PDB-5lm6: VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with 2-(3-fluoro-4-hydrox...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lm6

タイトル

VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with 2-(3-fluoro-4-hydroxyphenyl)-3-oxoisoindoline-4-carboxylic acid (compound 35)

要素

Metallo-beta-lactamase VIM-2

キーワード

HYDROLASE / metallo-beta-lactamase / inhibitor / complex / antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Li, G.-B. / Brem, J. / Someya, H. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: NMR-filtered virtual screening leads to non-metal chelating metallo-beta-lactamase inhibitors.
著者: Li, G.B. / Abboud, M.I. / Brem, J. / Someya, H. / Lohans, C.T. / Yang, S.Y. / Spencer, J. / Wareham, D.W. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2016年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lm6.cif.gz	208.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lm6.ent.gz	167.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lm6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lm6_validation.pdf.gz	745.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lm6_full_validation.pdf.gz	747.2 KB	表示
XML形式データ	5lm6_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	5lm6_validation.cif.gz	35.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/5lm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lm/5lm6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lcaC 5lcfC 5lchC 5le1C 4c1dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rpn-2 6c6i-1 6zyq-2 5mm9-2 4bz3-1 5n4s-1 6zyo-1 5mxq-d 5n4t-2 7ct2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Metallo-beta-lactamase VIM-2

A: Metallo-beta-lactamase VIM-2

ヘテロ分子

57.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Metallo-beta-lactamase VIM-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Metallo-beta-lactamase VIM-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.983, 80.251, 68.319
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 130.000, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Beta-lactamase VIM-2 / Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta ...Beta-lactamase VIM-2 / Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase vim-2 / VIM-2 / VIM-2 beta-lactamase / VIM-2 protein 分子量: 28352.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: 2-(3-fluoro-4-hydroxyphenyl)-3-oxoisoindoline-4-carboxylic acid 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 プラスミド: OPINF VECTOR BASED ON PTRIEX VECTOR / 詳細 (発現宿主): PLASMID DERIVED NON-GENOMIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9K2N0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-H32 / 2-(3-fluoranyl-4-oxidanyl-phenyl)-3-oxidanylidene-1~{H}-isoindole-4-carboxylic acid 分子量: 287.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₅H₁₀FNO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.08 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Magnesium Formate, 21-26% (v/v) Polyethylene glycol 3350, 1 mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine, 16 mg/mL protein; socked the crystals with 10mM 2-(3-fluoro-4-hydroxyphenyl)-3-oxoisoindoline-4-carboxylic acid

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92819 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.17→52.01 Å / Num. obs: 142903 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 12.34 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 940952 / Scaling rejects: 498

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.17-1.2	6.5	1.23	68542	10549	0.603	0.517	1.337	1.5	99.9
5.23-52.01	7.4	0.057	12302	1659	0.996	0.023	0.062	31	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.32 Å	24.9 Å
Translation	6.32 Å	24.9 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4C1D

4c1d

解像度: 1.17→52.01 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2115	7006	4.99 %
R_work	0.1902	133319	-
obs	0.1912	140325	98.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.1 Å² / B_iso mean: 21.5922 Å² / B_iso min: 7.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.17→52.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3448	0	39	481	3968
B_iso mean	-	-	23.9	32.97	-
残基数	-	-	-	-	462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3786
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1	5203
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	582
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	693
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.503	1350

