[日本語] English
万見
- PDB-5ms6: High-salt structure of RavZ LIR2-fused human LC3B -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ms6
タイトルHigh-salt structure of RavZ LIR2-fused human LC3B
要素Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
キーワードPROTEIN BINDING / Autophagy / Host-pathogen interaction / Protein binding /RavZ / LIR / LC3
機能・相同性
機能・相同性情報


SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / organelle membrane / autophagosome membrane ...SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / organelle membrane / autophagosome membrane / axoneme / autophagosome assembly / autophagosome maturation / mitophagy / endomembrane system / autophagosome / Pexophagy / cellular response to starvation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / macroautophagy / mitochondrial membrane / autophagy / KEAP1-NFE2L2 pathway / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / microtubule binding / cytoplasmic vesicle / microtubule / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pantoom, S. / Vetter, I.R. / Wu, Y.W.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Elucidation of the anti-autophagy mechanism of the Legionella effector RavZ using semisynthetic LC3 proteins.
著者: Yang, A. / Pantoom, S. / Wu, Y.W.
履歴
登録2016年12月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月26日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
B: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9362
ポリマ－31,9362
非ポリマー00
水3,369187
1
A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9681
ポリマ－15,9681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9681
ポリマ－15,9681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.300, 69.300, 117.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B / Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light chain 3-like protein 2 / MAP1A/MAP1B light chain 3 B / MAP1A/MAP1B LC3 B / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta


分子量: 15968.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of RavZ LIR (RESIDUES 25-36) and Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B (RESIDUES 2-119)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3B, MAP1ALC3 / プラスミド: pMAL / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZQ8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.44 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate and 3 M NaCl / PH範囲: 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99992 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月16日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49 Å / Num. obs: 23355 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.9 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.2032 / Net I/σ(I): 14.37
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 15.2 % / Rmerge(I) obs: 1.551 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / CC1/2: 0.203 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z0D

2z0d


解像度: 1.9→49 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2609 1168 5 %
Rwork0.2056 --
obs0.2082 23348 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2088 0 0 187 2275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1692851
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.366831
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005370
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9002-1.98660.38291440.35462736X-RAY DIFFRACTION100
1.9866-2.09140.34611430.3032714X-RAY DIFFRACTION100
2.0914-2.22240.30691420.25992714X-RAY DIFFRACTION100
2.2224-2.3940.30381440.24322733X-RAY DIFFRACTION100
2.394-2.63490.29521450.22482745X-RAY DIFFRACTION100
2.6349-3.01610.2921450.20842760X-RAY DIFFRACTION100
3.0161-3.79980.25741480.17672811X-RAY DIFFRACTION100
3.7998-49.01880.19981570.16532967X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.57530.13711.15748.31124.26995.9663-0.742-0.34090.17820.64210.6252-0.1619-0.06250.50860.02130.51030.2436-0.0150.53180.02170.459849.7341-19.0695-28.3824
27.04640.49223.56262.54352.26944.87130.3204-0.1230.004-0.3435-0.41-0.3646-0.06030.54540.1260.31520.0470.02020.46350.09210.270251.42673.12983.2181
34.6566-1.49490.44284.2757-0.45398.46490.09460.26590.1055-0.339-0.1034-0.05740.02140.25160.03730.1428-0.0395-0.01880.2211-0.01610.242843.29410.0407-10.7744
45.44395.0061-0.74924.7794-1.21052.35480.3823-0.069-0.72520.6629-0.0424-1.5799-0.09730.8322-0.07120.49030.02610.13910.7847-0.10680.614423.7222-36.7556-10.7635
57.332-7.09385.35829.2701-4.95576.07490.11550.099-0.4977-0.1639-0.00440.38750.33140.141-0.13230.3899-0.04690.09680.2635-0.03710.279223.9208-13.2252-22.5838
63.2004-0.2622-0.84613.07940.30855.3045-0.0698-0.22050.12810.07570.0149-0.0519-0.0720.18770.07090.2159-0.016-0.01670.171-0.00760.244721.1733-3.1016-7.6925
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -15 through 4 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 5 through 26 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 27 through 117 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -11 through 6 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 7 through 26 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 27 through 117 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る