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- PDB-5vr8: Human UDP-Glucose Dehydrogenase with UDP-Xylose Bound to the Co-e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vr8
タイトルHuman UDP-Glucose Dehydrogenase with UDP-Xylose Bound to the Co-enzyme Site
要素UDP-glucose 6-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / hUGDH / UDP-Xylose / UDX / UDP-Glucose dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of the active cofactor, UDP-glucuronate / chondroitin sulfate biosynthetic process / UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / UDP-glucuronate biosynthetic process / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / glycosaminoglycan biosynthetic process / gastrulation with mouth forming second / protein hexamerization / neuron development ...Formation of the active cofactor, UDP-glucuronate / chondroitin sulfate biosynthetic process / UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / UDP-glucuronate biosynthetic process / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / glycosaminoglycan biosynthetic process / gastrulation with mouth forming second / protein hexamerization / neuron development / NAD binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-glucose 6-dehydrogenase, eukaryotic type / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, N-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, central domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, UDP binding domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, NAD binding domain / UDP binding domain ...UDP-glucose 6-dehydrogenase, eukaryotic type / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, N-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, central domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, UDP binding domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, NAD binding domain / UDP binding domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-XYLOPYRANOSE / UDP-glucose 6-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Kadirvelraj, R. / Beattie, N.R. / Wood, Z.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: The entropic force generated by intrinsically disordered segments tunes protein function.
著者: Keul, N.D. / Oruganty, K. / Schaper Bergman, E.T. / Beattie, N.R. / McDonald, W.E. / Kadirvelraj, R. / Gross, M.L. / Phillips, R.S. / Harvey, S.C. / Wood, Z.A.
履歴
登録2017年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年3月21日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_poly ...entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code ..._entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 2.22018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.32018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 2.42018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.52018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.62023年4月26日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.72024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucose 6-dehydrogenase
B: UDP-glucose 6-dehydrogenase
C: UDP-glucose 6-dehydrogenase
D: UDP-glucose 6-dehydrogenase
E: UDP-glucose 6-dehydrogenase
F: UDP-glucose 6-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)337,61018
ポリマ－331,3936
非ポリマー6,21712
水19,5821087
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32910 Å2
ΔGint-236 kcal/mol
Surface area97890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.080, 196.490, 111.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDPGDH


分子量: 55232.086 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UGDH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60701, UDP-glucose 6-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-UDX / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-XYLOPYRANOSE / UDP-ALPHA-D-XYLOPYRANOSE / ウリジン5′-二りん酸β-(α-D-キシロピラノシル)


分子量: 536.276 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N2O16P2
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1087 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.52 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 14% 1-6 Hexanediol, 10% PEG 3350, 100mM HEPEs, 10mM Adenosine Diphosphate, 5mM UDP-Xylose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.999→49.123 Å / Num. obs: 222659 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 12.26 % / Net I/σ(I): 14.91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.999→49.123 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1896 11194 5.03 %
Rwork0.1561 --
obs0.1578 222596 93.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.999→49.123 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21583 0 394 1087 23064
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00822389
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90730360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7778364
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0563471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053846
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9994-2.02210.30022380.23764326X-RAY DIFFRACTION57
2.0221-2.04590.24552470.20834634X-RAY DIFFRACTION62
2.0459-2.07090.26022690.19755050X-RAY DIFFRACTION67
2.0709-2.09710.24782590.18485409X-RAY DIFFRACTION72
2.0971-2.12470.22893350.18215874X-RAY DIFFRACTION78
