+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vzi | ||||||
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Title | Crystal Structure of CRISPR-associated Protein | ||||||
Components | Crispr-associated protein Cas5, dvulg subtype | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / RRM / Ribonuclease / Nucleic acid | ||||||
Function / homology | Function and homology information maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Xanthomonas oryzae pv. oryzae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.66 Å | ||||||
Authors | Bae, E. / Koo, Y. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2013 Title: Conservation and Variability in the Structure and Function of the Cas5d Endoribonuclease in the CRISPR-Mediated Microbial Immune System Authors: Koo, Y. / Ka, D. / Kim, E.J. / Suh, N. / Bae, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3vzi.cif.gz | 182.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3vzi.ent.gz | 146.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3vzi.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/3vzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/3vzi | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3vzhC 3kg4S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25207.797 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xanthomonas oryzae pv. oryzae (bacteria) Strain: PXO99A / Gene: cas5d / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B2SNP4, UniProt: A0A0J9X178*PLUS #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 25% PEG3350, 0.1M DL-malic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 6B / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Mar 17, 2012 |
Radiation | Monochromator: DCM Si (111) Crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→20 Å / Num. obs: 13585 / % possible obs: 99.8 % |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.74 Å / % possible all: 99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3KG4 Resolution: 2.66→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 30.678 / SU ML: 0.303 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.401 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 67.135 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.66→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.66→2.729 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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