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- PDB-4u4l: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase NDM-1 in complex ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4u4l | ||||||
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Title | Crystal structure of the metallo-beta-lactamase NDM-1 in complex with a bisthiazolidine inhibitor | ||||||
![]() | Beta-lactamase NDM-1 | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
Function / homology | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kosmopoulou, M. / Hinchliffe, P. / Spencer, J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase NDM-1 in complex with a bisthiazolidine inhibitor Authors: Kosmopoulou, M. / Hinchliffe, P. / Spencer, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 294.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 490.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 498.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 41 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 58.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3spuS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 26014.301 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-3C7 / ( #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M MES pH 6.5, 25 %(w/v) PEG 2000 monomethyl ether |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 17, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→28.47 Å / Num. obs: 62122 / % possible obs: 93.5 % / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 17.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 91 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3SPU Resolution: 1.9→27.881 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 17.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→27.881 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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