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.17-1.1833	0.3985	202	0.3885	4430	4632	96
1.1833-1.1972	0.4167	217	0.3812	4328	4545	97
1.1972-1.2118	0.3516	244	0.3659	4393	4637	98
1.2118-1.2272	0.3671	226	0.3597	4402	4628	97
1.2272-1.2433	0.4954	196	0.5005	4108	4304	91
1.2433-1.2603	0.3993	211	0.3929	4387	4598	96
1.2603-1.2783	0.4102	224	0.4066	4459	4683	98
1.2783-1.2974	0.4286	221	0.3635	4340	4561	97
1.2974-1.3177	0.4948	249	0.4549	4238	4487	95
1.3177-1.3393	0.3853	239	0.3449	4290	4529	95
1.3393-1.3624	0.3208	277	0.2943	4425	4702	99
1.3624-1.3872	0.2956	243	0.2877	4484	4727	99
1.3872-1.4139	0.3015	228	0.2699	4468	4696	99
1.4139-1.4427	0.2806	229	0.2498	4494	4723	99
1.4427-1.4741	0.2496	245	0.2454	4461	4706	99
1.4741-1.5084	0.2589	220	0.2649	4471	4691	98
1.5084-1.5461	0.2447	214	0.228	4511	4725	99
1.5461-1.5879	0.1974	231	0.2006	4490	4721	99
1.5879-1.6346	0.1992	260	0.1788	4492	4752	100
1.6346-1.6874	0.1921	265	0.1718	4471	4736	100
1.6874-1.7477	0.1826	275	0.1521	4495	4770	100
1.7477-1.8177	0.1523	249	0.1453	4515	4764	100
1.8177-1.9004	0.1617	235	0.1445	4534	4769	100
1.9004-2.0006	0.243	187	0.212	4352	4539	96
2.0006-2.126	0.1693	231	0.1466	4525	4756	100
2.126-2.2901	0.2089	235	0.1738	4501	4736	99
2.2901-2.5206	0.1633	301	0.1402	4459	4760	99
2.5206-2.8853	0.1528	219	0.1354	4557	4776	100
2.8853-3.6351	0.1584	211	0.1374	4604	4815	100
3.6351-52.0618	0.1696	222	0.146	4635	4857	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9054	-1.6505	1.2421	9.4495	-2.165	2.0017	-0.7529	-0.0524	0.9303	0.8169	0.4408	0.639	-0.9981	-1.2539	0.1858	0.3965	0.155	-0.1133	0.4703	-0.05	0.379	-34.6677	1.9252	50.4186
2	3.6711	-0.2969	0.6298	3.5063	-0.1561	3.0157	-0.1487	0.0191	0.2951	-0.1236	0.0093	0.1793	-0.1265	-0.4414	0.0893	0.0775	0.0031	-0.0323	0.1494	-0.0129	0.1139	-26.9646	-5.5743	47.4562
3	3.0497	0.8426	-1.2803	5.2138	-1.4639	4.3042	-0.0721	-0.0752	0.1918	-0.2883	0.1291	0.4574	0.1683	-0.8433	-0.0203	0.0994	-0.0241	-0.0454	0.3151	-0.021	0.2006	-35.1978	-10.5698	45.9563
4	3.736	0.8991	2.1712	2.2351	0.6812	4.1679	-0.0706	-0.0119	0.008	-0.1063	-0.0522	0.1573	0.021	-0.163	0.0965	0.0853	-0.0348	0.0111	0.096	-0.0098	0.097	-23.729	-12.4703	51.5321
5	4.0133	0.9347	0.5733	2.6995	0.8428	3.288	0.1769	-0.3563	-0.3767	0.322	-0.0662	-0.001	0.4585	-0.2192	-0.0751	0.1573	-0.0426	0.0117	0.1085	0.0285	0.1423	-20.8129	-19.3933	57.5201
6	1.5208	0.4648	0.3853	1.9793	0.3254	1.6749	0.0087	0.0698	-0.1296	-0.0552	0.0064	-0.1475	0.0554	0.0397	-0.0238	0.0654	-0.0001	0.0087	0.0878	0.0008	0.0874	-12.7123	-10.2936	51.6643
7	3.724	-3.9721	4.194	4.6295	-5.3148	7.4624	-0.1686	-0.5098	0.0918	0.4183	0.2665	0.1801	-0.2956	-0.4525	-0.1446	0.1531	-0.0024	0.002	0.1742	-0.0194	0.1432	-18.5241	4.038	61.9318
8	3.4224	-0.0448	0.2465	1.4657	0.2898	3.3882	-0.0805	0.2023	0.1658	-0.1403	0.0196	-0.1318	-0.2506	0.1337	0.0586	0.1002	-0.0181	0.0124	0.0428	0.0088	0.0957	-11.2749	1.6055	51.4549
9	5.648	0.1624	0.7758	4.7082	0.3733	6.4355	0.0301	-0.2734	0.2376	0.043	0.0601	-0.0494	-0.0012	0.1889	-0.0678	0.0942	0.0074	-0.0114	0.0935	-0.0219	0.1505	-11.7074	8.6152	60.323
10	5.2412	1.3479	0.127	3.1796	-0.6829	2.217	0.1964	0.9563	-0.4889	-0.4523	-0.0207	0.0227	0.5675	-0.0427	-0.0525	0.2384	0.0319	-0.0604	0.2833	-0.0669	0.1901	-45.2139	10.6027	65.3233
11	2.6138	1.4187	0.8891	2.3241	-1.1781	2.0748	0.1476	0.4045	-0.0815	-0.048	-0.0975	0.0122	0.1289	0.0515	-0.1964	0.0776	0.0186	-0.0199	0.1288	-0.014	0.0837	-45.0344	14.5995	71.2881
