275 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 276 through 429 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 5 through 12 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 13 through 21 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 22 through 30 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 31 through 59 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 60 through 70 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 71 through 83 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 84 through 94 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 95 through 102 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 103 through 114 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 115 through 119 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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