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- PDB-1q3x: Crystal structure of the catalytic region of human MASP-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q3x
タイトルCrystal structure of the catalytic region of human MASP-2
要素Mannan-binding lectin serine protease 2
キーワードHYDROLASE / complement / serine protease / modular structure / hinge bending / autoactivation
機能・相同性
機能・相同性情報


mannan-binding lectin-associated serine protease-2 / complement component C4b binding / Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface / Lectin pathway of complement activation / complement activation, lectin pathway / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / calcium-dependent protein binding / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity ...mannan-binding lectin-associated serine protease-2 / complement component C4b binding / Ficolins bind to repetitive carbohydrate structures on the target cell surface / Lectin pathway of complement activation / complement activation, lectin pathway / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / calcium-dependent protein binding / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, complement C1r/C1S/mannan-binding / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / : / Calcium-binding EGF domain ...Peptidase S1A, complement C1r/C1S/mannan-binding / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / : / Calcium-binding EGF domain / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannan-binding lectin serine protease 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Harmat, V. / Gal, P. / Kardos, J. / Szilagyi, K. / Ambrus, G. / Naray-Szabo, G. / Zavodszky, P.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: The structure of MBL-associated serine protease-2 reveals that identical substrate specificities of C1s and MASP-2 are realized through different sets of enzyme-substrate interactions
著者: Harmat, V. / Gal, P. / Kardos, J. / Szilagyi, K. / Ambrus, G. / Vegh, B. / Naray-Szabo, G. / Zavodsky, P.
#1: ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2003
タイトル: Natural substrates and inhibitors of mannan-binding lectin-associated serine protease 1 and 2: A study on recombinant catalytic fragments
著者: Ambrus, G. / Gal, P. / Kojima, M. / Szilagyi, K. / Balczer, J. / Antal, J. / Graf, L. / Laich, A. / Moffat, B.E. / Schwaelbe, W. / Sim, R.B. / Zvodszky, P.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the catalytic domain of human complement C1s: a serine protease with a handle
著者: Gaboriaud, C. / Rossi, V. / Bally, I. / Arlaud, G.J. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2003年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannan-binding lectin serine protease 2
B: Mannan-binding lectin serine protease 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,20311
ポリマ－71,5132
非ポリマー6919
水6,521362
1
A: Mannan-binding lectin serine protease 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1486
ポリマ－35,7561
非ポリマー3915
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mannan-binding lectin serine protease 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0565
ポリマ－35,7561
非ポリマー2994
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.950, 41.521, 102.994
Angle α, β, γ (deg.)96.44, 91.77, 119.52
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B
111A
121B
131A
141B
151A
161B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSALAALAAA434 - 43876 - 80
21CYSCYSALAALABB434 - 43876 - 80
32ILEILEHISHISAA445 - 49087 - 132
42ILEILEHISHISBB445 - 49087 - 132
53ALAALAVALVALAA492 - 542134 - 184
63ALAALAVALVALBB492 - 542134 - 184
74ILEILEPROPROAA544 - 554186 - 196
84ILEILEPROPROBB544 - 554186 - 196
95GLUGLUGLNGLNAA557 - 596199 - 238
105GLUGLUGLNGLNBB557 - 596199 - 238
116CYSCYSTYRTYRAA598 - 602240 - 244
126CYSCYSTYRTYRBB598 - 602240 - 244
137PROPROCYSCYSAA605 - 629247 - 271
147PROPROCYSCYSBB605 - 629247 - 271
158GLYGLYPHEPHEAA631 - 686273 - 328
168GLYGLYPHEPHEBB631 - 686273 - 328

-
要素

#1: タンパク質 Mannan-binding lectin serine protease 2 / Mannose-binding protein associated serine protease 2 / MASP-2 / MBL-associated serine protease 2


分子量: 35756.309 Da / 分子数: 2 / 断片: CCP2-SP / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MASP2 / プラスミド: pET-17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3
参照: UniProt: O00187, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: PEG 6000, sodium chloride, glycerol, Tris-HCl , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.9474
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年12月14日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9474 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→50.64 Å / Num. obs: 27022 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 74.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
BEAST位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ELV

1elv


解像度: 2.23→50.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 6.758 / SU ML: 0.166 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.415 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1356 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.176 25664 94.8 %-
all-27020 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å20.18 Å20.19 Å2
2---0.7 Å2-0.26 Å2
3---1.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.292 Å0.221 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→50.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4818 0 44 362 5224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0214994
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9041.9496789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1395631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.32252
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1990.5554
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2660.3100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.545
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.36523137
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.21335017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.59321857
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.30531772
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1819 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.040.05
tight thermal0.060.5
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.273 84
Rwork0.233 1555
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0322-0.2737-0.10071.10340.09941.23030.0105-0.02490.0365-0.00920.01250.0121-0.04390.0395-0.02290.2266-0.00850.00650.24740.01590.2307-6.08315.24956.689
21.16650.1304-0.05530.9940.00971.11940.00630.00440.02290.01090.01290.01180.0350.0336-0.01920.2303-0.0156-0.00840.24510.0020.2225-6.151-18.35292.957
34.1175-7.51250.677823.84880.071522.78420.2186-0.49580.4766-0.2423-0.0865-2.47780.97870.4213-0.1320.38630.12220.02810.12370.04950.279312.003-8.01531.051
415.152225.32540.9925128.160227.575847.07540.71510.53560.23131.0003-0.4254-2.9066-0.76351.7232-0.28970.2301-0.0879-0.00870.25820.00890.21798.1994.307119.809
54.1952-3.9835-3.90611.00527.904114.40580.3152-0.03320.0689-0.8435-0.3815-0.0240.0836-0.44280.06620.50950.03790.02760.0908-0.02020.0214.919-3.77226.595
60.78162.54280.140923.99476.24716.56120.4456-0.378-0.02192.196-0.52220.1685-1.46060.70130.07670.7235-0.2029-0.03280.3939-0.13970.07281.406-1.539122.904
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA434 - 68676 - 328
2X-RAY DIFFRACTION2BB434 - 68676 - 328
3X-RAY DIFFRACTION3AA405 - 42847 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4BB405 - 42847 - 70
5X-RAY DIFFRACTION5AA362 - 4044 - 46
6X-RAY DIFFRACTION5AA429 - 43171 - 73
7X-RAY DIFFRACTION6BB366 - 4048 - 46
8X-RAY DIFFRACTION6BB429 - 43171 - 73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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