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- PDB-5ms8: Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ms8
タイトルCrystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ_1-487
要素Legionella pneumophila effector protein RavZ
キーワードHYDROLASE / Hydrolase / Autophagy / Legionella pneumophila effector protein / ATG8 deconjugating enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


host intracellular membrane-bounded organelle / protein delipidation / symbiont-mediated suppression of host autophagy / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / cysteine-type peptidase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / RavZ C-terminal PI3P-binding domain / RavZ catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cysteine protease RavZ
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 33215 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Pantoom, S. / Vetter, I.R. / Wu, Y.W.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Elucidation of the anti-autophagy mechanism of the Legionella effector RavZ using semisynthetic LC3 proteins.
著者: Yang, A. / Pantoom, S. / Wu, Y.W.
履歴
登録2016年12月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月26日Group: Database references
改定 1.22019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Legionella pneumophila effector protein RavZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2544
ポリマ－54,8731
非ポリマー3813
水34219
1
A: Legionella pneumophila effector protein RavZ
ヘテロ分子

A: Legionella pneumophila effector protein RavZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5088
ポリマ－109,7472
非ポリマー7626
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_455y-1/2,x+1/2,-z+1/21
Buried area4370 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area34400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)221.270, 221.270, 73.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-619-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Legionella pneumophila effector protein RavZ


分子量: 54873.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 33215 (バクテリア)
遺伝子: lpg1683 / プラスミド: pOPIN / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZUV9
#2: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.9 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 16% PEG3350, 0.2 M BaCl2 and 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月26日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→47.05 Å / Num. obs: 21565 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.7 % / Biso Wilson estimate: 86.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.2162 / Net I/σ(I): 14.09
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 27.9 % / Rmerge(I) obs: 1.927 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / CC1/2: 0.134 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CQC

5cqc


解像度: 2.85→47.047 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2495 1079 5 %
Rwork0.2012 --
obs0.2036 21565 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→47.047 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2967 0 9 19 2995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093027
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4524086
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9941122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055465
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.97970.41141330.38412512X-RAY DIFFRACTION100
2.9797-3.13680.3631320.33652518X-RAY DIFFRACTION100
3.1368-3.33330.34781330.27742532X-RAY DIFFRACTION100
3.3333-3.59050.31221330.222521X-RAY DIFFRACTION100
3.5905-3.95170.20151340.16422541X-RAY DIFFRACTION100
3.9517-4.52310.18321340.15412557X-RAY DIFFRACTION100
4.5231-5.69710.20871370.17232588X-RAY DIFFRACTION100
5.6971-47.05320.26081430.1952717X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.05060.5007-0.17055.44791.18735.4578-0.22050.0620.2472-0.63230.30220.1735-0.7653-0.2433-0.05810.801-0.0109-0.06160.44480.05260.580154.808187.33833.179
23.4927-2.1906-1.90787.0423-1.51763.72750.02170.3058-0.1182-0.3565-0.0553-0.3545-0.12490.51190.05170.7832-0.11380.00560.61940.03460.563667.5361181.4234-6.0591
30.89680.168-0.27072.94622.89396.4677-0.12450.06180.7131-0.14530.03210.4437-1.68710.33930.03881.2266-0.1595-0.02130.5772-0.07751.03858.4926203.547222.6596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 47 through 167 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 168 through 256 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 257 through 433 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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