PDB-5izv: Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5izv

タイトル

Crystal structure of the legionella pneumophila effector protein RavZ - F222

要素

Uncharacterized protein RavZ

キーワード

HYDROLASE / Autophagy / Atg8 / deconjugating enzyme / protease / Atg4B

機能・相同性

機能・相同性情報

host intracellular membrane-bounded organelle / protein delipidation / symbiont-mediated suppression of host autophagy / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / cysteine-type peptidase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila strain Philadelphia 1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.814 Å

データ登録者

Kwon, D.H. / Kim, L. / Kim, B.-W. / Hong, S.B. / Song, H.K.

引用

ジャーナル: Autophagy / 年: 2017
タイトル: The 1:2 complex between RavZ and LC3 reveals a mechanism for deconjugation of LC3 on the phagophore membrane
著者: Kwon, D.H. / Kim, S. / Jung, Y.O. / Roh, K.H. / Kim, L. / Kim, B.-W. / Hong, S.B. / Lee, I.Y. / Song, J.H. / Lee, W.C. / Choi, E.J. / Hwang, K.Y. / Song, H.K.

履歴

登録	2016年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.2	2018年9月5日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5izv.cif.gz	310.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5izv.ent.gz	256.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5izv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5izv_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5izv_full_validation.pdf.gz	475.1 KB	表示
XML形式データ	5izv_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	5izv_validation.cif.gz	39.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/5izv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/5izv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hzyC 5io3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ms8-d 4rez-d 5ms7-d 4a63-3 3es2-d 5o2c-d 3w34-d 6mn8-d 4rna-d 3beb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein RavZ

B: Uncharacterized protein RavZ

113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein RavZ

登録者が定義した集合体
56.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein RavZ

登録者が定義した集合体
56.3 kDa, 1 ポリマー
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3

A: Uncharacterized protein RavZ

ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 2 ポリマー
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4

B: Uncharacterized protein RavZ

ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.251, 313.003, 314.465
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

#1: タンパク質	Uncharacterized protein RavZ 分子量: 56295.258 Da / 分子数: 2 / 変異: C258S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila strain Philadelphia 1 (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg1683 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZUV9

#1: タンパク質

Uncharacterized protein RavZ

分子量: 56295.258 Da / 分子数: 2 / 変異: C258S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Legionella pneumophila subsp. pneumophila strain Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: lpg1683 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZUV9

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2M NaCl, 20% PEG 3350, 0.1M MgCl2, 0.1M Imidazole pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.814→43.55 Å / Num. obs: 42566 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 36.92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.814→43.55 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2271	2014	4.73 %
R_work	0.1875	-	-
obs	0.1885	42566	98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.814→43.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5873	0	0	0	5873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5981
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.486	8077
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.555	3623
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	917
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1026

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8141-2.8844	0.3425	134	0.3059	2638	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8844-2.9624	0.3336	135	0.2798	2801	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9624-3.0495	0.3024	146	0.2713	2857	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0495-3.148	0.3109	141	0.2392	2899	X-RAY DIFFRACTION	98
3.148-3.2604	0.3292	146	0.2307	2852	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2604-3.391	0.2743	139	0.2146	2894	X-RAY DIFFRACTION	99
3.391-3.5452	0.2819	146	0.1966	2913	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5452-3.7321	0.2208	146	0.1734	2935	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7321-3.9658	0.1925	141	0.1667	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9658-4.2718	0.2242	150	0.157	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2718-4.7013	0.1771	146	0.143	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7013-5.3808	0.1921	145	0.1547	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3808-6.7759	0.2538	149	0.2085	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7759-46.9088	0.1998	150	0.1866	2912	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4619	1.6286	0.5534	1.7442	0.8347	2.0298	0.0465	0.3282	-0.4144	-0.0103	0.0065	0.0756	0.2438	0.2161	0.0009	0.5214	0.0294	-0.0491	0.5545	-0.1483	0.4854	-38.8323	62.9821	-14.9941
2	1.2884	-0.2711	-0.1334	2.0413	-0.0655	0.9967	0.0823	1.0605	0.641	-0.5853	-0.2458	-0.3925	-0.2964	0.235	0.0083	0.4999	0.0131	0.0457	0.9546	0.0081	0.567	-30.5168	77.4015	-20.0416
3	0.8383	0.1783	0.3942	1.6825	0.2243	1.5933	0.1988	0.64	-0.6287	-0.1795	-0.0979	-0.0487	0.3187	0.0726	-0.5638	0.5934	-0.0214	-0.0558	0.7499	-0.3365	0.5105	-54.2561	56.5412	-27.5709
4	1.9947	0.6265	1.1733	2.3672	0.7534	0.8944	-0.1014	-0.2006	0.3359	0.1555	-0.0027	0.1672	-0.3053	-0.0913	-0.0005	0.5896	-0.0233	0.0074	0.5852	-0.1677	0.57	-31.2434	17.2202	-62.2762
5	2.0528	0.0924	-0.8277	1.0054	-0.0168	1.5364	0.0693	0.0869	0.0659	0.1215	0.0509	0.312	0.1074	-0.4074	-0.0001	0.4548	-0.0208	-0.0022	0.4978	-0.057	0.6523	-41.0443	15.9785	-73.3065
6	1.0928	0.1251	0.4071	1.0011	0.0312	1.6922	0.2055	-0.6638	0.9135	0.2196	-0.1499	0.0736	-0.1746	0.0348	0.0519	0.6712	-0.0796	-0.0574	0.5745	-0.3838	0.8753	-14.1556	28.6175	-54.2032

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 49 through 167 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 168 through 231 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 232 through 430 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 49 through 136 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 137 through 257 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 258 through 430 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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