2.1247-2.15380.22763370.17146560X-RAY DIFFRACTION87
2.1538-2.18460.21524010.16477332X-RAY DIFFRACTION97
2.1846-2.21720.19663980.15927390X-RAY DIFFRACTION99
2.2172-2.25180.20464230.16187376X-RAY DIFFRACTION99
2.2518-2.28870.20064110.1587426X-RAY DIFFRACTION98
2.2887-2.32820.19543720.15647427X-RAY DIFFRACTION98
2.3282-2.37050.21473910.15477469X-RAY DIFFRACTION99
2.3705-2.41610.20193910.15887468X-RAY DIFFRACTION99
2.4161-2.46550.19043780.15497432X-RAY DIFFRACTION99
2.4655-2.51910.20224090.15287442X-RAY DIFFRACTION99
2.5191-2.57770.20213940.16157445X-RAY DIFFRACTION99
2.5777-2.64210.19563820.1627478X-RAY DIFFRACTION99
2.6421-2.71350.22263980.16667497X-RAY DIFFRACTION99
2.7135-2.79340.20344450.16947404X-RAY DIFFRACTION99
2.7934-2.88350.21724030.17117485X-RAY DIFFRACTION99
2.8835-2.98660.20613840.16367507X-RAY DIFFRACTION99
2.9866-3.10610.21093960.16847463X-RAY DIFFRACTION99
3.1061-3.24750.2014060.17517500X-RAY DIFFRACTION99
3.2475-3.41870.19643800.17757572X-RAY DIFFRACTION100
3.4187-3.63280.18294130.16367492X-RAY DIFFRACTION100
3.6328-3.91320.18863910.15367568X-RAY DIFFRACTION100
3.9132-4.30680.15853940.13967538X-RAY DIFFRACTION100
4.3068-4.92940.13933820.12017593X-RAY DIFFRACTION100
4.9294-6.20860.16133830.13827591X-RAY DIFFRACTION100
6.2086-49.13730.15063840.13247654X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.52660.63860.43791.6812-0.23722.1031-0.0690.11910.0262-0.0010.117-0.185-0.1080.2247-0.04170.1104-0.0279-0.02510.254-0.02530.269128.0868-0.360829.4834
21.78350.47810.80761.94330.5412.08560.0005-0.0533-0.2616-0.01270.0551-0.21770.1514-0.0062-0.05680.17430.0039-0.02680.234-0.00470.282619.7968-16.879534.65
31.712-0.43740.4531.549-0.7921.2129-0.0343-0.2364-0.03690.13020.0727-0.1610.0196-0.0725-0.03270.1666-0.0181-0.0590.2464-0.01840.260717.4551-6.71439.9371
41.83590.6657-0.79413.2198-1.532.1842-0.0411-0.3990.17340.34570.0094-0.221-0.22860.01130.04720.234-0.0164-0.04670.2989-0.08050.249315.56033.278844.8367
50.8431-0.1627-0.15820.6905-0.04880.8917-0.03690.08380.0379-0.03010.0072-0.0297-0.0840.09990.03320.1319-0.0188-0.01580.1624-0.00190.1897-4.7333-3.712923.6238
61.10390.59-0.84790.6796-0.29781.9402-0.16430.182-0.092-0.13370.1113-0.05530.1130.03620.05480.1384-0.0109-0.00750.1871-0.02180.20822.6807-14.317813.7216
73.1834-0.59381.31372.22750.09213.674-0.06050.4322-0.1839-0.22770.1689-0.25960.18510.4142-0.08420.2155-0.06620.04540.3571-0.05420.242312.9269-12.54680.4843
82.32760.51370.7811.24510.59353.9449-0.16870.39190.2984-0.2670.1291-0.0293-0.44180.16170.06150.2807-0.0593-0.01680.27620.05330.21273.386-0.3161-2.32
91.4218-0.3685-0.91871.2779-1.03228.28170.18080.28660.2758-0.29650.18470.193-0.5392-0.6755-0.35780.3243-0.0014-0.04030.33870.07710.2816-5.80290.80881.3082
101.682-0.4104-0.31371.1005-0.15971.9911-0.0171-0.07740.2960.01640.02250.0812-0.1544-0.0939-0.00810.14150.0191-0.0410.1304-0.04530.2427-37.937413.065731.3478
111.4177-0.54970.4732.3976-0.64831.21890.02240.126-0.12160.0272-0.05480.15190.15590.00950.03110.2268-0.011-0.01780.1884-0.02060.2466-36.4777-3.130421.4134
122.10950.31440.34821.16620.1391.7833-0.07560.17850.171-0.14120.02020.0417-0.03650.0710.05280.16070.0211-0.02960.11270.00590.2214-30.03496.440319.215
131.9908-0.7325-0.17952.69831.18463.53070.04470.13970.4478-0.118-0.1151-0.0477-0.26410.08930.07890.2109-0.0265-0.00690.12920.05030.2701-24.299415.850917.4392
141.1412-0.13250.07830.869-0.23731.3307-0.049-0.20910.02820.09270.0397-0.0546-0.0684-0.01070.01790.14170.0077-0.01520.1522-0.01220.1803-9.5125-4.438434.2811
150.6608-0.2573-0.56750.72170.30991.9511-0.0792-0.0811-0.07920.12640.03620.05830.16870.00110.05310.1627-0.001-0.01860.1640.01180.216-21.0562-13.783640.9899
163.02930.18090.96221.7365-0.38863.5211-0.0979-0.3262-0.15130.34780.12510.30370.0465-0.3889-0.00730.25610.05740.06330.29480.04060.2464-30.1172-11.718755.4205
171.7559-1.49920.61172.8655-1.50053.5187-0.215-0.34980.11890.51720.1929-0.0496-0.24740.09530.04540.27340.0211-0.0250.2496-0.01960.1773-17.2817-6.073660.4882
181.4916-0.025-0.4871.3481-0.98657.91660.114-0.30440.18980.3614-0.0915-0.3521-0.11941.0024-0.06520.29550.0008-0.07160.3750.01680.2782-8.2128-7.515956.8665
192.02320.0008-0.27232.35470.02530.78910.0303-0.1056-0.04290.2321-0.10920.17770.1267-0.20740.06820.2063-0.06930.02880.1984-0.00880.1333-60.7515-55.51292.7025
202.02660.2299-0.80562.73-0.31560.56730.1691-0.71210.07010.5229-0.2439-0.22670.1240.0880.03920.4349-0.0821-0.04240.34530.02390.1947-45.0491-58.896213.2788
212.14810.0482-0.23812.4156-0.56371.79590.006-0.159-0.33310.1397-0.0502-0.21990.29870.01160.08210.2299-0.0459-0.02260.1610.010.1747-45.7524-61.34081.9594
224.0401-1.25291.09941.8361-0.19151.95760.09830.2376-0.4803-0.1161-0.08910.04980.3985-0.0036-0.01610.2817-0.02910.02260.1826-0.04770.1857-47.0015-63.8214-9.0807
231.13320.7796-0.2081.5355-0.16210.89910.01860.01640.0761-0.00330.01290.02920.0060.0741-0.03620.1523-0.0074-0.00120.1894-0.01740.1632-33.3348-37.2537-4.0653
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251.5310.5862-0.4843.17440.72011.80280.1349-0.39350.39710.4777-0.24320.48780.0194-0.2120.07510.234-0.05290.0690.3048-0.14130.3431-52.1839-24.593716.4168
262.17440.3943-0.0164.06261.24841.6527-0.050.10320.3789-0.2618-0.16330.4793-0.2025-0.18920.20110.24390.026-0.06950.2215-0.04220.3723-50.244-16.77462.3006
