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- PDB-3qb2: The Crystal Structure of Immunity Factor for SPN (IFS) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qb2
タイトルThe Crystal Structure of Immunity Factor for SPN (IFS)
要素Immunity factor for SPN
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Glycohydrolase Inhibitor / Streptococcus pyogenes glycohydrolase toxin
機能・相同性Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #520 / Immunity factor for SPN / IFS superfamily / Immunity factor for SPN / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / Immunity factor for SPN
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Smith, C.L. / Ellenberger, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural Basis of Streptococcus pyogenes Immunity to Its NAD(+) Glycohydrolase Toxin.
著者: Smith, C.L. / Ghosh, J. / Elam, J.S. / Pinkner, J.S. / Hultgren, S.J. / Caparon, M.G. / Ellenberger, T.
履歴
登録2011年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunity factor for SPN
B: Immunity factor for SPN
C: Immunity factor for SPN
D: Immunity factor for SPN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,03710
ポリマ－89,4604
非ポリマー5766
水2,792155
1
A: Immunity factor for SPN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6534
ポリマ－22,3651
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Immunity factor for SPN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4612
ポリマ－22,3651
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Immunity factor for SPN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4612
ポリマ－22,3651
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Immunity factor for SPN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4612
ポリマ－22,3651
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Immunity factor for SPN
B: Immunity factor for SPN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1146
ポリマ－44,7302
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area16370 Å2
手法PISA
6
C: Immunity factor for SPN
D: Immunity factor for SPN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9224
ポリマ－44,7302
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area17040 Å2
手法PISA
7
A: Immunity factor for SPN
B: Immunity factor for SPN
ヘテロ分子

C: Immunity factor for SPN
D: Immunity factor for SPN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,03710
ポリマ－89,4604
非ポリマー5766
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_665-x+1,-x+y+1,-z+1/31
Buried area10970 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area30340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.032, 108.032, 147.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質
Immunity factor for SPN / SPN immunity factor


分子量: 22365.096 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: ifs / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2VJ58
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AUTHOR STATES THAT THE C-TERMINAL 26 RESIDUES ARE MADE OF LINKER (FRSFL), MOUSE C-MYC (EQKLISEEDL), ...AUTHOR STATES THAT THE C-TERMINAL 26 RESIDUES ARE MADE OF LINKER (FRSFL), MOUSE C-MYC (EQKLISEEDL), LINKER (NSAVD) AND 6XHIS TAGS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.6-2.0 ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97901, 0.97932, 0.99504
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月1日
詳細: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979011
20.979321
30.995041
反射解像度: 2.5→46.8 Å / Num. obs: 34514 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.24 % / Rsym value: 0.069

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0070精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→46.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 9.862 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28986 1739 5 %RANDOM
Rwork0.25875 ---
all0.26042 66456 --
obs0.26042 32775 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.886 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.01 Å2-0 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4900 0 30 155 5085
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225032
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1011.9686852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87337595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0655647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.23824.654217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.215750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.0661515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5251.53242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0741.51310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03125094
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6931790
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6734.51758
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 151 -
Rwork0.372 2407 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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