PDB-4qvr: 2.3 Angstrom Crystal Structure of Hypothetical Protein FTT1539c f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qvr

タイトル

2.3 Angstrom Crystal Structure of Hypothetical Protein FTT1539c from Francisella tularensis.

要素

Uncharacterized hypothetical protein FTT_1539c

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / hypothetical protein FTT_1539c

機能・相同性

: / Domain of unknown function (DUF6844) / DUF6844 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Ren, G. / Huntley, J.F. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.3 Angstrom Crystal Structure of Hypothetical Protein FTT1539c from Francisella tularensis.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Ren, G. / Huntley, J.F. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2014年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qvr.cif.gz	146.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qvr.ent.gz	114.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qvr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/4qvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/4qvr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3hpt-1 3ens-1 3hpt-2 3vzi-2 3uo8-1 3pej-2 3zjc-3 3pej-1 7b1f-d 1q3x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP02485

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized hypothetical protein FTT_1539c

55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.006, 47.424, 55.115
Angle α, β, γ (deg.)	91.00, 102.19, 99.50
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Uncharacterized hypothetical protein FTT_1539c 分子量: 55373.891 Da / 分子数: 1 / 断片: hypothetical protein FTT_1539c / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) 株: SCHU S4 / 遺伝子: FTT_1539c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q5NES5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 24.82 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 6.9 mg/ml, 0.25 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH(8.3), 5mM BME; Screen: PACT (D4), 0.1M MMT buffer (pH 7.0), 25%(w/v) PEG 1500., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月30日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 15653 / Num. obs: 15653 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 50.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 33.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 737 / R_sym value: 0.564 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→26.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 13.383 / SU ML: 0.164
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22445	757	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17366	-	-	-
all	0.17621	14575	-	-
obs	0.17621	14575	98.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.735 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.38 Å²	1.57 Å²	2.27 Å²
2-	-	-0.17 Å²	2.48 Å²
3-	-	-	0.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→26.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2448	0	0	75	2523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.437	1.98	3456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.717	3	5626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.366	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.705	26.087	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.274	15	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.212	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2955
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.823	3.943	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.823	3.942	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.37	5.883	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.369	5.885	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.622	4.396	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.621	4.397	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.779	6.417	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.48	32.397	2965
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.466	32.272	2945

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	55	-
R_work	0.213	1057	-
obs	-	1057	97.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0116	1.3646	2.7415	10.7657	4.577	6.7072	0.1688	0.4054	0.1421	-0.1828	0.0022	-0.2553	-0.0441	0.0842	-0.1709	0.0793	0.0009	0.084	0.3005	0.0166	0.2645	3.7198	38.1204	3.7818
2	3.4283	0.0527	0.4425	1.7449	0.3702	2.9657	-0.0513	0.1351	-0.0549	0.081	0.0078	-0.024	0.0249	-0.0038	0.0435	0.0524	-0.0272	0.0055	0.1437	0.0024	0.1303	-1.9612	34.8472	11.9244
3	5.5153	3.3659	-3.3272	4.087	-3.9568	11.1056	-0.4766	-0.4033	-0.7426	-0.7938	-0.5387	-0.7778	1.186	0.9814	1.0153	0.4127	0.1608	0.1586	0.1041	0.1175	0.1623	-5.2472	15.6011	47.3176
4	2.8897	-0.5936	0.2204	0.9834	0.0147	2.1115	-0.0783	-0.0042	0.2836	0.2856	0.0745	-0.0551	-0.1276	0.1755	0.0038	0.1773	-0.0662	-0.0149	0.1083	-0.0159	0.2006	2.3755	41.0955	18.9011
5	1.7466	-0.8738	0.8908	4.8697	-2.5307	5.8917	-0.2461	-0.145	0.2283	0.4399	0.2533	0.3105	-0.8213	-0.7336	-0.0072	0.1429	0.0692	0.02	0.1829	-0.0244	0.2063	-6.6701	46.8544	16.0667

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	41 - 77
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	78 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	136 - 210
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	211 - 283
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	284 - 426

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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