12	4.914	-0.2343	-0.8072	3.5266	0.2498	4.339	0.1474	0.2135	0.0038	-0.1151	-0.1344	0.3194	-0.1974	-0.178	-0.0529	0.1044	0.0165	-0.0228	0.1048	0.0072	0.1066	-46.8787	21.5375	72.3463
13	8.886	0.8685	-0.4578	5.1374	-0.7695	6.4755	0.0968	0.5301	-0.0196	-0.3262	0.0437	0.381	0.2257	-0.1582	-0.1049	0.1672	0.0393	-0.0518	0.1935	0.0107	0.1319	-49.0621	21.3633	62.5085
14	7.3891	-1.2215	2.9711	1.8631	-1.1793	4.0896	0.1965	0.0316	0.0197	-0.15	-0.0963	0.0941	0.0401	0.0006	-0.0713	0.1144	0.0046	-0.0019	0.0493	0.0143	0.0767	-41.5686	22.0325	73.3185
15	6.6841	-1.8649	1.9195	2.0846	-0.7117	3.4514	-0.0289	0.189	0.3165	0.0218	-0.0599	-0.0639	-0.2385	0.2519	0.0949	0.142	-0.0386	-0.0002	0.0736	0.0246	0.0905	-35.7387	28.8761	75.8192
16	1.7531	-0.3646	0.4757	2.8896	-1.2547	1.7338	-0.0168	0.0033	0.1351	0.4213	-0.0034	-0.1407	-0.4208	-0.008	0.0832	0.1899	-0.0216	-0.0237	0.1019	-0.0077	0.1063	-36.3758	26.5056	83.0309
17	2.3187	-0.5106	0.1513	2.1309	-0.4807	1.8077	-0.0171	-0.1523	-0.0245	0.2124	0.0136	0.1834	-0.1018	-0.1307	-0.0084	0.1007	-0.0027	0.0189	0.094	0.0032	0.0828	-42.4166	15.9954	84.3227
18	7.6121	5.2692	3.9049	6.7932	4.37	2.9685	-0.1362	0.5413	-0.4677	-0.2895	0.3129	-0.4802	-0.0532	0.4983	-0.2049	0.1486	0.0071	0.0151	0.1786	0.0142	0.1529	-30.7	5.4983	76.4093
19	3.4647	0.4093	-0.0459	2.3649	-0.3114	4.1253	-0.0459	-0.4829	-0.2168	0.3217	0.02	0.0782	-0.016	0.1146	-0.0018	0.1156	-0.0079	0.0041	0.1	0.0384	0.0868	-34.7489	8.2114	90.0818
20	3.5116	0.4262	-0.267	1.5279	-0.0614	3.684	0.0403	0.041	-0.186	0.0469	-0.0009	0.29	0.2289	-0.2667	0.0014	0.086	-0.015	0.0196	0.0869	0.002	0.1497	-45.8166	6.202	80.0544
21	5.6658	-1.3029	-0.5796	3.0821	0.1376	4.6577	0.0074	-0.1436	-0.147	0.0907	-0.0393	-0.0823	0.2706	0.2997	0.0274	0.1483	0.0077	-0.0129	0.0903	0.0149	0.1127	-31.4612	0.5205	83.1336

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 44 )	A	32 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 88 )	A	45 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 89 through 102 )	A	89 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 103 through 122 )	A	103 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 123 through 146 )	A	123 - 146
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 147 through 199 )	A	147 - 199
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 200 through 215 )	A	200 - 215
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 216 through 245 )	A	216 - 245
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 246 through 262 )	A	246 - 262
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 32 through 64 )	B	32 - 64
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 65 through 76 )	B	65 - 76
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 77 through 88 )	B	77 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 89 through 102 )	B	89 - 102
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 103 through 122 )	B	103 - 122
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 123 through 146 )	B	123 - 146
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 147 through 162 )	B	147 - 162
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 163 through 199 )	B	163 - 199
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 200 through 215 )	B	200 - 215
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 216 through 229 )	B	216 - 229
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 230 through 245 )	B	230 - 245
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 246 through 262 )	B	246 - 262

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)