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331.76240.29480.23092.54830.63592.0174-0.07850.2173-0.0528-0.1587-0.08950.75160.1009-0.75260.11850.2283-0.0584-0.01710.4754-0.06980.3903-34.2403-59.462653.9703
342.52811.4348-0.08241.83730.01241.1085-0.08130.1772-0.7863-0.1083-0.13530.25320.7236-0.44830.15530.4908-0.1339-0.00230.3685-0.10630.5101-27.2432-73.943551.8954
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361.4161-0.01610.48892.0307-0.83381.6508-0.03110.1037-0.0197-0.00020.0639-0.0667-0.18880.3208-0.02420.2635-0.06420.0210.3006-0.02580.2046-7.2817-22.0876-14.8676
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411.4108-0.5206-0.5953.01210.93771.5241-0.0955-0.1498-0.12860.19280.0715-0.33480.07370.2390.02370.11850.0052-0.01240.24920.00380.2325-15.8623-40.57190.1624
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451.8677-2.8362-0.48965.09582.22413.2229-0.10870.3888-1.0740.0236-0.1203-0.03741.0813-0.17230.19210.50050.0050.10040.3233-0.1040.7223-18.3693-66.4087-11.0898
462.42660.09650.27722.5940.79491.73640.0087-0.0065-0.1844-0.30820.0045-0.53730.24760.1925-0.03960.38420.12370.09360.2524-0.00210.355820.7334-77.674635.5391
472.02770.0032-0.39964.08741.39570.50710.20440.56850.1612-0.9729-0.3204-0.0231-0.0112-0.07560.09680.62770.10810.05590.377-0.00950.28555.4376-71.679725.3673
480.7511-0.3097-0.03011.11570.0750.61480.03240.0788-0.1482-0.1341-0.0686-0.01530.1685-0.02930.0390.29030.03610.01750.2128-0.00820.16332.1771-63.070841.3744
492.11070.6177-0.12163.5011-0.07631.1557-0.00950.00580.15730.0266-0.1126-0.69390.00680.16650.09830.19940.03620.01820.23780.04230.395522.175-41.634740.8552
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 87 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 88 through 135 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 136 through 185 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 186 through 212 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 213 through 276 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 277 through 372 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 373 through 413 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 414 through 440 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 441 through 465 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 0 through 87 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 88 through 135 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 136 through 185 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 186 through 212 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 213 through 276 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 277 through 372 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 373 through 413 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 414 through 440 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 441 through 465 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 0 through 87 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 88 through 135 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 136 through 185 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 186 through 212 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 213 through 276 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 277 through 372 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 373 through 413 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 414 through 440 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 441 through 465 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 2 through 87 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 88 through 135 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 136 through 185 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 186 through 212 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 213 through 321 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 322 through 413 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 414 through 465 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 2 through 87 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 88 through 135 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 136 through 158 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resid 159 through 185 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'E' and (resid 186 through 212 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'E' and (resid 213 through 276 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'E' and (resid 277 through 321 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'E' and (resid 322 through 367 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'E' and (resid 368 through 413 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'E' and (resid 414 through 440 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'E' and (resid 441 through 465 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'F' and (resid 1 through 87 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'F' and (resid 88 through 135 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'F' and (resid 136 through 321 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'F' and (resid 322 through 465 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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