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- PDB-6c6i: Crystal structure of a chimeric NDM-1 metallo-beta-lactamase harb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c6i
タイトルCrystal structure of a chimeric NDM-1 metallo-beta-lactamase harboring the IMP-1 L3 loop
要素Metallo-beta-lactamase type 2 chimera
キーワードHYDROLASE / Chimeric protein / NDM-1 / Zn-contaning protein
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Otero, L. / Giannini, E. / Klinke, S. / Palacios, A. / Mojica, M. / Bonomo, R. / Llarrull, L. / Vila, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI100560/AI/NIAID NIH HHS/United States 米国
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2019
タイトル: The Reaction Mechanism of Metallo-beta-Lactamases Is Tuned by the Conformation of an Active-Site Mobile Loop.
著者: Palacios, A.R. / Mojica, M.F. / Giannini, E. / Taracila, M.A. / Bethel, C.R. / Alzari, P.M. / Otero, L.H. / Klinke, S. / Llarrull, L.I. / Bonomo, R.A. / Vila, A.J.
履歴
登録2018年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2 chimera
B: Metallo-beta-lactamase type 2 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9376
ポリマ－49,6762
非ポリマー2624
水4,846269
1
A: Metallo-beta-lactamase type 2 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9693
ポリマ－24,8381
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo-beta-lactamase type 2 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9693
ポリマ－24,8381
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.289, 39.250, 73.873
Angle α, β, γ (deg.)90.89, 93.10, 90.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 chimera / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1


分子量: 24837.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: Modified PET28+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: bars
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.55
詳細: 1.35 M ammonium sulfate. 0.1 M HEPES pH 7.55, 0.1 M sodium chloride, microseeding

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) CHANNEL CUT MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→34.72 Å / Num. obs: 49940 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 18.19 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4798 / CC1/2: 0.787 / Rpim(I) all: 0.365 / Rrim(I) all: 0.516 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4hl2

4hl2


解像度: 1.65→24.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.109 / SU Rfree Blow DPI: 0.103 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.103
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 2345 4.7 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.204 49915 96.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8104 Å2-0.1691 Å20.0048 Å2
2---4.4802 Å22.0452 Å2
3---1.6698 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→24.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3396 0 4 269 3669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013478HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.024742HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1540SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes86HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes520HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3478HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion462SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4161SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 162 4.48 %
Rwork0.239 3453 -
obs--94.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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