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- PDB-5lca: VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with 3-oxo-2-(3-(trifluor... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5lca | ||||||
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Title | VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with 3-oxo-2-(3-(trifluoromethyl)phenyl)isoindoline-4-carboxylic acid (compound 17) | ||||||
![]() | Metallo-beta-lactamase VIM-2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / metallo-beta-lactamase / inhibitor / complex / antibiotic resistance | ||||||
Function / homology | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, G.-B. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: NMR-filtered virtual screening leads to non-metal chelating metallo-beta-lactamase inhibitors. Authors: Li, G.B. / Abboud, M.I. / Brem, J. / Someya, H. / Lohans, C.T. / Yang, S.Y. / Spencer, J. / Wareham, D.W. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 77.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 752.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 753.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 12.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5lcfC ![]() 5lchC ![]() 5le1C ![]() 5lm6C ![]() 4c1dS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 28352.836 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 Plasmid: OPINF Details (production host): OPINF VECTOR BASED ON PTRIEX VECTOR Production host: ![]() ![]() | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-B06 / | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.82 Å3/Da / Density % sol: 32.4 % / Description: rhombohedra plates |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: 0.25 M Magnesium formate, 22.0% (v/v) Polyethylene glycol 3350, 5 mM 3-oxo-2-(3-(trifluoromethyl)phenyl)isoindoline-4-carboxylic acid, 16 mg/mL protein |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Jun 13, 2016 / Details: OSMIC HF | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.542 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.93→50 Å / Num. obs: 14437 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 15.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 1.07 / Net I/av σ(I): 32.62 / Net I/σ(I): 31.7 / Num. measured all: 100610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4c1d Resolution: 1.93→23.99 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 14.11
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 53.6 Å2 / Biso mean: 17.3166 Å2 / Biso min: 7.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.93→23.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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