[日本語] English
万見
- PDB-6lhe: Crystal Structure of Gold-bound NDM-1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lhe
タイトルCrystal Structure of Gold-bound NDM-1
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードHYDROLASE / GOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.206 Å
データ登録者Wang, H. / Sun, H. / Wang, M.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)17307017 香港
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Resensitizing carbapenem- and colistin-resistant bacteria to antibiotics using auranofin.
著者: Sun, H. / Zhang, Q. / Wang, R. / Wang, H. / Wong, Y.T. / Wang, M. / Hao, Q. / Yan, A. / Kao, R.Y. / Ho, P.L. / Li, H.
履歴
登録2019年12月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,63810
ポリマ－51,2642
非ポリマー1,3748
水7,512417
1
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4156
ポリマ－25,6321
非ポリマー7835
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2234
ポリマ－25,6321
非ポリマー5913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.470, 73.760, 77.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1


分子量: 25631.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG3350 20%, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.0 / Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen flow / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月24日 / 詳細: NULL
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.206→70.47 Å / Num. obs: 239737 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.21-1.249.90.7129023990870.8260.2370.7533.299.3
5.39-70.479.10.0581361614890.9740.0230.06341.395.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.2データスケーリング
PHENIX1.14_3260:000精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZGE

5zge


解像度: 1.206→50.953 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 20.27
詳細: the entry contains Friedel pairs in F_Plus/Minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1896 12861 5.36 %
Rwork0.1748 --
obs0.1756 239737 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.15 Å2 / Biso mean: 20.3099 Å2 / Biso min: 10.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.206→50.953 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3313 0 16 417 3746
Biso mean--24.12 32.4 -
残基数----449
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.206-1.21920.28054150.2779755999
1.2192-1.23360.2924040.2756752498
1.2336-1.24860.25653970.2452734896
1.2486-1.26440.23594330.2334737397
1.2644-1.28110.22393940.2157630100
1.2811-1.29860.22054420.20957554100
1.2986-1.31720.21434620.20817583100
1.3172-1.33680.22593950.20397624100
1.3368-1.35770.22054180.20377597100
1.3577-1.380.22713930.19937661100
1.38-1.40380.21043720.1987583100
1.4038-1.42930.23453960.19627642100
1.4293-1.45680.21834020.18937694100
1.4568-1.48650.18964770.1857519100
1.4865-1.51890.19284180.18627598100
1.5189-1.55420.20664480.1847757999
1.5542-1.59310.19233880.17917645100
1.5931-1.63610.18273710.18337681100
1.6361-1.68430.19884320.17817606100
1.6843-1.73870.17694960.1737526100
1.7387-1.80080.19474610.1744754399
1.8008-1.87290.18434710.17347574100
1.8729-1.95810.17314060.16947657100
1.9581-2.06140.20264290.15867625100
2.0614-2.19050.17794410.16377551100
2.1905-2.35970.17774090.16057634100
2.3597-2.59710.18785070.16737547100
2.5971-2.97290.17934620.16957562100
2.9729-3.74540.17025150.158747499
3.7454-50.9530.19644070.1791718394
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0267-0.0301-0.02230.05370.0070.04530.06070.06320.1132-0.0442-0.05-0.0334-0.208-0.0187-0.00010.205-0.0037-0.01190.19870.02340.177715.379314.1545-21.6567
20.1297-0.06730.05580.21450.0670.2431-0.05430.01780.01950.0064-0.00420.0033-0.08130.024100.1265-0.0014-0.01670.13680.00340.133714.05958.5485-14.4085
30.1572-0.0730.02350.3645-0.12750.3589-0.00340.0194-0.00080.0049-0.0095-0.02040.02140.016100.11920.0055-0.00570.14410.00270.11615.9228-6.4586-17.3482
40.09510.10140.0310.11010.03250.0244-0.08220.0004-0.0178-0.14660.01290.00760.16230.1134-0.00770.18790.03880.03480.20310.01710.1323.6556-11.6156-31.9746
50.1920.0172-0.25320.03660.04370.45960.1705-0.04460.0141-0.04080.09850.0699-0.16550.17070.02450.18730.0074-0.04460.1315-0.00640.189918.3305-48.5208-1.302
60.1306-0.06780.09270.2029-0.03330.19750.06320.0236-0.0465-0.0830.030.17410.07360.0590.00420.157-0.0023-0.04510.1179-0.00540.219113.4471-43.0064-6.3428
70.2446-0.19890.20060.7567-0.10460.16060.0467-0.0133-0.0378-0.07460.00290.08690.03180.04020.00920.1329-0.0011-0.02770.13350.00170.146318.0535-28.2391-5.9284
80.0195-0.00510.02150.0012-0.00570.0235-0.04650.11580.0678-0.05780.0442-0.0010.0481-0.0791-0.00010.12730.0124-0.02730.15050.00970.168733.6371-24.33571.2442
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 42 through 57 )A42 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 118 )A58 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 119 through 255 )A119 - 255
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 256 through 270 )A256 - 270
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 43 through 57 )B43 - 57
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 58 through 118 )B58 - 118
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 119 through 255 )B119 - 255
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 256 through 270 )B256 - 270

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る