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- PDB-2y0c: BceC mutation Y10S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y0c
タイトルBceC mutation Y10S
要素UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / CARBOHYDRATE SYNTHESIS / EXOPOLYSACCHARIDE / CYSTIC FIBROSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-glucuronate biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能
UDP-glucose 6-dehydrogenase, bacterial type / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, N-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, central domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, UDP binding domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, NAD binding domain / UDP binding domain ...UDP-glucose 6-dehydrogenase, bacterial type / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, N-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, central domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, UDP binding domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, NAD binding domain / UDP binding domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID / UDP-glucose 6-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種BURKHOLDERIA CEPACIA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Rocha, J. / Popescu, A.O. / Borges, P. / Mil-Homens, D. / Sa-Correia, I. / Fialho, A.M. / Frazao, C.
引用
ジャーナル: J.Bacteriol. / : 2011
タイトル: Structure of Burkholderia Cepacia Udp-Glucose Dehydrogenase (Ugd) Bcec and Role of Tyr10 in Final Hydrolysis of Ugd Thioester Intermediate.
著者: Rocha, J. / Popescu, A.O. / Borges, P. / Mil-Homens, D. / Moreira, L.M. / Sa-Correia, I. / Fialho, A.M. / Frazao, C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / : 2010
タイトル: Cloning, Expression, Purification, Crystallization and Preliminary Crystallographic Studies of Bcec, a Udp-Glucose Dehydrogenase from Burkholderia Cepacia Ist408.
著者: Rocha, J. / Popescu, A.O. / Sa-Correia, I. / Fialho, A.M. / Frazao, C.
履歴
登録2010年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE
B: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE
C: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE
D: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,51634
ポリマ-208,8804
非ポリマー4,63630
23,4921304
1
A: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE
B: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,98119
ポリマ-104,4402
非ポリマー2,54217
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10100 Å2
ΔGint-127.3 kcal/mol
Surface area34750 Å2
手法PISA
2
C: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE
D: UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,53415
ポリマ-104,4402
非ポリマー2,09413
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10080 Å2
ΔGint-128.3 kcal/mol
Surface area35540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.358, 108.620, 187.464
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.01687, 0.9937, 0.1107), (0.9963, 0.007397, 0.08547), (0.08412, 0.1117, -0.99)72.15, -74.69, 35.4
2given(-0.06221, -0.9112, 0.4073), (-0.9107, -0.1151, -0.3967), (0.4084, -0.3956, -0.8227)74.28, 83.04, 13.07
3given(-0.869, -0.107, -0.4831), (-0.06793, -0.9413, 0.3307), (-0.4901, 0.3202, 0.8107)154.9, 4.082, 35.89

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE / BCEC


分子量: 52219.891 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA CEPACIA (バクテリア)
: IST 408 / プラスミド: PBCEC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SURE / 参照: UniProt: C9E261, UDP-glucose 6-dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 1334分子

#2: 化合物
ChemComp-UGA / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID / UDP-GLUCURONIC ACID / UDP-グルクロン酸


