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- PDB-6ogo: Crystal structure of NDM-9 metallo-beta-lactamase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ogo
タイトルCrystal structure of NDM-9 metallo-beta-lactamase
要素SUBCLASS B1 METALLO-BETA-LACTAMASE NDM-9
キーワードHYDROLASE / metallo-beta-lactamase / NDM
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Raczynska, J.E. / Imiolczyk, B. / Jaskolski, M.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
Polish National Science CentreAMR/1/2015 ポーランド
National Center for Research and Development (Poland) ポーランド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Flexible loops of New Delhi metallo-beta-lactamase modulate its activity towards different substrates.
著者: Raczynska, J.E. / Imiolczyk, B. / Komorowska, M. / Sliwiak, J. / Czyrko-Horczak, J. / Brzezinski, K. / Jaskolski, M.
履歴
登録2019年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUBCLASS B1 METALLO-BETA-LACTAMASE NDM-9
B: SUBCLASS B1 METALLO-BETA-LACTAMASE NDM-9
C: SUBCLASS B1 METALLO-BETA-LACTAMASE NDM-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,22133
ポリマ－77,0673
非ポリマー2,15430
水14,016778
1
A: SUBCLASS B1 METALLO-BETA-LACTAMASE NDM-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,50812
ポリマ－25,6891
非ポリマー81911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SUBCLASS B1 METALLO-BETA-LACTAMASE NDM-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,28110
ポリマ－25,6891
非ポリマー5929
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: SUBCLASS B1 METALLO-BETA-LACTAMASE NDM-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,43211
ポリマ－25,6891
非ポリマー74310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.929, 122.929, 38.501
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 SUBCLASS B1 METALLO-BETA-LACTAMASE NDM-9


分子量: 25688.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: BK248_28090, BK292_25365, BK373_25580, BK383_27845, CA593_27010
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1M2CSI6

-
非ポリマー , 8種, 808分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 778 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.75 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Phosphate/citrate pH 4.2, 20% w/v PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.72931 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月28日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.72931 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.398
11K, H, -L20.01
11-h,-k,l30.5
11-K, -H, -L40.091
反射解像度: 1.43→61.46 Å / Num. obs: 120161 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.43→1.52 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.738 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 19202 / CC1/2: 0.71 / Rrim(I) all: 0.782 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3q6x

3q6x
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.43→61.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.992 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.983 / SU B: 1.009 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.007 / ESU R Free: 0.008 / 詳細: HYDROGENS WERE ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.11632 3004 2.5 %RANDOM
Rwork0.07351 ---
obs0.07461 117209 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.072 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.26 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.26 Å2-0 Å2
3---6.52 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.43→61.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5081 0 99 778 5958
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0135395
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174921
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7581.6337335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5861.57411414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0865713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.64723.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.55715801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6071523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2715
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.026128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021089
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.7661.712769
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.7531.7082768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.362.5593464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.362.5613465
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.3362.1592626
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other11.3342.1592627
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.1732.9583856
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.90622.3325989
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.90522.3355990
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr18.943310301
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.429→1.466 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 209 -
Rwork0.231 8473 -
obs--97.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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