分子量: 580.285 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C15H22N2O18P2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1304 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 10 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 10 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 10 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 10 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, TYR 10 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, TYR 10 TO SER
配列の詳細CRYSTALLIZED BCEC_Y10S ALSO CONTAINS ADDITIONAL N-TERMINAL TAG HHHHHHGS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: AT 293 K UPON VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO-LITER PROTEIN SOLUTION (5 MG/ML PROTEIN, 25 MM TRIS-HCL PH 8.3, 50 MM NACL, 2.5 MM DTT, 0.25 MM UDP-GLCA, AND 0.5 MM OXIDIZED NAD), ...詳細: AT 293 K UPON VAPOR DIFFUSION OF SITTING DROPS OF 1 MICRO-LITER PROTEIN SOLUTION (5 MG/ML PROTEIN, 25 MM TRIS-HCL PH 8.3, 50 MM NACL, 2.5 MM DTT, 0.25 MM UDP-GLCA, AND 0.5 MM OXIDIZED NAD), AND 1 MICRO-LITER WELL SOLUTION (200 MM AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM ACETATE PH 4.5, 11-14 % (W/V) PEG 4K, AND 50 MM NAF), EQUILIBRATED AGAINST 500 MICRO-LITER PRECIPITATION SOLUTION IN THE WELL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.4 Å / Num. obs: 217359 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NATIVE BCEC, PDB ENTRY 2Y0E ,WITH TYR 10 TRUNCATED TO ALA.
解像度: 1.75→42.32 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1971 9944 5 %
Rwork0.1633 --
obs0.1649 199289 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.951 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14042 0 282 1304 15628
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114947
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29920261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.245625
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1022253
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052646
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.76990.27323680.2416215X-RAY DIFFRACTION100
1.7699-1.79070.26683380.23476248X-RAY DIFFRACTION100
1.7907-1.81260.26933280.22456287X-RAY DIFFRACTION100
1.8126-1.83550.25933270.21126263X-RAY DIFFRACTION100
1.8355-1.85970.24163450.19946236X-RAY DIFFRACTION100
1.8597-1.88510.21343300.18366282X-RAY DIFFRACTION100
1.8851-1.91210.20383400.17356262X-RAY DIFFRACTION100
1.9121-1.94060.21493060.16986326X-RAY DIFFRACTION100
1.9406-1.97090.21923120.17296303X-RAY DIFFRACTION100
1.9709-2.00320.20833120.16146262X-RAY DIFFRACTION100
2.0032-2.03780.1883160.15826315X-RAY DIFFRACTION100
2.0378-2.07480.20683520.15616263X-RAY DIFFRACTION100
2.0748-2.11480.23290.15286319X-RAY DIFFRACTION100
2.1148-2.15790.18683240.15056275X-RAY DIFFRACTION100
2.1579-2.20480.17233540.14586290X-RAY DIFFRACTION100
2.2048-2.25610.19473270.14626298X-RAY DIFFRACTION100
2.2561-2.31250.18073580.14326310X-RAY DIFFRACTION100
2.3125-2.37510.18983190.15046311X-RAY DIFFRACTION100
2.3751-2.44490.20493100.15476308X-RAY DIFFRACTION100
2.4449-2.52380.19333240.15196334X-RAY DIFFRACTION100
2.5238-2.6140.19513410.1586324X-RAY DIFFRACTION100
2.614-2.71870.19483320.1616342X-RAY DIFFRACTION100
2.7187-2.84240.20433330.16346321X-RAY DIFFRACTION100
2.8424-2.99220.21633230.16276362X-RAY DIFFRACTION100
2.9922-3.17960.2033660.16226360X-RAY DIFFRACTION100
3.1796-3.4250.17073160.15416381X-RAY DIFFRACTION100
3.425-3.76950.17453720.14836333X-RAY DIFFRACTION99
3.7695-4.31450.16583150.14496416X-RAY DIFFRACTION99
4.3145-5.4340.17133250.14946456X-RAY DIFFRACTION99
5.434-42.33230.22753020.21016342X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3824-0.18040.29720.66230.04710.9303-0.05110.05310.0999-0.10180.00540.2442-0.07740.0397-0.00040.1293-0.0031-0.03410.10320.02550.147457.74310.0738-7.5946
20.6457-0.26770.23110.8254-0.28941.22780.03380.1160.0135-0.1145-0.03420.06310.09890.2031-0.00320.07990.0043-0.00240.12260.00640.049966.5798-1.8312-7.6256
30.4476-0.16980.05190.2488-0.04610.22770.0216-0.0141-0.027-0.04060.01280.0568-0.0004-0.07580.09120.0240.0051-0.0080.06390.00260.066757.1891-8.972517.722
40.9439-0.2237-0.36490.77940.50741.3510.0185-0.13560.2078-0.0603-0.07170.061-0.0729-0.1444-0.01390.01030.03380.00410.1137-0.03660.117839.4056.513324.5868
50.7066-0.47790.45780.2702-0.13270.45890.0147-0.1649-0.40670.15730.0617-0.2326-0.0499-0.00550.03170.09350.0329-0.04280.09770.03940.1982.1692-17.803448.693
61.5837-0.35150.94030.5796-0.2350.8543-0.1711-0.2748-0.06110.18330.1536-0.025-0.163-0.186-0.06920.11330.06190.01950.12940.00590.044469.1517-9.663747.8919
70.1598-0.17750.21060.36080.0070.2680.0041-0.0275-0.0384-0.02260.02810.03380.0439-0.05220.00110.03730.004-0.00130.06220.00740.075564.2745-16.441321.7679
80.457-0.1795-0.10011.080.40361.03580.0531-0.0348-0.0002-0.04290.0558-0.15310.06850.0980.30270.03590.0098-0.01320.045-0.01770.07180.5799-33.249214.0493
90.5532-0.15130.18490.42010.31190.4691-0.1647-0.17150.36770.0446-0.19180.3752-0.0895-0.2943-0.01870.13550.0766-0.0090.2671-0.17470.514458.689131.825339.6404
101.4229-0.4221-0.12440.7872-0.00860.5119-0.2252-0.380.1570.25340.00250.37180.0879-0.1977-0.05480.15350.06260.08610.1875-0.07970.187569.28624.843647.4026
110.2535-0.1864-0.07240.5289-0.07160.4221-0.0232-0.0190.0404-0.0310.02060.0087-0.14910.00080.02970.09460.0005-0.01010.0377-0.00630.058186.706524.380625.5421
120.372-0.1689-0.0152.0956-0.69540.4895-0.0053-0.0140.0118-0.5580.05410.24910.0902-0.02590.10570.2564-0.0058-0.10290.0496-0.00040.095476.871936.03396.5314
130.5044-0.256-0.54730.7885-0.261.0217-0.2025-0.1382-0.12290.0009-0.0692-0.27180.33790.1941-0.05070.13060.03740.05780.11630.04860.1682105.15-10.710813.1309
140.3161-0.1224-0.471.26950.08940.6507-0.02730.0183-0.0322-0.116-0.0404-0.0523-0.0211-0.019-0.1510.0352-0.01340.02080.0447-0.00910.036198.57481.19444.9504
150.1647-0.1725-0.08450.420.2440.3023-0.0155-0.0257-0.0109-0.0430.0244-0.0187-0.05480.0520.01880.0674-0.0049-0.00060.0633-0.00580.053395.022616.886328.0733
160.8182-0.01590.61150.33750.06911.81750.0231-0.0565-0.05630.06590.1121-0.14060.18880.16720.17780.02870.0406-0.01170.05120.014-0.0354105.64146.632347.7924
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID -1:95)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 96:205)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 206:303)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 304:456) OR (CHAIN A AND RESID 1501)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID -1:95)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 96:205)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 206:303)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 304:456) OR (CHAIN B AND RESID 1501)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN C AND RESID -1:95)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN C AND RESID 96:205)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN C AND RESID 206:303)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN C AND RESID 304:456) OR (CHAIN C AND RESID 1501)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN D AND RESID -1:95)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN D AND RESID 96:205)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN D AND RESID 206:303)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN D AND RESID 304:456) OR (CHAIN D AND RESID 1501)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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